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- PDB-7kkp: Structure of the catalytic domain of tankyrase 1 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kkp
タイトルStructure of the catalytic domain of tankyrase 1 in complex with niraparib
要素Poly [ADP-ribose] polymerase
キーワードTRANSFERASE / PARP1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material ...negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / mitotic spindle pole / : / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / mRNA transport / spindle assembly / nuclear pore / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / peptidyl-threonine phosphorylation / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / nuclear body / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / cell division / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat ...: / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3JD / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Ryan, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Dissecting the molecular determinants of clinical PARP1 inhibitor selectivity for tankyrase1.
著者: Ryan, K. / Bolanos, B. / Smith, M. / Palde, P.B. / Cuenca, P.D. / VanArsdale, T.L. / Niessen, S. / Zhang, L. / Behenna, D. / Ornelas, M.A. / Tran, K.T. / Kaiser, S. / Lum, L. / Stewart, A. / Gajiwala, K.S.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase
B: Poly [ADP-ribose] polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,15713
ポリマ－48,7132
非ポリマー1,44411
水9,728540
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0316
ポリマ－24,3571
非ポリマー6745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1277
ポリマ－24,3571
非ポリマー7706
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.370, 74.080, 151.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase / PARP


分子量: 24356.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59FX0, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-3JD / 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide / Niraparib / ニラパリブ


分子量: 320.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Buffer: 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 5.50) Salt: 0.2 M lithium sulfate monohydrate Precipitant: 30.0 %v/v iso-propanol Precipitant: 10.0 %w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→75.88 Å / Num. obs: 75846 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.42→1.51 Å / Num. unique obs: 3785 / CC1/2: 0.538

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2rf5

2rf5


解像度: 1.4→41.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.072
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 3700 4.88 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 75846 78.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 159.35 Å2 / Biso mean: 20.89 Å2 / Biso min: 7.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0221 Å20 Å20 Å2
2---0.1271 Å20 Å2
3---0.1051 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→41.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3332 0 79 540 3951
Biso mean--32.09 32.38 -
残基数----412
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1241SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes628HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3562HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion430SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4343SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3562HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4807HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.7
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.47 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 74 4.88 %
Rwork0.2195 1443 -
all0.2205 1517 -
obs--12.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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