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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kln | ||||||
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タイトル | Myoviridae Phage XM1 Neck Region (12-fold) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Myoviridae / Phage / Baseplate complex | ||||||
生物種 | Vibrio phage XM1 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Klose, T. / Jiang, W. / Kuhn, R.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Structure of Vibrio phage XM1, a simple contractile DNA injection machine 著者: Wang, Z. / Fokine, A. / Guo, X. / Jiang, W. / Rossmann, M.G. / Kuhn, R.J. / Luo, Z.H. / Klose, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kln.cif.gz | 959.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kln.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7kln.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kln_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kln_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kln_validation.xml.gz | 167.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kln_validation.cif.gz | 231.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/7kln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/7kln | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47018.758 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ) #2: タンパク質 | 分子量: 12746.998 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio phage XM1 (ファージ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vibrio phage XM1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vibrio phage XM1 (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Vibrio rotiferianus |
ウイルス殻 | 名称: capsid / 直径: 640 nm / 三角数 (T数): 7 |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 8 mM MgSO4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16015 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |