[日本語] English
万見
- PDB-7km2: Dodecameric Structure of the Chlamydia trachomatis Flavin Prenylt... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7km2
タイトルDodecameric Structure of the Chlamydia trachomatis Flavin Prenyltransferase UbiX Ortholog CT220 with FMN
要素Flavin prenyltransferase UbiX
キーワードTRANSFERASE / Chlamydia
機能・相同性flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / Flavin prenyltransferase UbiX-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / carboxy-lyase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavin prenyltransferase UbiX
機能・相同性情報
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Nguyen, T. / Nicely, N.I. / Belaia-Martiniouk, A. / Dunne, A.P. / McCafferty, D.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI107951 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Functional and structural validation of CT220 as the UbiX-like flavin prenyltransferase from Chlamydial menaquinone biosynthesis
著者: Nguyen, T. / Nicely, N.I. / Belaia-Martiniouk, A. / Dunne, A.P. / McCafferty, D.G.
履歴
登録2020年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Flavin prenyltransferase UbiX
I: Flavin prenyltransferase UbiX
A: Flavin prenyltransferase UbiX
B: Flavin prenyltransferase UbiX
C: Flavin prenyltransferase UbiX
D: Flavin prenyltransferase UbiX
E: Flavin prenyltransferase UbiX
F: Flavin prenyltransferase UbiX
G: Flavin prenyltransferase UbiX
H: Flavin prenyltransferase UbiX
J: Flavin prenyltransferase UbiX
K: Flavin prenyltransferase UbiX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,20724
ポリマ－263,73012
非ポリマー5,47612
水9,386521
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.675, 151.091, 167.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_7ens_1(chain "G" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_8ens_1(chain "H" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_9ens_1(chain "I" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_10ens_1(chain "J" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_11ens_1(chain "K" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_12ens_1(chain "L" and (resid 1 through 71 or resid 83 through 186))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METGLYC1 - 10
d_12ens_1SERLYSC12 - 41
d_13ens_1TYRTYRC45
d_14ens_1ASPSERC48 - 71
d_15ens_1ILELYSC80 - 183
d_21ens_1METGLYD1 - 10
d_22ens_1SERLYSD12 - 41
d_23ens_1TYRTYRD45
d_24ens_1ASPSERD48 - 71
d_25ens_1ILELYSD79 - 182
d_31ens_1METGLYE1 - 10
d_32ens_1SERLYSE12 - 41
d_33ens_1TYRTYRE45
d_34ens_1ASPSERE48 - 71
d_35ens_1ILELYSE83 - 186
d_41ens_1METGLYF1 - 10
d_42ens_1SERLYSF12 - 41
d_43ens_1TYRTYRF45
d_44ens_1ASPSERF48 - 71
d_45ens_1ILELYSF78 - 181
d_51ens_1METGLYG1 - 10
d_52ens_1SERLYSG12 - 41
d_53ens_1TYRTYRG45
d_54ens_1ASPSERG48 - 71
d_55ens_1ILELYSG79 - 182
d_61ens_1METGLYH1 - 10
d_62ens_1SERLYSH12 - 41
d_63ens_1TYRTYRH45
d_64ens_1ASPSERH48 - 71
d_65ens_1ILELYSH82 - 185
d_71ens_1METGLYI1 - 10
d_72ens_1SERLYSI12 - 41
d_73ens_1TYRTYRI45
d_74ens_1ASPSERI48 - 71
d_75ens_1ILELYSI78 - 181
d_81ens_1METGLYJ1 - 10
d_82ens_1SERLYSJ12 - 41
d_83ens_1TYRTYRJ45
d_84ens_1ASPSERJ48 - 71
d_85ens_1ILELYSJ79 - 182
d_91ens_1METGLYB1 - 10
d_92ens_1SERLYSB12 - 41
d_93ens_1TYRTYRB45
d_94ens_1ASPSERB48 - 71
d_95ens_1ILELYSB73 - 176
d_101ens_1METGLYK1 - 10
d_102ens_1SERLYSK12 - 41
d_103ens_1TYRTYRK45
d_104ens_1ASPSERK48 - 71
d_105ens_1ILELYSK83 - 186
d_111ens_1METGLYL1 - 10
d_112ens_1SERLYSL12 - 41
d_113ens_1TYRTYRL45
d_114ens_1ASPSERL48 - 71
d_115ens_1ILELYSL83 - 186
d_121ens_1METSERA1 - 65
d_122ens_1ILELYSA67 - 170

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.396432083093, 0.829074984492, -0.394304797821), (-0.137746404157, 0.370918860714, 0.918392686659), (0.907671488831, 0.418394393911, -0.032842038721)57.9674324646, 18.1284582283, -55.1386254792
2given(0.960951482925, 0.0615303872751, -0.269789286122), (0.266855608163, -0.464019201693, 0.844674058351), (-0.07321428724, -0.883685572985, -0.46231966889)-1.95219969512, -2.14520858213, -20.8430304978
3given(-0.0925893170338, -0.127522303036, 0.987504572445), (-0.129892863175, -0.981742718331, -0.138957112451), (0.987195554319, -0.141135740452, 0.074334650733)63.1246903753, -0.917642005244, -57.4290085979
4given(-0.623022686141, 0.721338023812, -0.302513120306), (0.732930911165, 0.40325816363, -0.547900659723), (-0.273230693761, -0.563075757664, -0.779929919363)69.08332173, -41.9810162924, -16.106855712
5given(-0.432011036426, -0.766564686649, -0.475126346974), (0.894950892942, -0.429506664756, -0.120776339373), (-0.111487055881, -0.477391460033, 0.871589370207)53.8974698678, -44.3238766702, 1.85620021638
6given(-0.154550813782, -0.824457773566, -0.544411081414), (-0.380996643732, 0.558146220423, -0.737098605406), (0.911567662559, 0.0934996055265, -0.400377597203)40.4447328665, 4.86995138203, -61.6655380099
7given(-0.315698066528, -0.656899501602, -0.684702691382), (-0.610552083479, -0.41174164139, 0.676531576577), (-0.726333865485, 0.631626365457, -0.271085319243)46.0920463155, 33.9744651707, 14.4953850727
8given(0.966075698198, 0.257607300596, -0.0183364127083), (0.104818367716, -0.455996283672, -0.883787587074), (-0.236031470657, 0.851883717391, -0.467528904885)2.22840441584, -22.0468859374, -10.4315516281
9given(-0.158484633756, -0.358803429799, 0.919860163083), (-0.831943533851, 0.550260322282, 0.0712989074662), (-0.531744842332, -0.753971933487, -0.385711998992)63.8276912245, 37.2158129907, 0.81595852599
10given(-0.353769695555, -0.145018164042, 0.924022042272), (0.853070602567, 0.355092848565, 0.382334429439), (-0.383559056134, 0.923514375089, -0.00191035634812)73.0404000909, -33.2327278783, 3.66636371093
11given(-0.468334374864, 0.877842983305, -0.100272678146), (-0.748766657391, -0.454574240602, -0.482401028771), (-0.469053734767, -0.150844146201, 0.870192299126)65.5472409463, 22.556351609, 18.6076646603

-
要素

#1: タンパク質
Flavin prenyltransferase UbiX


分子量: 21977.537 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: ubiX, CT_220 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O84222, flavin prenyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM Magnesium Acetate Tetrahydrate, 20% PEG-3350 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 116816 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 38.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.198 / Net I/σ(I): 21.13
反射 シェル解像度: 2.19→2.24 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique obs: 5680 / CC1/2: 0.818 / Χ2: 0.839 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zaf

4zaf


解像度: 2.19→44.92 Å / SU ML: 0.2536 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.0705
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 1999 1.71 %
Rwork0.1896 114729 -
obs0.1903 116728 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→44.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16721 0 372 521 17614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014817414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.984823806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06022970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.21146332
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.574950192217
ens_1d_3CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.589511077815
ens_1d_4CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.625457223776
ens_1d_5CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.631129089377
ens_1d_6CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.482672606357
ens_1d_7CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.53071620027
ens_1d_8CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.496331508543
ens_1d_9CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.828956870894
ens_1d_10CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.46413544149
ens_1d_11CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.607544858636
ens_1d_12CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.902093608563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.250.31311320.26797639X-RAY DIFFRACTION93.05
2.25-2.310.29891400.25128033X-RAY DIFFRACTION97.75
2.31-2.380.27271390.23658006X-RAY DIFFRACTION97.43
2.38-2.450.27621430.23268160X-RAY DIFFRACTION98.67
2.45-2.540.24881420.22598120X-RAY DIFFRACTION98.98
2.54-2.640.23751420.21758124X-RAY DIFFRACTION98.84
2.64-2.760.27241420.21638212X-RAY DIFFRACTION99.15
2.76-2.910.24641430.22078190X-RAY DIFFRACTION99.42
2.91-3.090.26781440.21538237X-RAY DIFFRACTION99.57
3.09-3.330.2651440.21268287X-RAY DIFFRACTION99.73
3.33-3.660.24581450.19678303X-RAY DIFFRACTION99.81
3.67-4.190.21311450.16478360X-RAY DIFFRACTION99.86
4.19-5.280.20591470.14388391X-RAY DIFFRACTION99.68
5.28-44.920.17111510.16578667X-RAY DIFFRACTION99.38

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る