[日本語] English
万見
- PDB-7kjt: KEOPS tRNA modifying sub-complex of archaeal Cgi121 and tRNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kjt
タイトルKEOPS tRNA modifying sub-complex of archaeal Cgi121 and tRNA
要素
  • RNA (70-MER)
  • Regulatory protein Cgi121
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / KEOPS / tRNA / Cgi121 / RNA modifying enzyme / N6-threonylcarbamoyl adenosine / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / : / RNA / RNA (> 10) / Regulatory protein Cgi121
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Ceccarelli, D.F. / Beenstock, J. / Mao, D.Y.L. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN 143277 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A substrate binding model for the KEOPS tRNA modifying complex.
著者: Beenstock, J. / Ona, S.M. / Porat, J. / Orlicky, S. / Wan, L.C.K. / Ceccarelli, D.F. / Maisonneuve, P. / Szilard, R.K. / Yin, Z. / Setiaputra, D. / Mao, D.Y.L. / Khan, M. / Raval, S. / ...著者: Beenstock, J. / Ona, S.M. / Porat, J. / Orlicky, S. / Wan, L.C.K. / Ceccarelli, D.F. / Maisonneuve, P. / Szilard, R.K. / Yin, Z. / Setiaputra, D. / Mao, D.Y.L. / Khan, M. / Raval, S. / Schriemer, D.C. / Bayfield, M.A. / Durocher, D. / Sicheri, F.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (70-MER)
H: Regulatory protein Cgi121


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5062
ポリマ－41,5062
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, NMR HSQC and Fluorescence polarization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.284, 121.284, 91.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (70-MER)


分子量: 24413.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pUC19 / 詳細 (発現宿主): hepatitis delta virus ribozyme
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
参照: GenBank: 6626255
#2: タンパク質 Regulatory protein Cgi121 / Positive regulator of Bud32 kinase activity


分子量: 17092.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: cgi121, MJ0187 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57646

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM lithium sulfate, 25% PEG3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.0001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→60.62 Å / Num. obs: 11643 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.34-3.439.91.428521100
14.94-60.628.60.025157198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.46 Å52.52 Å
Translation6.46 Å52.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
DIALS1.14.5データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ENH

3enh


解像度: 3.34→36.58 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 593 5.11 %
Rwork0.2148 11018 -
obs0.2158 11611 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 406.53 Å2 / Biso mean: 143.5148 Å2 / Biso min: 57.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.34→36.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1114 1486 0 0 2600
残基数----215
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.34-3.680.34121360.309927372873
3.68-4.210.24381560.229226982854
4.21-5.30.2311380.230627472885
5.3-36.580.21611630.184328362999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7742.14760.13093.78863.01445.4511-0.7620.71480.7956-0.8697-0.06910.6187-0.6785-1.4060.25760.639-0.0065-0.05150.38660.05560.3801-56.757345.6888-16.0026
29.3398-8.00237.75029.6472-6.82417.3583-0.0488-0.7117-2.19840.22170.73361.97071.1682-1.71142.57360.8036-0.20730.32760.886-0.17020.9433-66.684232.9717-9.6337
31.804-1.1169-0.5794.6563.34822.47550.38610.45150.2-1.13030.3465-1.0924-0.93340.23662.36861.26310.1801-0.50690.2822-0.12540.4527-64.73055.8751-7.9032
45.0658-2.7556-5.97277.16483.48237.0347-0.9562-1.21470.48890.13041.0645-1.35890.14080.9248-2.06951.70150.3001-0.0640.6812-0.17930.6721-70.8543-2.55271.4662
50.0866-0.8411-0.05317.18621.50184.7043-0.22620.34920.4122-0.9167-0.37620.3417-0.5232-1.00470.52721.15770.1539-0.0760.6442-0.10640.7403-69.7884-11.9656-3.7313
63.6054-4.1651-1.60768.13051.67832.8475-0.3577-0.1175-1.58741.60870.5381.3372.2217-1.634-1.01181.953-0.2156-0.32311.4877-0.14851.8899-86.7652-10.684412.335
70.7614-0.6795-2.124.86621.04795.77370.22080.47880.5248-1.1669-0.41680.4618-0.4469-0.39190.18811.63790.1965-0.27220.97460.13890.9072-67.9857-0.6239-16.2359
85.42390.00141.08328.4937-0.44963.9478-0.5635-1.9384-0.3774-2.3031-0.9988-1.06232.48390.63990.48031.44490.29580.09730.98240.00750.9398-46.676225.133-11.5215
94.867-4.55370.80895.0473-3.50859.6633-0.1767-0.41911.26060.57711.107-0.5182-1.6904-0.59050.19350.9719-0.3075-0.19350.75150.03880.7552-49.930848.7315-9.5872
106.7576-0.30535.52256.7793-1.05955.67860.01711.7011-0.0655-0.2133-0.2858-1.71190.37650.9197-0.87720.58980.0615-0.17920.64490.1380.6248-47.483242.1602-13.2524
111.8983-0.0850.81058.9906-6.29754.9739-0.536-0.50530.0555-0.47440.99020.72280.0998-2.50660.55050.83750.01690.18321.11920.00150.3524-59.5539.2808-3.7979
129.0745-5.9975-1.24785.79171.45790.8399-0.3024-1.6679-2.57350.81410.12321.20660.7626-0.9627-0.73331.18330.0624-0.11020.9240.23970.8161-52.126428.2652-2.5231
138.79187.8085-7.69968.8534-5.29521.99910.2381-1.029-0.80231.5544-0.5025-1.98470.59061.6733-0.89430.80930.1496-0.05120.5185-0.11250.7679-52.547934.7899-7.1885
146.77413.789-3.83036.7005-7.28148.9639-0.99651.6144-1.604-1.21820.0393-1.90533.6146-0.69860.44261.2209-0.04370.10650.9368-0.36060.9054-53.703230.073-16.0543
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 80 through 133 )H80 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 134 through 147 )H134 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 11 through 15 )A11 - 15
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 16 through 25 )A16 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 26 through 46 )A26 - 46
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 47 through 71 )A47 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 72 through 76 )A72 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 3 through 17 )H3 - 17
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 18 through 37 )H18 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 38 through 50 )H38 - 50
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 51 through 57 )H51 - 57
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 58 through 67 )H58 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 68 through 79 )H68 - 79

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る