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- PDB-7klp: Crystal structure of a three-tetrad, parallel, K+ stabilized huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7klp
タイトルCrystal structure of a three-tetrad, parallel, K+ stabilized human telomeric G-quadruplex
要素telomeric DNA
キーワードDNA / three-quartets / Parallel / G-quadruplex / Propeller Loops / human telomeric DNA
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Yatsunyk, L.A. / Li, K.S. / Chen, E.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA208676-01A1 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Water spines and networks in G-quadruplex structures.
著者: Li, K. / Yatsunyk, L. / Neidle, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of a three-tetrad, parallel, K + -stabilized human telomeric G-quadruplex at 1.35 angstrom resolution.
著者: Chen, E.V. / Nicoludis, J.M. / Powell, B.M. / Li, K.S. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2020年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: telomeric DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4617
ポリマ－6,9831
非ポリマー4786
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, demonstrates that the DNA adopts a monomolecular structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.686, 56.686, 42.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

K

21A-104-

K

31A-105-

K

41A-202-

HOH

51A-263-

HOH

61A-310-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 telomeric DNA


分子量: 6983.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 % / 解説: small square bipyramides
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Li Cac pH 7.2, 200 mM KCl, 500 mM (NH4)2SO4, 23% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→49.17 Å / Num. obs: 32545 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 19.57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 6.026 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 809 / CC1/2: 0.32 / Rpim(I) all: 2.187 / Rrim(I) all: 6.423 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PHENIX1.18.2_3874位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FXM

4fxm


解像度: 1.35→42.31 Å / SU ML: 0.1627 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.4905
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1761 1454 10.03 %
Rwork0.142 13048 -
obs0.1455 14502 84.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→42.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 465 24 111 600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41381020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.010927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.8997284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.40.34131030.3648838X-RAY DIFFRACTION56.01
1.4-1.450.38761040.2962990X-RAY DIFFRACTION63.64
1.45-1.520.33771110.27511063X-RAY DIFFRACTION69.67
1.52-1.60.24171420.21461223X-RAY DIFFRACTION80.29
1.6-1.70.17241570.14381358X-RAY DIFFRACTION88.24
1.7-1.830.18111550.15141437X-RAY DIFFRACTION93.37
1.83-2.020.211660.16441488X-RAY DIFFRACTION96.22
2.02-2.310.22841650.1771517X-RAY DIFFRACTION98.71
2.31-2.910.18581730.15531544X-RAY DIFFRACTION99.71
2.91-42.310.13671780.1051590X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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