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万見
- PDB-7kc7: Biotin Carboxylase domain of Thermophilic 2-Oxoglutarate Carboxyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kc7
タイトルBiotin Carboxylase domain of Thermophilic 2-Oxoglutarate Carboxylase bound to ADP without Magnesium with disordered phosphate tail
要素2-oxoglutarate carboxylase small subunit
キーワードLIGASE / biotin carboxylase / biotin-dependent carboxylase / pyruvate carboxylase / ATP-grasp / Aquificales / rTCA / dimer interface / bicarbonate / Sequence Determining Positions / structural waters / thermophile / carbon fixation / thermophilic protein / dimer / wet interface
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate carboxylase / 2-oxoglutarate carboxylase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain ...Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Rudiment single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / 2-oxoglutarate carboxylase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
Model detailsNucleotide free dimer with Open Lid domain
データ登録者Buhrman, G.K. / Rose, R.B. / Enriquez, P. / Truong, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AR0000207 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structure, Function, and Thermal Adaptation of the Biotin Carboxylase Domain Dimer from Hydrogenobacter thermophilus 2-Oxoglutarate Carboxylase.
著者: Buhrman, G. / Enriquez, P. / Dillard, L. / Baer, H. / Truong, V. / Grunden, A.M. / Rose, R.B.
履歴
登録2020年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate carboxylase small subunit
B: 2-oxoglutarate carboxylase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6475
ポリマ－110,0302
非ポリマー6173
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.968, 120.489, 124.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2-oxoglutarate carboxylase small subunit / 2-oxoglutarate carboxylase beta subunit


分子量: 55014.836 Da / 分子数: 2 / 断片: Biotin Carboxylase Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
遺伝子: cfiB, HTH_1393, Hydth_1383 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DJ42, 2-oxoglutarate carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, 0.02M Citric Acid, 0.08M Bis-Tris-Propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 50075 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 40.77 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 26.54
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5.9 % / Num. unique obs: 2489 / Rsym value: 1.29 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 1ULZ

1ulz


解像度: 2.2→44.17 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 2005 4.01 %
Rwork0.1752 47994 -
obs0.1773 49999 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.59 Å2 / Biso mean: 52.3385 Å2 / Biso min: 24.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6999 0 24 110 7133
Biso mean--59.36 42.62 -
残基数----902
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.250.32261310.24823062319389
2.25-2.310.26221400.217134073547100
2.31-2.380.26961430.202733953538100
2.38-2.460.27911500.19734093559100
2.46-2.540.28681380.187334143552100
2.54-2.650.24371510.175234333584100
2.65-2.770.25761390.184834313570100
2.77-2.910.23491410.182934313572100
2.91-3.090.25381450.19434553600100
3.09-3.330.27051440.185634363580100
3.33-3.670.20781390.17734873626100
3.67-4.20.20551460.154834603606100
4.2-5.290.18741460.14553525367199
5.29-44.170.21481520.17873649380199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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