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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kbv | |||||||||
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タイトル | Solution structure of the major MYC promoter G-quadruplex with a wild-type flanking sequence | |||||||||
要素 | Myc2345 | |||||||||
キーワード | DNA / G-QUADRUPLEX DNA / DRUG-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics | |||||||||
データ登録者 | Dickerhoff, J. / Yang, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 タイトル: Structural recognition of the MYC promoter G-quadruplex by a quinoline derivative: insights into molecular targeting of parallel G-quadruplexes. 著者: Dickerhoff, J. / Dai, J. / Yang, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kbv.cif.gz | 140.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kbv.ent.gz | 115.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kbv_validation.pdf.gz | 320.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kbv_full_validation.pdf.gz | 372.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kbv_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kbv_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7kbwC 7kbxC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7033.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.4 mM Myc2345, 10 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O Label: Myc2345 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 |
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代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |