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- PDB-7kd3: Structure of an HxlR/DUF24 family transcription regulator, CdTR_3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kd3
タイトルStructure of an HxlR/DUF24 family transcription regulator, CdTR_3200 from hypervirulent Clostridioides difficile R20291
要素(Putative transcriptional regulator) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HxlR / Helix turn helix motifs / transcription regulator / Clostridioides difficile / Clostridium difficile
機能・相同性Helix-turn-helix, HxlR type / HxlR-like helix-turn-helix / HxlR-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Putative transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Menon, S.K. / Isom, C.E. / Karr, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an HxlR/DUF24 family transcription regulator, CdTR_3200 from hypervirulent Clostridioides difficile R20291
著者: Menon, S.K. / Isom, C.E. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B. / Karr, E.A.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcriptional regulator
B: Putative transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4132
ポリマ－26,4132
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS used to confirm that TR3200 exists as a dimer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.019, 55.001, 72.317
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Putative transcriptional regulator


分子量: 13222.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (strain R20291) (バクテリア)
株: R20291 / 遺伝子: CDR20291_3200 / プラスミド: pQE80L (Qiagen) / 詳細 (発現宿主): modified pQE80L to add N-6xHis tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: C9YRI3
#2: タンパク質 Putative transcriptional regulator


分子量: 13190.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (strain R20291) (バクテリア)
株: R20291 / 遺伝子: CDR20291_3200 / プラスミド: pQE80L (Qiagen) / 詳細 (発現宿主): modified pQE80L to add N-6xHis tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: C9YRI3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M di-ammonium citrate pH 5.0, 20% PEG 3350 / PH範囲: 4.5-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.5 Å / Num. obs: 10495 / % possible obs: 96.44 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 45.36 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.016 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.99 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1063 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.171 / % possible all: 97.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HZT

2hzt


解像度: 2.3→29.5 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 1048 10.01 %random
Rwork0.2004 9420 --
obs0.2062 10468 96.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.9 Å2 / Biso mean: 72.36 Å2 / Biso min: 31.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1579 0 0 8 1587
Biso mean---55.29 -
残基数----197
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.420.30931470.25941338148597
2.42-2.570.30151520.23561347149997
2.57-2.770.25651490.22981338148796
2.77-3.050.3641470.24691323147096
3.05-3.490.28941520.23251368152097
3.49-4.390.24791470.18761324147195
4.4-29.50.20781540.16331382153696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.29290.7514-0.53926.2306-2.42425.69760.08960.34760.64870.1730.05850.0474-0.28230.2611-0.00050.2738-0.006-0.04840.4267-0.0470.407817.738125.13245.6794
25.06383.37490.50748.605-0.54673.52950.21040.17930.01490.1836-0.1904-0.01680.20020.1174-0.0050.32140.01410.01770.48310.01230.407525.040622.520741.12
32.6156-3.65441.32385.4714-2.63422.4126-0.5237-1.05731.31580.1639-0.8184-1.3353-0.7990.43720.81560.5595-0.0868-0.23280.8693-0.01650.680920.363530.714656.3015
47.1108-1.36124.78939.63640.24453.3756-0.4420.1299-1.093-0.53160.18870.26320.17680.26560.19180.58-0.09740.05510.70080.130.543815.156814.368459.568
53.3595-2.65143.36317.5868-1.84517.2621-0.0263-0.8061-1.65590.1496-0.1640.52011.5636-0.5372-0.11771.0079-0.0513-0.00830.95340.42510.927914.26596.476864.9061
61.6668-0.2754-2.36936.87012.0333.78250.1669-1.9262-0.67620.2033-0.2693-1.15550.17520.69651.30880.71570.0593-0.16921.26850.42830.783623.044814.539166.4529
70.5641.4389-0.89394.6565-1.57821.95660.33220.67610.53970.8712-0.193-0.9274-0.4716-1.37830.77070.6395-0.0242-0.0441.3790.57151.233219.04426.458678.4411
82.1425-1.19912.50562.542-3.03836.26720.0774-0.9483-0.32480.4008-0.13130.5520.4539-0.5042-0.0140.355-0.03490.03830.85750.06770.5067.61518.67759.0341
98.14983.8659-4.1145.9107-0.37613.4902-0.05540.96810.0677-0.35-0.0722-0.4027-0.7665-0.71790.43870.4157-0.0092-0.02540.60020.16050.492618.742230.11431.3934
108.50213.77983.02554.04152.14294.5488-0.132-0.55080.70270.13-0.09560.0253-0.7871-0.08250.78150.37580.0971-0.05190.4752-0.13830.490812.524830.931955.8944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 44 )A7 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 62 )A45 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 7 through 19 )B7 - 19
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 20 through 30 )B20 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 31 through 49 )B31 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 50 through 67 )B50 - 67
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 68 through 77 )B68 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 78 through 107 )B78 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 63 through 83 )A63 - 83
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 84 through 107 )A84 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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