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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kkb | ||||||
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タイトル | Fluoride channel Fluc-Ec2 mutant S81C with bromide | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / fluoride channel | ||||||
機能・相同性 | ![]() fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McIlwain, B.C. / Stockbridge, R.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The fluoride permeation pathway and anion recognition in Fluc family fluoride channels. 著者: McIlwain, B.C. / Gundepudi, R. / Koff, B.B. / Stockbridge, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 998.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 998.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 7分子 ABCD![](data/chem/img/DMU.gif)
![](data/chem/img/DMU.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 13599.307 Da / 分子数: 2 / 変異: S81C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 10375.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #6: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 7分子 ![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/F.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/F.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.34 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M glycine pH 9 36% PEG 600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91836 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→46.65 Å / Num. obs: 23623 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.386 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 295813 / Scaling rejects: 112 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5A43 解像度: 2.9→46.65 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 211.3 Å2 / Biso mean: 68.6302 Å2 / Biso min: 33.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→46.65 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.527 Å / Origin y: -42.7316 Å / Origin z: -21.6967 Å
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精密化 TLSグループ |
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