PDB-7kbu: Structure of Hevin FS-EC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kbu

タイトル

Structure of Hevin FS-EC

要素

Proliferation-inducing protein 33

キーワード

CELL ADHESION / hevin / SPARC / neurexins / neuroligins / MDGAs / synaptic organizer / adhesion molecule

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic membrane adhesion / extracellular matrix binding / collagen binding / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / : / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / glutamatergic synapse / signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Machius, M. / Fan, S. / Rudenko, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Interplay between hevin, SPARC, and MDGAs: Modulators of neurexin-neuroligin transsynaptic bridges.
著者: Fan, S. / Gangwar, S.P. / Machius, M. / Rudenko, G.

履歴

登録	2020年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kbu.cif.gz	264.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kbu.ent.gz	216.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kbu_validation.pdf.gz	1004.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kbu_full_validation.pdf.gz	1008.5 KB	表示
XML形式データ	7kbu_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	7kbu_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xsx-1 7bph-d 5ghs-2 3vht-d 5xsx-2 3n9m-2 6txs-d 1k3r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proliferation-inducing protein 33

B: Proliferation-inducing protein 33

ヘテロ分子

58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, Analytical ultracentrifugation, size-exclusion chromatography, cross-linking

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.657, 132.289, 149.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Proliferation-inducing protein 33 / SPARC-like 1 (Hevin)

分子量: 28553.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPARCL1, PIG33 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N4S1, UniProt: Q14515*PLUS

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 176分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 % / 解説: Crystals were diamond-shaped with clean edges
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3 microliters of protein solution (12 mg/ml in 10 mM Tris, pH 7.5, 2 mM CaCl2) were mixed with 3 microliters of crystallization solution (14% (w/v) Peg 4000, 0.15 M sodium acetate, 0.1 M ...詳細: 3 microliters of protein solution (12 mg/ml in 10 mM Tris, pH 7.5, 2 mM CaCl2) were mixed with 3 microliters of crystallization solution (14% (w/v) Peg 4000, 0.15 M sodium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5) and equilibrated against crystallization solution. Diamond-shaped crystals grew within ~10 days and were up to 200 micrometers in length.

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 % / 解説: Crystals were diamond-shaped with clean edges

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3 microliters of protein solution (12 mg/ml in 10 mM Tris, pH 7.5, 2 mM CaCl2) were mixed with 3 microliters of crystallization solution (14% (w/v) Peg 4000, 0.15 M sodium acetate, 0.1 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1.00001 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00001 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→33 Å / Num. obs: 26686 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 1.012 / Χ²: 0.061 / Net I/σ(I): 36.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.27-2.31	7.9	1.266	1.9	1309	0.694	0.905	0.449	1.345	0.829	99.1
2.31-2.35	9	1.091	2.6	1302	0.764	0.931	0.361	1.151	0.836	99.3
2.35-2.4	10.2	0.943	3.2	1332	0.845	0.957	0.297	0.99	0.852	99.9
2.4-2.45	10.9	0.795	4	1283	0.907	0.975	0.244	0.832	0.848	100
2.45-2.5	11	0.635	5	1341	0.925	0.98	0.197	0.666	0.87	100
2.5-2.56	12.3	0.473	7.2	1290	0.965	0.991	0.138	0.493	0.912	100
2.56-2.62	12.1	0.383	8.8	1339	0.976	0.994	0.114	0.4	0.933	100
2.62-2.69	13.2	0.3	11.5	1312	0.982	0.995	0.085	0.312	0.956	100
2.69-2.77	13.1	0.249	13.6	1329	0.989	0.997	0.071	0.26	0.976	100
2.77-2.86	12.9	0.188	18.2	1340	0.99	0.998	0.054	0.196	1.054	100
2.86-2.96	12.5	0.149	21.2	1308	0.994	0.998	0.044	0.155	1.09	100
2.96-3.08	11.9	0.117	25.3	1324	0.993		0.035	0.122	1.129	100
3.08-3.22	12.2	0.094	31.7	1344	0.996	0.999	0.028	0.098	1.188	100
3.22-3.39	13.2	0.077	39.3	1331	0.998	0.999	0.022	0.08	1.254	100
3.39-3.6	13	0.065	43.5	1339	0.998	0.999	0.019	0.067	1.257	100
3.6-3.88	12.5	0.055	44.6	1348	0.999	1	0.016	0.058	1.196	100
3.88-4.27	12.4	0.048	45	1341	0.999	1	0.014	0.05	1.073	99.9
4.27-4.89	13.3	0.044	48.2	1357	0.999	1	0.013	0.046	1.035	100
4.89-6.16	12.2	0.044	45.9	1371	0.999	1	0.013	0.045	0.94	100
6.16-33	11.6	0.04	40.2	1446	0.998	1	0.012	0.042	0.784	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19rc7_4070: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.27→33 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	1298	5 %
R_work	0.1865	-	-
obs	0.1891	25958	97.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3357	0	79	161	3597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3547
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	4794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.102	471
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	617

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.27-2.36	0.2972	110	0.2245	2098	X-RAY DIFFRACTION	76
2.36-2.47	0.2589	144	0.1944	2727	X-RAY DIFFRACTION	98
2.47-2.6	0.2394	146	0.1901	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.76	0.2582	147	0.1849	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.98	0.2842	147	0.1951	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.28	0.25	148	0.1956	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.75	0.2323	149	0.1695	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.72	0.1876	151	0.1578	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-33	0.2429	156	0.2099	2956	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.739	0.0332	0.0085	3.3376	-1.0768	1.64	0.0199	-0.0718	0.2031	-0.4651	0.0414	-0.0185	0.0858	0.0888	-0.0001	0.1855	-0.0175	0.0291	0.2495	-0.0691	0.1807	42.7312	86.7734	47.7381
2	2.0962	-0.9592	-0.0618	1.1056	0.0375	3.0099	0.093	-0.3021	-0.1059	-0.0817	0.1627	0.3733	-0.035	-0.3789	0.0861	0.1289	-0.0198	-0.0247	0.2434	0.065	0.3143	26.4243	75.5214	59.4143
3	1.0022	-0.1505	1.0363	2.1207	-0.3911	1.5819	0.2139	0.0277	-0.5936	0.0065	-0.2119	0.5884	0.9978	0.3516	-0.0092	0.7334	0.066	0.0386	0.1815	-0.0198	0.3802	39.9218	42.6993	51.4748
4	1.2836	0.1661	0.8699	2.5846	0.194	3.0664	0.1028	-0.0298	-0.0554	0.0057	0.0071	-0.434	0.2885	0.7105	0.0477	0.0956	0.0512	0.0261	0.3382	-0.0139	0.1609	51.0696	69.3417	61.0882

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 431 through 542 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 543 through 663 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 438 through 506 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 507 through 666 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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