PDB-7kd8: TtgR C137I I141W M167L F168Y mutant in complex with resveratrol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kd8

タイトル

TtgR C137I I141W M167L F168Y mutant in complex with resveratrol

要素

HTH-type transcriptional regulator TtgR

キーワード

TRANSCRIPTION / TtgR / TetR family / epistasis / resveratrol

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Bingman, C.A. / Nishikawa, K.K. / Smith, R.W. / Raman, S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Epistasis shapes the fitness landscape of an allosteric specificity switch.
著者: Nishikawa, K.K. / Hoppe, N. / Smith, R. / Bingman, C. / Raman, S.

履歴

登録	2020年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kd8.cif.gz	403.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kd8.ent.gz	294.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kd8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7k1aSC 7k1cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kd8-2 3lhq-d 7k1c-d 2qco-1 7k1a-d 6g8h-2 5wm9-2 3ang-2 2w53-d 3anp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator TtgR

B: HTH-type transcriptional regulator TtgR

D: HTH-type transcriptional regulator TtgR

C: HTH-type transcriptional regulator TtgR

ヘテロ分子

97.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: HTH-type transcriptional regulator TtgR

B: HTH-type transcriptional regulator TtgR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
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2

D: HTH-type transcriptional regulator TtgR

C: HTH-type transcriptional regulator TtgR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.497, 43.587, 115.942
Angle α, β, γ (deg.)	97.969, 98.648, 96.761
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator TtgR / Toluene efflux pump ttgABC operon repressor 分子量: 24058.510 Da / 分子数: 4 / 変異: C137I I141W M167L F168Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: DOT-T1E / 遺伝子: ttgR, T1E_0244 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AIU0
#2: 化合物	ChemComp-STL / RESVERATROL / レスベラト-ル分子量: 228.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein at 10.4 mg/ml (433 uM) incubated 30 min with 1 mM resveratrol dissolved in ethanol. 2 microliters of protein was mixed with 2 microliters of reservoir consisting of 12% MEPEG 2000, 5% ...詳細: Protein at 10.4 mg/ml (433 uM) incubated 30 min with 1 mM resveratrol dissolved in ethanol. 2 microliters of protein was mixed with 2 microliters of reservoir consisting of 12% MEPEG 2000, 5% MPD, 0.3 M MGCL2, 100 MM BISTRIS pH 6.5. The droplet was set on a siliconized glass cover slip to minimize loss of resveratrol.

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.44 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein at 10.4 mg/ml (433 uM) incubated 30 min with 1 mM resveratrol dissolved in ethanol. 2 microliters of protein was mixed with 2 microliters of reservoir consisting of 12% MEPEG 2000, 5% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07812 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月30日
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→25.65 Å / Num. obs: 82430 / % possible obs: 91.78 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.21 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.04573 / R_pim(I) all: 0.02758 / R_rim(I) all: 0.05349 / Net I/σ(I): 13.88
反射シェル	解像度: 1.71→1.771 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.5776 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 8133 / CC_1/2: 0.901 / CC star: 0.974 / R_rim(I) all: 0.6697 / % possible all: 91.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874+SVN	精密化
XDS	20200417	データ削減
XDS	20200417	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7K1A

7k1a

解像度: 1.71→25.65 Å / SU ML: 0.2316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.6686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2407	1984	2.41 %	thin shell
R_work	0.1932	80326	-	-
obs	0.1943	81923	91.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→25.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6650	0	72	330	7052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	7029
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7109	9518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0407	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.0584	2642

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.75	0.4192	136	0.3378	5591	X-RAY DIFFRACTION	88.37
1.75-1.8	0.3081	145	0.3073	5732	X-RAY DIFFRACTION	92.93
1.8-1.85	0.3301	143	0.254	5800	X-RAY DIFFRACTION	92.58
1.85-1.91	0.2855	140	0.2281	5775	X-RAY DIFFRACTION	92
1.91-1.98	0.2347	147	0.211	5823	X-RAY DIFFRACTION	92.36
1.98-2.06	0.3007	142	0.2207	5754	X-RAY DIFFRACTION	92.54
2.06-2.15	0.2551	139	0.2009	5707	X-RAY DIFFRACTION	91.03
2.15-2.26	0.2364	139	0.1937	5440	X-RAY DIFFRACTION	86.85
2.26-2.4	0.2319	140	0.1948	5547	X-RAY DIFFRACTION	88.46
2.4-2.59	0.2416	148	0.1966	5913	X-RAY DIFFRACTION	95.19
2.59-2.85	0.255	141	0.1998	5941	X-RAY DIFFRACTION	94.87
2.85-3.26	0.2507	140	0.2046	5871	X-RAY DIFFRACTION	93.98
3.26-4.11	0.2239	141	0.1775	5597	X-RAY DIFFRACTION	89.22
4.11-28.11	0.2184	143	0.1691	5835	X-RAY DIFFRACTION	93.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.43150303868	-0.587643333652	-0.285036812042	1.20372389661	-0.385336685181	1.59238621291	-0.300931436871	0.305398251088	0.369096009832	-0.60538776927	0.385213088202	-0.114797297397	-0.486423434101	0.22018389374	0.00961504119201	0.397562763819	0.00226980006557	0.0268359671276	0.294489561884	0.0325889443799	0.373595579242	-9.7087859037	-8.47924556965	-45.8610960036
2	0.346843477222	-0.0375901214962	-0.327967602163	0.821735874301	-0.189959235632	0.890030552862	0.407145153219	-0.303479074504	0.28808732864	0.318138347432	-0.161046104685	-0.240250663551	-0.72364397728	0.678445685092	0.0146322830172	0.497490418742	-0.0817941538657	0.0165137660762	0.365638254608	-0.040166746897	0.367375969767	-10.9999017368	-10.0776592904	-20.2107511803
3	2.06364412484	0.734432445284	-0.400768988678	2.22319856209	-0.189527468717	2.87177529101	0.255371915305	-0.253318829404	0.0410045224488	0.244059880581	-0.191262441418	-0.06482846848	-0.160727462035	0.189598821918	0.00195385514766	0.206944922594	0.022408032804	-0.00962365409122	0.194526992766	-0.00521356210277	0.231574675442	-14.3006686687	-20.9370291261	-21.6990137611
4	0.903070177153	-0.702868976952	0.236370040219	0.709103985238	0.0529095944298	0.758695072185	0.119091892727	-0.0336753196968	-0.471902842779	0.0442883546156	-0.00295309032613	-0.390303391538	0.308275071517	-0.105963210379	0.000101819132124	0.338920331259	0.0387338907344	-0.0164207235231	0.283172901029	-0.00830885711907	0.346174650956	-23.2245327566	-45.6838778708	-44.3989944825
5	0.875118766568	-0.340280706077	0.67502752191	0.83645761223	0.0249951586115	0.858582830683	0.0603862319511	0.0388420635278	0.116024104275	-0.183903030239	-0.0461163886181	0.103457765875	-0.12175249662	-0.0594687417567	2.39497083201E-7	0.365663544209	0.00299090462899	-0.0277590447553	0.287947850834	-0.00549249735835	0.356768443357	-25.1364708666	-38.4088095975	-46.6895087287
6	0.399543169928	0.201077999006	-0.302969280082	0.394348779249	0.123520249472	1.21939632916	0.40377488219	0.221378757601	-0.482240379679	0.331283741062	-0.292338249089	0.140027402961	0.675834355309	-1.03707682842	0.0228199070276	0.536253053507	-0.151494313566	0.00490352388926	0.432719689776	0.00786853723774	0.398764863546	-28.0669772859	-41.7786508048	-17.9204039941
7	0.730492148112	0.475847886526	-0.286482039459	0.681314115051	0.229367228658	0.588580337953	-0.133216504427	0.356068832774	-0.0238998312537	-0.219785213394	0.132804332074	0.243044241491	0.0215625491357	-0.165312358141	1.01084011344E-7	0.325080839121	0.0322756331394	-0.0331550944921	0.317838605591	0.0143392911254	0.359260917791	-20.5559064788	-31.1405671645	-37.13185026
8	0.712248552328	-0.478435593243	0.355304246935	0.966832281182	0.168969786678	0.522776273204	0.198810549044	-0.19093308765	0.119549102239	0.282035276489	-0.220418012641	0.409961260389	0.363146954575	-1.27079626775	-0.0281132830569	0.329236209559	-0.110988618634	0.0636503107371	0.504890005174	-0.0254697269932	0.334304142358	-33.6963493622	-29.9268643738	-18.3074650792
9	0.358710878678	0.268203334856	0.38753763179	0.620584116569	-0.25067823637	1.11490726384	0.276475503396	-0.215674032611	-0.118693725403	0.2898993628	-0.210693673895	0.0204589665052	0.0782823334994	-0.166802996526	0.00401323092055	0.237276051347	0.053989673767	-0.0300589866015	0.155907039559	0.0299952309193	0.285277409287	-19.4958700202	-28.2955440688	-21.2666285307
10	1.01375033784	0.814107505081	0.6278287085	1.43437684947	-0.390221484158	1.32702086948	0.342000453439	-0.543507376306	-0.175073810989	0.513502360446	-0.319311711746	-0.0905411339355	0.226471240004	-0.150625135857	-1.95281581791E-7	0.440975378312	-0.0754294417411	-0.0395775902429	0.385425022017	0.0415443070589	0.31558427151	-18.3805797006	-31.689430657	-11.6417462435
11	0.676841282797	-0.813575164162	0.11101782338	1.4179229678	0.0359130526352	0.93092057461	0.311495387353	-0.30471753948	0.265329066244	0.253606033027	-0.200028994761	0.884599673879	0.226959185781	-0.45924176686	0.00690192258911	0.285096909587	0.0347847468176	0.0223752723367	0.438835445647	0.0219863579001	0.430339448145	-14.2319275496	-7.08784561003	44.5907364159
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 55 )	A	A	5 - 55	2 - 53
2	2	chain 'A' and (resid 56 through 103 )	A	A	56 - 103	54 - 101
3	3	chain 'A' and (resid 104 through 211 )	A	A	104 - 210	102 - 216
4	4	chain 'B' and (resid 4 through 28 )	B	F	4 - 28	2 - 26
5	5	chain 'B' and (resid 29 through 67 )	B	F	29 - 67	27 - 65
6	6	chain 'B' and (resid 68 through 103 )	B	F	68 - 103	66 - 102
7	7	chain 'B' and (resid 104 through 125 )	B	F	104 - 125	103 - 124
8	8	chain 'B' and (resid 126 through 160 )	B	F	126 - 160	125 - 159
9	9	chain 'B' and (resid 161 through 181 )	B	F	161 - 181	160 - 181
10	10	chain 'B' and (resid 182 through 211 )	B	F	182 - 210	182 - 211
11	11	chain 'C' and (resid 4 through 28 )	C	H	4 - 28	1 - 26
12	12	chain 'C' and (resid 29 through 55 )	C	H	29 - 55	27 - 53
13	13	chain 'C' and (resid 56 through 67 )	C	H	56 - 67	54 - 65
14	14	chain 'C' and (resid 68 through 103 )	C	H	68 - 103	66 - 101
15	15	chain 'C' and (resid 104 through 125 )	C	H	104 - 125	102 - 130
16	16	chain 'C' and (resid 126 through 160 )	C	H	126 - 160	131 - 165
17	17	chain 'C' and (resid 161 through 181 )	C	H	161 - 181	166 - 187
18	18	chain 'C' and (resid 182 through 191 )	C	H	182 - 191	188 - 198
19	19	chain 'C' and (resid 192 through 211 )	C	H	192 - 210	199 - 217
20	20	chain 'D' and (resid 6 through 55 )	D	G	6 - 55	4 - 53
21	21	chain 'D' and (resid 56 through 103 )	D	G	56 - 103	54 - 101
22	22	chain 'D' and (resid 104 through 211 )	D	G	104 - 210	102 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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