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- PDB-7kj8: Wild-type epi-isozizaene synthase: complex with 3 Mg2+ and pamidronate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kj8
タイトルWild-type epi-isozizaene synthase: complex with 3 Mg2+ and pamidronate
要素epi-isozizaene synthase
キーワードLYASE / terpene cyclase / complex / bisphosphonate inhibitor / pamidronate
機能・相同性
機能・相同性情報


epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / terpene synthase activity / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PAMIDRONATE / Terpene synthase / Epi-isozizaene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ronnebaum, T.A. / Gardner, S.M. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: An Aromatic Cluster in the Active Site of epi -Isozizaene Synthase Is an Electrostatic Toggle for Divergent Terpene Cyclization Pathways.
著者: Ronnebaum, T.A. / Gardner, S.M. / Christianson, D.W.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: epi-isozizaene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1206
ポリマ－43,7161
非ポリマー4045
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.540, 46.890, 75.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 epi-isozizaene synthase


分子量: 43716.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: HCU77_26465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6M9XZI2, UniProt: Q9K499*PLUS, epi-isozizaene synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-210 / PAMIDRONATE / (3-AMINO-1-HYDROXY-1-PHOSPHONO-PROPYL)PHOSPHONIC ACID / パミドロン酸


分子量: 235.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H11NO7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 mM Bis-Tris, pH 5.5, 0.05 mM Bis-Tris, pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→52.18 Å / Num. obs: 88651 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.47 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Num. unique obs: 1828 / CC1/2: 0.575 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KB9

3kb9


解像度: 1.9→52.18 Å / SU ML: 0.2344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.7128 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 3647 7.03 %
Rwork0.185 48238 -
obs0.1881 51885 92.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→52.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2696 0 21 183 2900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00582807
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77653846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.22682203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.28841350.24871694X-RAY DIFFRACTION85.87
1.93-1.950.34791360.24911837X-RAY DIFFRACTION89.48
1.95-1.980.31281360.25031779X-RAY DIFFRACTION89.61
1.98-2.010.3471370.25221804X-RAY DIFFRACTION89.65
2.01-2.040.27871410.25651822X-RAY DIFFRACTION89.31
2.04-2.070.25991340.22991803X-RAY DIFFRACTION90.01
2.07-2.110.2781370.23721862X-RAY DIFFRACTION90.82
2.11-2.150.27781410.22591819X-RAY DIFFRACTION90.99
2.15-2.190.27971400.22211831X-RAY DIFFRACTION91.17
2.19-2.230.23481360.20431797X-RAY DIFFRACTION90.2
2.23-2.280.2531380.21191847X-RAY DIFFRACTION90.23
2.28-2.340.27461280.2011793X-RAY DIFFRACTION87.76
2.34-2.390.2391220.19771626X-RAY DIFFRACTION82.1
2.39-2.460.27331370.19571818X-RAY DIFFRACTION89.93
2.46-2.530.25851500.19551907X-RAY DIFFRACTION95.94
2.53-2.610.20191520.18682015X-RAY DIFFRACTION96.18
2.61-2.710.26781440.19461893X-RAY DIFFRACTION97.14
2.71-2.810.23551480.17891952X-RAY DIFFRACTION96.55
2.81-2.940.21641550.18431987X-RAY DIFFRACTION96.84
2.94-3.10.2141400.18471915X-RAY DIFFRACTION96.48
3.1-3.290.26791440.16841953X-RAY DIFFRACTION96.37
3.29-3.550.19191470.16521925X-RAY DIFFRACTION96.06
3.55-3.90.19441450.14691910X-RAY DIFFRACTION94.35
3.9-4.470.1751340.13891766X-RAY DIFFRACTION88.29
4.47-5.630.16191430.16091880X-RAY DIFFRACTION93.66
5.63-52.180.20551470.16612003X-RAY DIFFRACTION98.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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