PDB-7kcf: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kcf

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor AGI-24512

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/Inhibitor / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / Allosteric Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Padyana, A. / Jin, L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of AG-270, a First-in-Class Oral MAT2A Inhibitor for the Treatment of Tumors with Homozygous MTAP Deletion.
著者: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. ...

履歴

登録	2020年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kcf.cif.gz	308.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kcf.ent.gz	205 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kcf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kcf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kccC 7kceC 7kdaC 7kdbC 2p02S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kdb-1 6vd1-d 6vd0-2 2p02-1 6vd2-d 7kda-1 6wkb-d 2obv-1 7l1a-1 7kce-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.195, 94.376, 116.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-635- HOH
2	1	A-680- HOH
3	1	A-702- HOH
4	1	A-901- HOH
5	1	A-932- HOH
6	1	A-1033- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 550分子

#2: 化合物	ChemComp-J4A / 6-(4-hydroxyphenyl)-5-methyl-2-phenyl-3-(piperidin-1-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 分子量: 400.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.4, 20% PEG 6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→30.91 Å / Num. obs: 151039 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 8.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.171 / Net I/av σ(I): 8.3 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 14979 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 1.1→30.91 Å / SU ML: 0.0977 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.9869
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1596	7591	5.03 %
R_work	0.1471	143426	-
obs	0.1478	151017	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→30.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2969	0	75	544	3588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0111	3352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2646	4587
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0899	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0097	607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4125	1331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.2596	263	0.2623	4746	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.11-1.13	0.2587	239	0.245	4729	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.13-1.14	0.2733	276	0.2342	4697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.14-1.15	0.2385	266	0.223	4733	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.15-1.17	0.2117	248	0.2141	4732	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.17-1.18	0.2246	219	0.2047	4793	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.19-1.2	0.2158	254	0.1963	4739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.22	0.1977	273	0.1945	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.22-1.24	0.2055	252	0.192	4757	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.24-1.26	0.1802	245	0.1842	4769	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.26-1.28	0.2036	237	0.1843	4780	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.28-1.3	0.1813	232	0.1795	4772	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.3-1.33	0.1786	264	0.1702	4740	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.33-1.36	0.1635	268	0.1697	4726	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.36-1.39	0.1774	241	0.169	4790	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.39-1.42	0.1577	249	0.1528	4791	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.42-1.45	0.1546	272	0.1485	4738	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.45-1.49	0.1674	246	0.14	4780	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.49-1.54	0.1565	249	0.1369	4741	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.54-1.59	0.1452	252	0.1273	4817	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.59-1.64	0.1615	294	0.1237	4744	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.64-1.71	0.1257	245	0.1251	4796	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.71-1.79	0.1403	246	0.1274	4810	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.79-1.88	0.1439	273	0.1299	4758	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.88-2	0.1397	228	0.1225	4830	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2-2.15	0.1251	238	0.1192	4830	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.15-2.37	0.1365	250	0.1206	4825	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.37-2.71	0.1318	266	0.1238	4842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-3.42	0.159	266	0.1319	4914	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.42-30.91	0.1424	240	0.1421	4971	X-RAY DIFFRACTION	97.99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.248409453667	-0.0920740312495	0.0250634213019	0.340794546262	-0.00852202520763	0.306075000508	-0.0203928667842	-0.00142718108941	0.0120982565315	0.0306517965599	0.0105512577187	-0.0211255180619	-0.0185514316737	0.0357427003744	1.34485455449E-5	0.0497104369869	0.000353045629768	0.000513004388538	0.052401027302	-0.00245953744751	0.0548456098871	8.62453891008	5.59716667794	-17.0648729454
2	0.125663165016	0.117020687906	0.00461155522811	0.182048066899	0.0968557869564	0.23936475865	-0.0181812742706	-0.00124460743554	0.0681707692172	0.0637659112966	-0.00272142798309	-0.0320412300364	-0.0405986119093	0.124871409316	-2.66757963136E-5	0.0792435376831	0.000558189380055	-0.00616244651343	0.0890081252542	2.36106339599E-5	0.0675563464148	7.41196364733	15.9083931825	-5.57997164613
3	0.126246805615	-0.192501341727	0.0408417914678	0.50338970649	-0.0746787747235	0.28582107606	-0.00217874302789	0.00839942728267	0.0181764346788	-0.010701065392	-0.00754006238719	-0.0552076300703	0.0131664370278	0.0383222751772	1.47445067005E-5	0.038326499897	-0.0105326819526	0.00165378806773	0.0633013587397	0.00320188717366	0.0689588685044	11.7274411673	2.6070403895	-24.0638981726
4	0.445159355486	-0.0767913727899	0.0054993031677	0.41092830041	-0.094208786643	0.0393945258252	-0.000883283043835	-0.00120438077286	0.0726916680444	-0.0012506598529	-0.0264031247253	0.00240702759466	-0.0187997964726	0.0227750014081	3.17361811131E-5	0.0676903975199	-0.00332896680861	-0.00404187827267	0.0513662225537	0.0115680124418	0.069852058306	-0.971158761708	21.1996976598	-28.7670718899
5	0.43571680008	-0.0678909132573	0.220331508915	0.606341212759	-0.164270305369	0.188889165931	0.00911557527711	-0.00283396535002	0.0864546617616	-0.0163732820221	0.0190694145946	0.0119076691512	-0.0939966166097	-0.0096206266741	-1.3891413452E-5	0.0575136499991	0.00428048174976	-0.000684873409402	0.0564051604608	0.0119721822537	0.0799752351054	-5.90812260951	24.7770132413	-27.9099891075
6	0.122224263909	0.0689669950853	-0.0839014956871	0.0921193976119	0.0329763529454	0.0960909443395	-0.0245071454636	0.139004994969	0.149793510939	-0.130128952589	0.0698814643804	0.0736175135452	-0.133583541388	-0.0161491980106	0.00109380262425	0.108548529494	-0.0117813505124	-0.00351650651338	0.0991829560078	0.0242599932078	0.102103391575	-3.86189619467	27.0262653659	-35.2478685145
7	0.288375986407	-0.173759773164	-0.0260417339057	0.250033275808	0.0575893417288	0.193411273138	-0.00503724538844	0.0215493202153	0.0217275390815	-0.00272995400574	1.85764608604E-5	-0.0185179263479	-0.00420284211641	0.0128416193528	-3.15988165862E-6	0.0534504609129	-0.00507088622542	0.00251228849496	0.0520168312712	0.00467731595819	0.0573319387338	6.99656096263	4.41794724829	-28.6141332169
8	0.187794583303	-0.122256060079	-0.01905258531	0.164416589783	0.080161271964	0.0562105114115	0.0686475220519	0.100020448644	-0.010516437274	-0.120705849616	-0.0626854170976	0.000951426691521	0.0772172193257	0.0970624790582	-1.63378244245E-6	0.0780335966373	0.010243807294	0.00497644388926	0.0910199947878	0.00165853458441	0.065863814559	12.8547471796	-6.42494940342	-41.9099905096
9	0.162843659883	-0.0375415003839	-0.0899093702581	0.135526064892	-0.111723340439	0.166893257337	0.0189095405396	0.119363285479	-0.0389255181881	-0.0737883526608	-0.0273420071969	-0.0786092495325	0.135019764935	0.0740257376495	3.5747473084E-5	0.106774269293	0.0118514363242	0.0189138590804	0.109128037997	-0.000845310001742	0.101432445753	21.1218030191	-5.84890926351	-39.6207289374
10	0.346300155368	0.0708366981504	0.125275877153	0.330723180091	-0.180035152693	0.22528610148	-0.0319758171873	0.0475331895754	0.075184448926	-0.0549332928948	0.0210498890465	-0.12375255466	-0.0746919070451	0.0823813190327	-0.0013416229737	0.0738193634719	-0.0133633646207	0.00990515409811	0.0845282237197	0.00205492888734	0.0947937351701	19.4324791994	7.45211361643	-30.1914687427

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 170 through 191 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 225 through 244 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 245 through 320 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 321 through 341 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 342 through 364 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 365 through 395 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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