PDB-7kh2: Structure of N-citrylornithine decarboxylase bound with PLP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kh2

タイトル

Structure of N-citrylornithine decarboxylase bound with PLP

要素

N-citrylornithine decarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / LYASE / rhizoferrin / putrescine / ornithine / citrate / Francisella / Ralstonia / Legionella / siderophore / spermidine / iron / polyamine / decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella novicida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Deng, X. / Tomchick, D. / Phillips, M. / Michael, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Alternative pathways utilize or circumvent putrescine for biosynthesis of putrescine-containing rhizoferrin.
著者: Li, B. / Deng, X. / Kim, S.H. / Buhrow, L. / Tomchick, D.R. / Phillips, M.A. / Michael, A.J.

履歴

登録	2020年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	4i0f-2 1tuf-d 2plj-d 6zyv-d 3zug-d 4c9b-d 3vqr-d 5bnd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: N-citrylornithine decarboxylase

B: N-citrylornithine decarboxylase

C: N-citrylornithine decarboxylase

D: N-citrylornithine decarboxylase

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
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1

A: N-citrylornithine decarboxylase

C: N-citrylornithine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 2 ポリマー
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2

B: N-citrylornithine decarboxylase

D: N-citrylornithine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.839, 279.061, 108.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	N-citrylornithine decarboxylase 分子量: 49944.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella novicida (バクテリア) 遺伝子: figC / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Methionine auxotroph / 参照: UniProt: Q15EG8
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: cubic like crystal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.7 M Ammonium sulfate, 0.085 M Hepes pH 7.5, 1.7% PEG400, 15% Glycerol, and 10 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793217 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日 / 詳細: Sagittal focusing 2nd crystal
放射	モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793217 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 237296 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.98 Å² / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 35.95
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 6761 / CC_1/2: 0.741 / R_pim(I) all: 0.322 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→40.65 Å / SU ML: 0.1696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1992	3639	1.53 %
R_work	0.1737	233644	-
obs	0.1741	237283	90.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13163	0	112	683	13958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	13540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.661	18338
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0452	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	2308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.0281	1800

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.2463	72	0.236	4752	X-RAY DIFFRACTION	47.79
2.08-2.11	0.2538	82	0.2242	5386	X-RAY DIFFRACTION	55
2.11-2.14	0.2536	95	0.2166	5976	X-RAY DIFFRACTION	59.95
2.14-2.17	0.2261	106	0.2006	6583	X-RAY DIFFRACTION	66.85
2.17-2.2	0.2106	106	0.1971	7214	X-RAY DIFFRACTION	72.9
2.2-2.24	0.2217	127	0.1933	7970	X-RAY DIFFRACTION	80.5
2.24-2.28	0.2231	138	0.1957	8757	X-RAY DIFFRACTION	88.74
2.28-2.32	0.2223	147	0.1953	9426	X-RAY DIFFRACTION	95.13
2.32-2.36	0.2585	151	0.1935	9752	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.36-2.41	0.2144	152	0.1858	9780	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.41-2.46	0.2253	151	0.1873	9797	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.46-2.52	0.1903	155	0.1851	9937	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.52-2.58	0.2134	149	0.1802	9825	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.58-2.65	0.1961	151	0.1849	9935	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.65-2.73	0.2234	155	0.1841	9850	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.73-2.82	0.2302	158	0.1824	9918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.92	0.2013	148	0.1836	9826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.04	0.1843	153	0.1835	9921	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.04-3.17	0.2311	161	0.19	9868	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.17-3.34	0.2089	149	0.1791	9891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.55	0.2179	157	0.1677	9875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.82	0.1811	151	0.1552	9877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.21	0.1277	160	0.1445	9892	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.21-4.82	0.1661	152	0.1318	9898	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-6.07	0.1816	157	0.1572	9856	X-RAY DIFFRACTION	100
6.07-40.65	0.2047	156	0.1779	9882	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.550502277236	-0.563730645149	-0.328757169103	0.577995097141	0.293368329386	0.870335886418	0.0442669318629	0.0637352073229	-0.18108478363	-0.413422237386	0.0562623684688	-0.468337897466	0.212655103148	0.548157711787	-0.161917214829	0.327897855081	0.0967388974982	0.177230100898	0.557541812444	-0.295115880991	0.754211139562	65.2217656736	10.8699784144	37.7285918912
2	0.775052949624	-0.213404547174	0.223084933051	0.672429353698	0.202236666934	0.898847451329	-0.0502400088607	0.234727511136	-0.0369775250189	-0.737310335334	0.211097803392	-0.257359423796	-0.134540508812	0.335643814776	-0.129979755189	0.672135631187	-0.114735707569	0.160839004189	0.228951964469	-0.0740589294618	0.267861388473	42.6511720337	25.324246921	23.8802206571
3	1.15513553285	-0.731668297347	0.297702444162	5.7489219911	-1.81990303417	1.57169711556	-0.187815592993	-0.0956338919417	-0.143268042897	-0.243791835486	0.358913320888	0.385531710233	-0.0805435528941	-0.303842029109	-0.0860167537173	0.604381306835	-0.0695284641648	-0.0842269025733	0.270274319181	0.0402155332436	0.261097794261	22.6744967906	25.7835596626	26.8926487595
4	0.559915076342	-0.167445168911	0.145311863191	1.10476779984	0.343960620744	0.501718649219	0.0493762106619	0.0446223323417	-0.193007698701	-0.828744132116	0.158490169774	0.166160392369	0.163303701801	0.0475430471706	0.104792757911	0.841720972216	-0.12945730618	-0.116492682346	0.0762500634077	-0.0306408352438	0.321358849138	30.9625796293	13.7549456479	22.1111422423
5	1.22868995798	-0.141789588576	1.20740428143	0.508550764584	-0.796694475688	2.11288838189	0.106404396719	-0.251820599904	-0.409092641987	0.0182895449369	0.305090288993	-0.372356186062	0.592047103385	0.246415864603	-0.106428997847	0.396917456436	0.191669171986	-0.0509908666171	0.363891698583	-0.13393716697	0.677762996727	55.9615024789	6.81852497768	50.9319345158
6	1.60153795142	-0.576213547748	-0.36085706475	1.52233822898	0.487007545233	1.24668951124	-0.0135451832786	0.137845940648	-0.0281191461055	-0.420095733059	0.318607718247	-0.496053772109	-0.176856824506	0.701855260402	-0.221671977184	0.345857192526	-0.0399333408393	0.161041872731	0.396393902878	-0.166414996224	0.482632373957	56.7169527514	21.5141329187	39.5232383831
7	0.829003695796	-0.452522623786	0.307684216714	1.34448573918	-0.645939985841	1.38324866139	-0.0362581310944	0.264491147167	-0.112653507205	-0.262399951332	-0.0239317300311	0.0334525340426	0.181517956195	0.0923641823391	0.0295511737316	0.13999951054	-0.0648208698799	0.0229653724752	0.251726713275	-0.0635367455362	0.141504809791	47.5602935323	65.4576048042	1.10491154509
8	1.28312984824	0.351944463021	-0.072234836224	1.77683335172	0.330165000885	0.452115539733	-0.147410695173	0.209064835232	0.10377162939	-0.185285861374	0.0584468204845	-0.30079801945	-0.287497127125	0.381354730006	-0.136910209562	0.245385239809	-0.280479402814	-0.00378196769249	0.431562021252	0.0689451687602	0.139646143802	57.4150901595	86.5830065187	-0.558778336529
9	3.08362891963	0.755490963657	-0.979041778057	2.29134499623	-0.0472177413775	1.32695121807	-0.107213353821	0.279877329896	0.245725036816	-0.340245550904	-0.11423929425	0.142248068805	-0.459063979923	0.100600872169	-0.0221904872533	0.440735452219	-0.14343038532	-0.148086761451	0.273200410815	0.0969944798218	0.205710716998	46.6218975885	97.6761911734	0.768884997904
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23	3.19443967724	1.53219771056	2.87180679842	1.48494173405	1.25558245206	2.89471945033	-0.00197520385794	0.353761388855	-0.0555842441348	-0.107611610987	0.161691338536	-0.137347934347	-0.0356082445808	0.461918889722	-0.158868181678	0.109081575956	-0.0764543797212	0.0244597108151	0.275923289715	-0.0223272892221	0.140508085537	66.2335607417	85.4075612014	20.5693906257

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 296 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 297 through 373 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 374 through 416 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 77 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 78 through 119 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 120 through 177 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 178 through 387 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 388 through 417 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 0 through 29 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 30 through 206 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 207 through 296 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 297 through 387 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 388 through 416 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 0 through 29 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 30 through 110 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 111 through 141 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 142 through 165 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 166 through 296 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 297 through 387 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 388 through 417 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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