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- PDB-7kh8: Human LMPTP in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kh8
タイトルHuman LMPTP in complex with inhibitor
要素Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protein Tyrosine Phosphatase / LMWPTP / Inhibitor / Complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / sarcolemma / cytoplasmic side of plasma membrane / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight, mammalian / : / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Chem-WE7 / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Stanford, S.M. / Diaz, M.A. / Ardecky, R.J. / Zou, J. / Roosild, T. / Holmes, Z.J. / Hedrick, M.P. / Rodiles, S. / Santelli, E. / Chung, T.D.Y. ...Stanford, S.M. / Diaz, M.A. / Ardecky, R.J. / Zou, J. / Roosild, T. / Holmes, Z.J. / Hedrick, M.P. / Rodiles, S. / Santelli, E. / Chung, T.D.Y. / Jackson, M.R. / Bottini, N. / Pinkerton, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK106233 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Orally Bioavailable Purine-Based Inhibitors of the Low-Molecular-Weight Protein Tyrosine Phosphatase.
著者: Stanford, S.M. / Diaz, M.A. / Ardecky, R.J. / Zou, J. / Roosild, T. / Holmes, Z.J. / Nguyen, T.P. / Hedrick, M.P. / Rodiles, S. / Guan, A. / Grotegut, S. / Santelli, E. / Chung, T.D.Y. / ...著者: Stanford, S.M. / Diaz, M.A. / Ardecky, R.J. / Zou, J. / Roosild, T. / Holmes, Z.J. / Nguyen, T.P. / Hedrick, M.P. / Rodiles, S. / Guan, A. / Grotegut, S. / Santelli, E. / Chung, T.D.Y. / Jackson, M.R. / Bottini, N. / Pinkerton, A.B.
履歴
登録2020年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
B: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6096
ポリマ－35,7162
非ポリマー8934
水8,395466
1
A: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3053
ポリマ－17,8581
非ポリマー4462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3053
ポリマ－17,8581
非ポリマー4462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.971, 58.960, 95.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / LMW-PTPase / Adipocyte acid phosphatase / Low molecular weight cytosolic acid phosphatase / Red ...LMW-PTPase / Adipocyte acid phosphatase / Low molecular weight cytosolic acid phosphatase / Red cell acid phosphatase 1


分子量: 17858.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon+
参照: UniProt: P24666, protein-tyrosine-phosphatase, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-WE7 / 3-[(2,6-dichlorophenyl)methyl]-8-(2-methylphenyl)-3H-purin-6-amine


分子量: 384.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15Cl2N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 3350, Potassium Nitrate, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.18 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 72357 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 9.5 % / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 4521 / CC1/2: 0.909 / CC star: 0.976 / Rpim(I) all: 0.134 / Rrim(I) all: 0.302 / Χ2: 1.07 / % possible all: 59.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5jnr

5jnr


解像度: 1.3→47.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.205 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1608 3739 5.2 %RANDOM
Rwork0.1254 ---
obs0.1273 68550 95.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 242.26 Å2 / Biso mean: 18.557 Å2 / Biso min: 6.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→47.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 74 466 3006
Biso mean--14.64 32.21 -
残基数----310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132734
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.6923722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5261.6015676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4685347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.11322.089158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28815476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6881522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02611
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr14.09435166
LS精密化 シェル解像度: 1.304→1.338 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 210 -
Rwork0.27 3431 -
all-3641 -
obs--65.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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