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万見
- PDB-7kfl: Crystal structure of the cargo-binding domain from the plant clas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kfl
タイトルCrystal structure of the cargo-binding domain from the plant class XI myosin (MyoXIk)
要素Myosin-17
キーワードMOTOR PROTEIN / class XI myosin / cargo-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


root hair cell tip growth / peroxisome localization / leaf pavement cell development / root hair tip / trichome morphogenesis / fruit development / trichome branching / gynoecium development / microfilament motor activity => GO:0000146 / unidimensional cell growth ...root hair cell tip growth / peroxisome localization / leaf pavement cell development / root hair tip / trichome morphogenesis / fruit development / trichome branching / gynoecium development / microfilament motor activity => GO:0000146 / unidimensional cell growth / root hair elongation / Golgi localization / mitochondrion localization / actin filament-based movement / plasmodesma / vesicle transport along actin filament / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / transport vesicle / post-embryonic development / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / vesicle / calmodulin binding / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plant myosin, class XI, motor domain / Class XI myosin, cargo binding domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Myosin N-terminal SH3-like domain / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. ...Plant myosin, class XI, motor domain / Class XI myosin, cargo binding domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Myosin N-terminal SH3-like domain / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Turowski, V.R. / Ruiz, D.M. / Nascimento, A.F.Z. / Millan, C. / Sammito, M.D. / Juanhuix, J. / Cremonesi, A.S. / Uson, I. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/09720-9 ブラジル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the class XI myosin globular tail reveals evolutionary hallmarks for cargo recognition in plants.
著者: Turowski, V.R. / Ruiz, D.M. / Nascimento, A.F.Z. / Millan, C. / Sammito, M.D. / Juanhuix, J. / Cremonesi, A.S. / Uson, I. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-17
B: Myosin-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3482
ポリマ－89,3482
非ポリマー00
水1,11762
1
A: Myosin-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6741
ポリマ－44,6741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myosin-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6741
ポリマ－44,6741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.062, 54.333, 113.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Myosin-17 / Myosin XI K / AtXIK


分子量: 44674.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: XI-K, XIK, At5g20490, F7C8.80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4K5J1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 75 mM Bis-Tris pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 25% (w/v) PEG 3350 and 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.36 Å / Num. obs: 37294 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 53.42 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1264 / Net I/σ(I): 7.08
反射 シェル解像度: 2.35→2.434 Å / Rmerge(I) obs: 1.368 / Num. unique obs: 3671 / CC1/2: 0.456

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J5L

4j5l


解像度: 2.35→47.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 30.388 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2729 1875 5 %RANDOM
Rwork0.2323 ---
obs0.2343 35418 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.91 Å2 / Biso mean: 66.004 Å2 / Biso min: 39.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å20 Å20.8 Å2
2--4.96 Å20 Å2
3----2.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5557 0 0 62 5619
Biso mean---55.24 -
残基数----692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0135655
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.6317650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0641.57812607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7065685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94422.767300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.841151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1711536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021327
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 130 -
Rwork0.426 2608 -
all-2738 -
obs--99.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7426-0.0156-0.62680.02550.15871.40680.02440.0086-0.0292-0.0170.0053-0.0021-0.136-0.0044-0.02960.04010.03030.00820.03980.00960.054863.247555.167339.6279
21.4187-0.46-0.65980.16590.32041.0922-0.04990.1319-0.12160.0131-0.03260.05760.01470.00390.08240.0046-0.0015-0.00830.0379-0.00160.104633.932149.9121.2481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1105 - 1499
2X-RAY DIFFRACTION2B1112 - 1499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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