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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7klu | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Tetrameric human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) in the presence of AMP-PNP | |||||||||||||||||||||
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![]() | CHAPERONE / Hsp90 / TRAP1 / SdhB / mitochondria / SpyTag / SpyCatcher | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide ...translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / ubiquinone binding / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / cell periphery / mitochondrial membrane / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / unfolded protein binding / protein folding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / mitochondrial matrix / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Liu, Y.X. / Agard, D.A. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM analysis of human mitochondrial Hsp90 in multiple tetrameric states 著者: Liu, Y.X. / Agard, D.A. / Elnatan, D. / Sun, M. / Larson, A.G. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 468.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 367.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 108.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 87094.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TRAP1, HSP75 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 93121.344 Da / 分子数: 2 Fragment: TRAP-1 (UNP residues 60-704) + SpyTag + SdhB (UNP residues 29-160) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TRAP1, HSP75, SDHB, SDH, SDH1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12931, UniProt: P21912, succinate dehydrogenase #3: 化合物 | ChemComp-ANP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-K / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Tetrameric human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) in the presence of AMP-PNP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.360 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: CTFFIND / カテゴリ: CTF補正 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94355 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6XG6 Accession code: 6XG6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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