[日本語] English
万見
- PDB-7km1: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H59N mutant w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7km1
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H59N mutant with pyruvate bound in the active site and R,R-bislysine bound at the allosteric site
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / Dihydrodipicolinate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VN / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Saran, S. / Majdi Yazdi, M. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: H59 PLAYS THE MOST VITAL ROLE IN THE TRANSMISSION OF THE ALLOSTERIC INHIBITION SIGNALS IN Cj.DHDPS ENZYME
著者: Saran, S. / Skovpen, Y. / Majdi Yazdi, M. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,28461
ポリマ－204,9676
非ポリマー5,31755
水12,376687
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,26924
ポリマ－68,3222
非ポリマー1,94622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21990 Å2
手法PISA
2
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,99919
ポリマ－68,3222
非ポリマー1,67717
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22580 Å2
手法PISA
3
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,01618
ポリマ－68,3222
非ポリマー1,69416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.010, 230.450, 200.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...
21(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...
31(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...
41(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...
51(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...
61(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLUGLU(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 2415 - 36
12SERSERALAALA(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA26 - 2838 - 40
13LEULEUILEILE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA30 - 3142 - 43
14ARGARGILEILE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA33 - 3545 - 47
15ASNASNASNASN(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA37 - 5949 - 71
16THRTHRVALVAL(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA61 - 6773 - 79
17THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA69 - 7381 - 85
18VALVALASNASN(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA75 - 11287 - 124
19PROPROGLYGLY(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA114 - 141126 - 153
110THRTHRCYSCYS(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA143 - 159155 - 171
111ILEILEVALVAL(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA162 - 165174 - 177
112GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA167 - 228179 - 240
113TYRTYRTYRTYR(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA230242
114LEULEUILEILE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA240 - 266252 - 278
115SERSERLYSLYS(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA268 - 280280 - 292
116ASNASNMETMET(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA282 - 290294 - 302
117TYRTYRTYRTYR(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA293305
118ILEILEGLYGLY(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA295 - 297307 - 309
119PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA298310
120LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
121LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
122LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
123LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
124LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
125LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
126LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
127LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
128LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
129LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...AA3 - 29815 - 310
21LYSLYSGLUGLU(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 2415 - 36
22SERSERALAALA(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB26 - 2838 - 40
23LEULEUILEILE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB30 - 3142 - 43
24ARGARGILEILE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB33 - 3545 - 47
25ASNASNASNASN(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB37 - 5949 - 71
26THRTHRVALVAL(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB61 - 6773 - 79
27THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB69 - 7381 - 85
28VALVALASNASN(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB75 - 11287 - 124
29PROPROGLYGLY(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB114 - 141126 - 153
210THRTHRCYSCYS(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB143 - 159155 - 171
211ILEILEVALVAL(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB162 - 165174 - 177
212GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB167 - 228179 - 240
213TYRTYRTYRTYR(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB230242
214LEULEUILEILE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB240 - 266252 - 278
215SERSERLYSLYS(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB268 - 280280 - 292
216ASNASNMETMET(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB282 - 290294 - 302
217TYRTYRTYRTYR(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB293305
218ILEILEGLYGLY(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB295 - 297307 - 309
219PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB298310
220LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
221LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
222LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
223LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
224LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
225LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
226LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
227LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
228LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
229LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...BB3 - 29815 - 310
31LYSLYSGLUGLU(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 2415 - 36
32SERSERALAALA(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC26 - 2838 - 40
33LEULEUILEILE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC30 - 3142 - 43
34ARGARGILEILE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC33 - 3545 - 47
35ASNASNASNASN(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC37 - 5949 - 71
36THRTHRVALVAL(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC61 - 6773 - 79
37THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC69 - 7381 - 85
38VALVALASNASN(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC75 - 11287 - 124
39PROPROGLYGLY(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC114 - 141126 - 153
310THRTHRCYSCYS(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC143 - 159155 - 171
311ILEILEVALVAL(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC162 - 165174 - 177
312GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC167 - 228179 - 240
313TYRTYRTYRTYR(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC230242
314LEULEUILEILE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC240 - 266252 - 278
315SERSERLYSLYS(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC268 - 280280 - 292
316ASNASNMETMET(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC282 - 290294 - 302
317TYRTYRTYRTYR(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC293305
318ILEILEGLYGLY(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC295 - 297307 - 309
319PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC298310
320LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
321LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
322LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
323LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
324LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
325LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
326LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
327LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
328LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
329LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...CC3 - 29815 - 310
41LYSLYSGLUGLU(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 2415 - 36
42SERSERALAALA(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD26 - 2838 - 40
43LEULEUILEILE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD30 - 3142 - 43
44ARGARGILEILE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD33 - 3545 - 47
45ASNASNASNASN(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD37 - 5949 - 71
46THRTHRVALVAL(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD61 - 6773 - 79
47THRTHRTHRTHR(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD69 - 7381 - 85
48VALVALASNASN(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD75 - 11287 - 124
49PROPROGLYGLY(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD114 - 141126 - 153
410THRTHRCYSCYS(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD143 - 159155 - 171
411ILEILEVALVAL(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD162 - 165174 - 177
412GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD167 - 228179 - 240
413TYRTYRTYRTYR(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD230242
414LEULEUILEILE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD240 - 266252 - 278
415SERSERLYSLYS(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD268 - 280280 - 292
416ASNASNMETMET(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD282 - 290294 - 302
417TYRTYRTYRTYR(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD293305
418ILEILEGLYGLY(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD295 - 297307 - 309
419PHEPHEPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD298310
420LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
421LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
422LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
423LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
424LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
425LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
426LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
427LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
428LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
429LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...DD3 - 29815 - 310
51LYSLYSGLUGLU(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 2415 - 36
52SERSERALAALA(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE26 - 2838 - 40
53LEULEUILEILE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE30 - 3142 - 43
54ARGARGILEILE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE33 - 3545 - 47
55ASNASNASNASN(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE37 - 5949 - 71
56THRTHRVALVAL(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE61 - 6773 - 79
57THRTHRTHRTHR(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE69 - 7381 - 85
58VALVALASNASN(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE75 - 11287 - 124
59PROPROGLYGLY(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE114 - 141126 - 153
510THRTHRCYSCYS(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE143 - 159155 - 171
511ILEILEVALVAL(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE162 - 165174 - 177
512GLUGLUGLUGLU(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE167 - 228179 - 240
513TYRTYRTYRTYR(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE230242
514LEULEUILEILE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE240 - 266252 - 278
515SERSERLYSLYS(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE268 - 280280 - 292
516ASNASNMETMET(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE282 - 290294 - 302
517TYRTYRTYRTYR(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE293305
518ILEILEGLYGLY(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE295 - 297307 - 309
519PHEPHEPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE298310
520LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
521LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
522LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
523LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
524LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
525LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
526LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
527LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
528LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
529LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...EE3 - 29815 - 310
61LYSLYSGLUGLU(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF3 - 2415 - 36
62SERSERALAALA(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF26 - 2838 - 40
63LEULEUILEILE(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF30 - 3142 - 43
64ARGARGILEILE(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF33 - 3545 - 47
65THRTHRVALVAL(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF61 - 6773 - 79
66THRTHRTHRTHR(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF69 - 7381 - 85
67ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF2 - 29814 - 310
68ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF2 - 29814 - 310
69ILEILEVALVAL(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF162 - 165174 - 177
610GLUGLUGLUGLU(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF167 - 228179 - 240
611TYRTYRTYRTYR(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF230242
612ILEILEASPASP(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF236 - 238248 - 250
613ASNASNARGARG(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF282 - 29294 - 41
614TYRTYRTYRTYR(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF293305
615ILEILEPHEPHE(chain F and (resid 3:24 or resid 26:28 or resid...FF295 - 298307 - 310

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34161.215 Da / 分子数: 6 / 変異: H59N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 9種, 742分子

#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-3VN / (2R,5R)-2,5-diamino-2,5-bis(4-aminobutyl)hexanedioic acid / bis-Lysine / 2,2′-エチレンビス[(R)-2,6-ジアミノヘキサン酸]


分子量: 318.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 0.5 M Magnesium acetate, 8 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4), 120 mM R,R-bisLysine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月9日
放射モノクロメーター: double beam monochromater / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→49.556 Å / Num. obs: 167633 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 30.96 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.24
反射 シェル解像度: 1.84→1.906 Å / Rmerge(I) obs: 0.5438 / Num. unique obs: 16793 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2398精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 1.84→49.556 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2113 8381 5 %
Rwork0.1812 159235 -
obs0.1827 167616 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.49 Å2 / Biso mean: 33.0972 Å2 / Biso min: 17.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→49.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13675 0 350 687 14712
Biso mean--45.02 36.28 -
残基数----1777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514215
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90319106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5698655
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7429X-RAY DIFFRACTION5.452TORSIONAL
12B7429X-RAY DIFFRACTION5.452TORSIONAL
13C7429X-RAY DIFFRACTION5.452TORSIONAL
14D7429X-RAY DIFFRACTION5.452TORSIONAL
15E7429X-RAY DIFFRACTION5.452TORSIONAL
16F7429X-RAY DIFFRACTION5.452TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.84-1.86090.33162820.29045351100
1.8609-1.88280.34732790.28595302100
1.8828-1.90580.29512790.25115299100
1.9058-1.92990.29152810.24095348100
1.9299-1.95530.27132780.23615279100
1.9553-1.98210.27092830.22135370100
1.9821-2.01040.26182790.21835308100
2.0104-2.04040.26812800.21615308100
2.0404-2.07230.25032780.2177531199
2.0723-2.10630.24412760.2126523598
2.1063-2.14260.23792810.19295334100
2.1426-2.18150.23782810.19295355100
2.1815-2.22350.21362790.1872529299
2.2235-2.26890.22392800.1823532399
2.2689-2.31820.21532810.182534199
2.3182-2.37210.24082780.1873527799
2.3721-2.43150.23112780.1904527799
2.4315-2.49720.2292810.1819533999
2.4972-2.57070.21972750.1742523398
2.5707-2.65370.21382790.1724529699
2.6537-2.74850.21392790.1732530799
2.7485-2.85850.19692800.1784531999
2.8585-2.98860.25462750.1808522197
2.9886-3.14610.20412780.1748527597
3.1461-3.34320.19442730.1822520297
3.3432-3.60130.19252770.1773525397
3.6013-3.96360.18952800.1694532398
3.9636-4.53680.1722760.1586524596
4.5368-5.71450.18482830.1727537598
5.7145-8.230.1982920.1644553797

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る