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万見
- PDB-7khv: CpOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 54 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7khv
タイトルCpOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 54
要素O-GlcNAcase NagJ
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / GLYCOSIDE HYDROLASE / INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-GlcNAcase / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 ...: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X1A / O-GlcNAcase NagJ
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shaffer, P.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Diazaspirononane Nonsaccharide Inhibitors of O-GlcNAcase (OGA) for the Treatment of Neurodegenerative Disorders.
著者: Martinez-Viturro, C.M. / Trabanco, A.A. / Royes, J. / Fernandez, E. / Tresadern, G. / Vega, J.A. / Del Cerro, A. / Delgado, F. / Garcia Molina, A. / Tovar, F. / Shaffer, P. / Ebneth, A. / ...著者: Martinez-Viturro, C.M. / Trabanco, A.A. / Royes, J. / Fernandez, E. / Tresadern, G. / Vega, J.A. / Del Cerro, A. / Delgado, F. / Garcia Molina, A. / Tovar, F. / Shaffer, P. / Ebneth, A. / Bretteville, A. / Mertens, L. / Somers, M. / Alonso, J.M. / Bartolome-Nebreda, J.M.
履歴
登録2020年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-GlcNAcase NagJ
B: O-GlcNAcase NagJ
C: O-GlcNAcase NagJ
D: O-GlcNAcase NagJ
E: O-GlcNAcase NagJ
F: O-GlcNAcase NagJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,20755
ポリマ－400,1566
非ポリマー6,05149
水28,1931565
1
A: O-GlcNAcase NagJ
B: O-GlcNAcase NagJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,35018
ポリマ－133,3852
非ポリマー1,96516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: O-GlcNAcase NagJ
D: O-GlcNAcase NagJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,73422
ポリマ－133,3852
非ポリマー2,34920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: O-GlcNAcase NagJ
F: O-GlcNAcase NagJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,12315
ポリマ－133,3852
非ポリマー1,73713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.489, 178.104, 407.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
O-GlcNAcase NagJ / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / GH84C / ...Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / GH84C / Hexosaminidase B / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase


分子量: 66692.719 Da / 分子数: 6 / 変異: D298N, V331C, N388D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: nagJ, CPF_1442 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0TR53, protein O-GlcNAcase

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非ポリマー , 5種, 1614分子

#2: 化合物
ChemComp-X1A / N-(5-{[6-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide


分子量: 398.485 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N8OS
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6 / 詳細: 2.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→203.53 Å / Num. obs: 225325 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 33.101 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 12.12
反射 シェル解像度: 2.3→2.55 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 60523 / CC1/2: 0.866 / Rrim(I) all: 0.493 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: previously solved C. perfringens O-GlcNAcase structure

解像度: 2.3→203.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 7.546 / SU ML: 0.172 / SU R Cruickshank DPI: 0.2536 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2471 1081 0.5 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2067 224244 94.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.67 Å2 / Biso mean: 35.238 Å2 / Biso min: 6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.45 Å20 Å2-0 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→203.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27443 0 483 1565 29491
Biso mean--45.2 31.2 -
残基数----3466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01928250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0225695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.411.96238417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.204359272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0853467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83525.8791434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33154658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.77915107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.24173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0232531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.026238
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 82 -
Rwork0.288 16751 -
all-16833 -
obs--96.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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