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- PDB-7kf3: Crystal structure of GDP-mannose 4,6-dehydratase from Brucella ab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kf3
タイトルCrystal structure of GDP-mannose 4,6-dehydratase from Brucella abortus (strain 2308) in complex with Guanosine-diphosphate-rhamnose
要素GDP-mannose 4,6-dehydratase
キーワードLYASE / SSGCID / Structural genomics / GDP-mannose 4 / 6-dehydratase / gmd / Brucella abortus / Guanosine-diphosphate-rhamnose / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / NADP+ binding
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-RHAMNOSE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-mannose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of GDP-mannose 4,6-dehydratase from Brucella abortus (strain 2308) in complex with Guanosine-diphosphate-rhamnose
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-mannose 4,6-dehydratase
B: GDP-mannose 4,6-dehydratase
C: GDP-mannose 4,6-dehydratase
D: GDP-mannose 4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,33712
ポリマ－168,0064
非ポリマー5,3318
水10,251569
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25110 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area45360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.130, 93.300, 93.770
Angle α, β, γ (deg.)89.060, 78.910, 87.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 202 or resid 204...
21(chain B and (resid 1 through 124 or (resid 125...
31(chain C and (resid 1 through 123 or (resid 124...
41(chain D and (resid 1 through 123 or (resid 124...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTHRTHR(chain A and (resid 1 through 202 or resid 204...AA1 - 2021 - 202
12ALAALAGLYGLY(chain A and (resid 1 through 202 or resid 204...AA204 - 254204 - 254
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 202 or resid 204...AA255255
14METMETNAPNAP(chain A and (resid 1 through 202 or resid 204...AA - F1 - 4011
15METMETNAPNAP(chain A and (resid 1 through 202 or resid 204...AA - F1 - 4011
16METMETNAPNAP(chain A and (resid 1 through 202 or resid 204...AA - F1 - 4011
17METMETNAPNAP(chain A and (resid 1 through 202 or resid 204...AA - F1 - 4011
21METMETLYSLYS(chain B and (resid 1 through 124 or (resid 125...BB1 - 1241 - 124
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 1 through 124 or (resid 125...BB125125
23METMETNAPNAP(chain B and (resid 1 through 124 or (resid 125...BB - H1 - 4011
24METMETNAPNAP(chain B and (resid 1 through 124 or (resid 125...BB - H1 - 4011
25METMETNAPNAP(chain B and (resid 1 through 124 or (resid 125...BB - H1 - 4011
26METMETNAPNAP(chain B and (resid 1 through 124 or (resid 125...BB - H1 - 4011
31METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 123 or (resid 124...CC1 - 1231 - 123
32LYSLYSGLNGLN(chain C and (resid 1 through 123 or (resid 124...CC124 - 125124 - 125
33METMETNAPNAP(chain C and (resid 1 through 123 or (resid 124...CC - J1 - 4011
34METMETNAPNAP(chain C and (resid 1 through 123 or (resid 124...CC - J1 - 4011
35METMETNAPNAP(chain C and (resid 1 through 123 or (resid 124...CC - J1 - 4011
36METMETNAPNAP(chain C and (resid 1 through 123 or (resid 124...CC - J1 - 4011
41METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 123 or (resid 124...DD1 - 1231 - 123
42LYSLYSGLNGLN(chain D and (resid 1 through 123 or (resid 124...DD124 - 125124 - 125
43METMETNAPNAP(chain D and (resid 1 through 123 or (resid 124...DD - L1 - 4011
44METMETNAPNAP(chain D and (resid 1 through 123 or (resid 124...DD - L1 - 4011
45METMETNAPNAP(chain D and (resid 1 through 123 or (resid 124...DD - L1 - 4011
46METMETNAPNAP(chain D and (resid 1 through 123 or (resid 124...DD - L1 - 4011

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要素

#1: タンパク質
GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-D-mannose dehydratase


分子量: 42001.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus (strain 2308) (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: gmd, BAB1_0545 / プラスミド: Braba.00085.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YMP3, GDP-mannose 4,6-dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-GDR / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-RHAMNOSE / GDP-D-ラムノ-ス


タイプ: RNA linking / 分子量: 589.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytic Morpheus screen D12: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM of each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3- ...詳細: Microlytic Morpheus screen D12: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM of each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol: 100mM bicine/Trizma base pH 8.5: Braba.00085.a.AE1.PW38674 at 29.4mg/ml: tray 311690 d12: cryo: direct: puck zdr6-4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月12日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.35 Å / Num. obs: 78643 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.198 % / Biso Wilson estimate: 49.532 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 12.13 / Num. measured all: 172882 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.412.2110.4182.0112775601057780.8080.56296.1
2.41-2.482.2130.3592.3312652592157180.8460.48396.6
2.48-2.552.2070.2693.1212031569554510.8920.36295.7
2.55-2.632.2130.2233.7211882558853680.9340.396.1
2.63-2.712.2090.194.411541542752240.9490.25596.3
2.71-2.812.2040.1485.5111108524550390.9660.296.1
2.81-2.912.2090.1166.8710692503148410.9780.15596.2
2.91-3.032.2110.0928.510346485046790.9880.12496.5
3.03-3.172.20.07310.339830464544680.9910.09996.2
3.17-3.322.1990.05613.159383446842670.9940.07695.5
3.32-3.52.1970.04416.68970425240830.9950.0696
3.5-3.722.1860.03718.928451400438660.9970.0596.6
3.72-3.972.1860.03221.977829373035810.9970.04396
3.97-4.292.1820.02825.127380350833820.9970.03796.4
4.29-4.72.1830.02527.096799322431140.9980.03496.6
4.7-5.252.1740.02527.376078290427960.9980.03396.3
5.25-6.072.1750.02726.015343255224560.9970.03696.2
6.07-7.432.170.02628.064550219520970.9970.03595.5
7.43-10.512.1730.02231.533466166815950.9980.02995.6
10.51-48.352.1140.0232.5317769168400.9980.02891.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UZH

5uzh


解像度: 2.35→48.35 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2101 1973 2.51 %0
Rwork0.1743 76627 --
obs0.1751 78600 96.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.43 Å2 / Biso mean: 47.4039 Å2 / Biso min: 22.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11350 0 344 570 12264
Biso mean--36.94 44.89 -
残基数----1448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74716412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3314494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062223
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7112X-RAY DIFFRACTION5.685TORSIONAL
12B7112X-RAY DIFFRACTION5.685TORSIONAL
13C7112X-RAY DIFFRACTION5.685TORSIONAL
14D7112X-RAY DIFFRACTION5.685TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.410.33361650.28345387555296
2.41-2.470.27431350.25025553568897
2.47-2.550.26041430.22135405554895
2.55-2.630.26661470.21415463561096
2.63-2.720.26781770.21795463564096
2.72-2.830.25831580.2055493565196
2.83-2.960.2821380.2055501563996
2.96-3.120.25741350.20125493562897
3.12-3.310.23031130.19655454556796
3.31-3.570.22831200.17035489560996
3.57-3.930.16461520.15815506565897
3.93-4.490.17371260.13495486561296
4.49-5.660.16871340.14265494562896
5.66-48.350.17231300.15815440557095
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8842-0.4752-0.43852.01360.79331.79510.0224-0.0451-0.3750.0726-0.01890.02290.7491-0.06090.05590.7196-0.0493-0.07870.27230.01510.4641-8.9479-42.595258.8978
20.59330.24760.27961.84280.6151.88480.00190.1104-0.2890.11060.1722-0.24660.9640.2149-0.11350.78130.1084-0.09870.31090.02150.5952-0.715-45.489660.2543
31.93380.5156-0.92740.9286-0.44694.3584-0.10150.4405-0.2749-0.42550.2365-0.2520.5844-0.3011-0.08960.9455-0.0159-0.08250.4656-0.10840.6723-9.5427-42.730240.8181
42.9645-1.0063-0.08392.56820.06713.2488-0.1187-0.20410.22420.08060.2324-0.4409-0.73310.7343-0.05950.3078-0.0851-0.02370.3903-0.05440.40189.79822.194277.6132
50.57230.13410.1171.21440.08832.2580.0685-0.1652-0.08090.23720.0144-0.23260.15640.1793-0.07030.27350.0216-0.0540.33960.01620.34971.294-14.551476.5782
63.03030.1603-0.87091.74720.56332.77520.0715-0.18920.2143-0.007-0.06550.1701-0.4721-0.15260.00410.52370.028-0.02380.4961-0.03480.2932-10.7105-0.284296.4376
72.67720.4995-0.38391.83970.58452.12870.0646-0.1181-0.20260.5050.0918-0.48830.27330.5064-0.14550.42090.0908-0.17170.48160.02320.4229.248-15.014188.6276
80.9919-0.8271-0.3751.46130.36294.336-0.0454-0.50680.17230.5492-0.03890.3516-0.3391-0.29170.13630.5816-0.00930.08960.6779-0.06590.4071-16.235-2.253103.7826
92.3959-0.36710.07921.64370.72322.7139-0.2386-0.4553-0.16480.79050.1659-0.27480.28910.10250.06730.63070.0144-0.11890.49540.07520.37411.4626-16.931293.3216
102.4012-1.27510.98395.628-0.92591.9707-0.3827-0.27540.63360.58710.2463-0.4108-0.9415-0.20710.09480.68230.0416-0.02030.51-0.09980.4071-4.236811.040994.8418
112.3831.00470.9122.74990.07211.7314-0.0809-0.48510.45990.328-0.02490.2101-0.4822-0.41320.08590.42530.14970.01720.4306-0.06820.3301-18.436110.456175.8462
120.82850.41810.23611.4660.45731.954-0.1130.00890.3107-0.16470.05190.0285-0.7281-0.01960.05920.54030.0434-0.01260.23820.01390.379-8.339216.20459.7572
132.4989-0.91732.00472.0385-0.61664.5993-0.2583-0.50410.321-0.01910.1753-0.4626-0.1401-0.0740.13550.8818-0.11710.00680.5075-0.13880.64990.898723.857880.5136
142.45981.02380.60671.9136-0.69443.12470.02370.3599-0.4186-0.34480.135-0.37650.45780.3313-0.14030.30640.02440.06260.3349-0.08240.41211.5502-21.897540.0053
150.6197-0.00680.15951.63180.04092.5608-0.06140.14930.0268-0.35850.1303-0.1246-0.23150.0407-0.06920.3186-0.01850.0350.29460.0040.3057-4.695-4.568343.8816
162.33140.54111.05231.46150.76572.0926-0.06630.2726-0.0563-0.31420.04120.1015-0.1124-0.18920.03790.4835-0.0185-0.02440.44180.02680.2679-18.688-10.527328.2566
171.45510.7285-1.05392.8917-1.19422.1839-0.30050.2442-0.3608-0.16210.2780.04990.7611-0.45360.04950.7281-0.0715-0.06710.5582-0.08550.4292-18.6923-29.629829.4669
181.76-0.795-1.20013.51630.20951.9308-0.0310.2836-0.3577-0.3859-0.03510.45910.5232-0.68730.06070.3788-0.1533-0.05030.4951-0.01290.3789-24.6648-27.822952.375
191.03920.02170.89892.67160.38282.85240.0438-0.1505-0.07670.0606-0.00540.10090.2575-0.3201-0.03430.2072-0.0328-0.01030.26710.01570.2547-15.8196-19.482962.7579
200.85440.1779-0.40531.7960.56542.59850.1669-0.1474-0.16630.3272-0.1291-0.04370.5819-0.2704-0.02230.4308-0.0818-0.03580.26650.05320.3814-12.7741-29.430470.84
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 197 through 270 )B197 - 270
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 271 through 328 )B271 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 329 through 362 )B329 - 362
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 67 )C1 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 68 through 196 )C68 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 197 through 229 )C197 - 229
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 230 through 258 )C230 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 259 through 301 )C259 - 301
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 302 through 328 )C302 - 328
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 329 through 362 )C329 - 362
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 67 )D1 - 67
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 68 through 328 )D68 - 328
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 329 through 362 )D329 - 362
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 1 through 67 )A1 - 67
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 68 through 196 )A68 - 196
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 197 through 328 )A197 - 328
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 329 through 362 )A329 - 362
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1 through 67 )B1 - 67
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 68 through 119 )B68 - 119
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 120 through 196 )B120 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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