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- PDB-7kkv: Crystal structure of Bacillus halodurans OapB in complex with its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kkv
タイトルCrystal structure of Bacillus halodurans OapB in complex with its OLE RNA target (native, crystal form I)
要素
  • OLE* RNA
  • OLE-associated protein B
キーワードRNA-BINDING PROTEIN/RNA / ribonucleoprotein complex / OLE RNA / noncoding RNA / RNA / RNA-BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14, KOW motif / SH3 type barrels. - #30 / SH3 type barrels. / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / BH0157 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yang, Y. / Breaker, R.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM022778 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structure of a bacterial OapB protein with its OLE RNA target gives insights into the architecture of the OLE ribonucleoprotein complex.
著者: Yang, Y. / Harris, K.A. / Widner, D.L. / Breaker, R.R.
履歴
登録2020年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OLE-associated protein B
B: OLE* RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2496
ポリマ－30,8442
非ポリマー4054
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.947, 98.947, 197.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-357-

HOH

21B-861-

HOH

31B-903-

HOH

41B-917-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 OLE-associated protein B / OapB


分子量: 11378.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: BH0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KGD7
#2: RNA鎖 OLE* RNA


分子量: 19465.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 282分子

#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.0 to 7.5), 200 mM NH4Cl and 39 to 42.5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
PH範囲: 7.0 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42.84 Å / Num. obs: 27246 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 123752
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-24.71.71873918550.490.8671.922196.9
8.93-42.844.10.0212843150.9990.0120.02365.795.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.16_3549位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7K9D

7k9d


解像度: 2→41.875 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 1261 5 %
Rwork0.1693 23979 -
obs0.1703 25240 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 224.96 Å2 / Biso mean: 75.9925 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数736 1288 25 278 2327
Biso mean--73.67 75.2 -
残基数----149
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.08010.3261380.3225260398
2.0801-2.17480.30111370.2739260798
2.1748-2.28940.28621380.2509263799
2.2894-2.43280.24551390.2313264599
2.4328-2.62060.27531390.2312264599
2.6206-2.88430.31471400.2427266399
2.8843-3.30150.18081400.1634268699
3.3015-4.1590.14191420.1454269499
4.159-41.8750.17061480.1451279999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1929-0.77581.5147.6135-0.81537.46240.3051-1.3417-0.24330.48920.17031.16350.5097-1.6069-0.8540.5741-0.00630.0970.86540.060.6667-9.227833.9047121.1426
25.70821.2727-0.08543.9501-1.21244.08060.17750.6374-0.2117-0.7590.1239-0.31261.51290.3744-0.12730.71950.2006-0.02930.6088-0.03730.5978-1.814830.6022108.6724
34.48251.28481.33033.6351-0.53444.40110.35150.07260.66790.3373-0.2946-0.0677-0.2445-0.1629-0.02210.59780.16770.08630.62850.01190.5416-2.042539.1537118.7079
43.68250.61411.49432.2809-0.98664.91490.02220.04910.23030.0560.13440.57880.3755-0.9647-0.22090.49040.10.11330.6520.05230.5997-8.607634.8552116.9352
53.18431.65921.91887.36930.78074.29670.2088-1.65570.7661.6143-0.11580.79140.1058-0.4891-0.06170.95810.0690.11951.0076-0.03510.6683-1.055837.7808133.0261
66.10460.2262.28978.09281.98117.46180.7103-1.1059-0.59751.2528-0.27560.49561.7054-0.1973-0.3570.94950.0574-0.05770.67030.11180.77010.405225.4692126.5985
72.9882-1.02610.29121.25530.19430.0882-0.09470.52440.25610.05650.1242-0.05360.0748-0.0987-0.06970.46520.11070.09620.76970.07770.62430.230337.140998.6491
81.97380.077-1.35280.6054-0.92712.11580.3010.9850.4363-0.13090.14280.1166-0.2187-1.016-0.39770.68170.19410.09491.02260.06280.614413.406632.315977.621
94.5576-2.3238-1.60643.8121-1.02952.440.49971.76620.8795-1.01850.0114-0.0151-0.2933-0.9412-0.65521.00210.34450.26891.60260.21640.7747-1.616238.910581.9597
106.40590.3286-2.29680.48980.54261.7468-0.76682.26941.7727-2.31760.9191-0.1259-0.53671.7843-0.0621.59160.24430.33792.62860.79451.5794-8.688949.064178.9736
112.89441.16680.83911.66440.734.43030.44541.22110.4046-0.3179-0.0810.29410.1087-0.50420.07510.540.16060.05091.02850.09330.7017-12.836938.987391.2233
122.33361.10031.44311.5362-0.33192.1794-0.40530.43221.05580.43260.15480.7034-0.0771-0.35710.21180.43910.1080.05880.8260.04190.7884-16.232147.0114104.4675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 16 )A6 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 24 )A17 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 50 )A25 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 51 through 65 )A51 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 66 through 79 )A66 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 80 through 94 )A80 - 94
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 485 through 509 )B485 - 509
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 510 through 524 )B510 - 524
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 525 through 529 )B525 - 529
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 530 through 534 )B530 - 534
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 535 through 539 )B535 - 539
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 540 through 543 )B540 - 543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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