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Yorodumi- PDB-7kd9: Crystal Structure of Gallic Acid Decarboxylase from Arxula adenin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kd9 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Gallic Acid Decarboxylase from Arxula adeninivorans | ||||||
Components | Gallate decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / Decarboxylase | ||||||
Function / homology | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / : / ARAD1C45716p Function and homology information | ||||||
Biological species | Blastobotrys adeninivorans (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.94 Å | ||||||
Authors | Zeug, M. / Markovic, N. / Iancu, C.V. / Tripp, J. / Oreb, M. / Choe, J. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2021 Title: Crystal structures of non-oxidative decarboxylases reveal a new mechanism of action with a catalytic dyad and structural twists. Authors: Zeug, M. / Markovic, N. / Iancu, C.V. / Tripp, J. / Oreb, M. / Choe, J.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kd9.cif.gz | 854.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kd9.ent.gz | 715.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kd9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7kd9_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7kd9_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 7kd9_validation.xml.gz | 77.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7kd9_validation.cif.gz | 108.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kd9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6w54C 7jmrSC 7jmvC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27241.947 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Blastobotrys adeninivorans (fungus) / Gene: AGDC1, GNLVRS02_ARAD1C45716g / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A060TAG5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: PEG 3350, KSCN, MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-BM-B / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.94→50 Å / Num. obs: 168891 / % possible obs: 99.51 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 33.46 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 15.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.94→2 Å / Redundancy: 4.2 % / Num. unique obs: 16310 / Rsym value: 0.902 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7jmr Resolution: 1.94→46.61 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 168.44 Å2 / Biso mean: 50.2847 Å2 / Biso min: 16.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.94→46.61 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 98.0768 Å / Origin y: 38.0882 Å / Origin z: 56.9198 Å
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Refinement TLS group |
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