PDB-7kb0: O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase (MetY) from Th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kb0

タイトル

O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase (MetY) from Thermotoga maritima with pyridoxal-5-phosphate (PLP) bound in the internal aldimine state

要素

O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase

キーワード

TRANSFERASE / Thermotoga maritima / methionine biosynthesis / enzyme kinetics / O-acety-L-homoserine aminocarboxypropyltransferase / MetY / active site

機能・相同性

機能・相同性情報

O-acetylhomoserine sulfhydrylase activity / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / methionine biosynthetic process / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Brewster, J.L. / Pachl, P. / Squire, C. / Selmer, M. / Patrick, W.M.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures and kinetics of Thermotoga maritima MetY reveal new insights into the predominant sulfurylation enzyme of bacterial methionine biosynthesis.
著者: Brewster, J.L. / Pachl, P. / McKellar, J.L.O. / Selmer, M. / Squire, C.J. / Patrick, W.M.

履歴

登録	2020年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	7kb1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kb1-d 3puh-d 1zd4-1 5alh-1 3nsn-1 2cb1-1 1zd5-1 5ali-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase

47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
189 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.308, 135.308, 110.878
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22
Space group name Hall	P6₄2(x,y,z+1/6)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+1/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+2/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-587- HOH
2	1	A-596- HOH
3	1	A-671- HOH

#1: タンパク質	O-acetyl-L-homoserine sulfhydrylase / OAH sulfhydrylase / O-acetylhomoserine thiolase 分子量: 47314.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0882, Tmari_0884 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WZY4, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4 詳細: 0.1 M BIS-Tris, 0.2 M magnesium chloride, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.88 Å / Num. obs: 51081 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.62 % / B_iso Wilson estimate: 24.25 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_rim(I) all: 0.246 / Net I/σ(I): 7.13
反射シェル	解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 7.75 % / Num. unique obs: 8154 / CC_1/2: 0.302 / R_rim(I) all: 1.869 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: T. maritima CBL

解像度: 1.85→42.88 Å / SU ML: 0.2886 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.043
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2447	2590	5.07 %
R_work	0.2097	48490	-
obs	0.2115	51080	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3275	0	0	177	3452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0143	3349
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2436	4558
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0697	518
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5837	1193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.88	0.4091	118	0.3729	2523	X-RAY DIFFRACTION	98.99
1.88-1.92	0.3636	131	0.3484	2529	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.92-1.96	0.3514	138	0.3106	2506	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.96-2	0.2843	120	0.302	2539	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2-2.05	0.3476	132	0.2933	2518	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.1	0.3431	131	0.2875	2538	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.1-2.16	0.3167	139	0.2666	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.16-2.22	0.2617	155	0.2603	2527	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.22-2.29	0.27	131	0.2526	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.29-2.37	0.3027	161	0.2461	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.37-2.47	0.2867	150	0.239	2527	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.47-2.58	0.2649	123	0.2273	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.58-2.72	0.2607	153	0.2182	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.72-2.89	0.2406	110	0.2012	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.89-3.11	0.27	132	0.2001	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.11-3.42	0.2174	124	0.1763	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.42-3.92	0.1891	140	0.1534	2577	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.92-4.94	0.1519	151	0.1379	2593	X-RAY DIFFRACTION	98.14
4.94-42.88	0.2169	151	0.1832	2731	X-RAY DIFFRACTION	97.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.65353705315	-0.586569131355	-0.0761287927006	0.592293843348	0.132904412938	0.466422461906	0.192222425211	-0.160120861495	0.079223862617	-0.0382796565932	-0.080338825588	-0.142979089007	-0.250712465084	0.184202274775	-0.0802169671147	0.156579017144	-0.0062404634922	0.0179969967717	0.283642312294	0.000806458895449	0.182455159761	51.5593666907	65.4787332109	71.019960038
2	1.4448145506	-0.997996420755	-0.320429616678	0.866325623532	0.234159503427	0.387108616028	0.293169796367	0.562554275213	0.551936991178	-0.193845129341	-0.263543881517	-0.376991308722	-0.275740887892	0.0399325533151	-0.038340110677	0.201015573573	0.0516038445574	0.0674902261539	0.275893234248	0.0667417936553	0.272352543313	42.2805513697	73.4930310467	60.3446952292
3	1.06415810651	-0.0897011238058	0.0739422711665	0.721308031508	0.452839028126	1.13789381234	0.0907078375888	0.170298979346	-0.177401254882	-0.0249893697193	-0.0145058205474	-0.0138306496179	0.123305740442	-0.0392199653215	-0.0800613211475	0.119630035382	0.0577692890665	-0.00648538765321	0.245817077453	0.00191969586219	0.154452427278	44.8694303467	50.9678973411	41.391140838
4	0.540599054248	-0.559085059292	-0.0554638314418	0.918793325065	-0.641647030133	1.79842808926	-0.0174420632847	0.038168280943	0.00366982640236	0.0090470271401	0.010293744628	-0.141432132624	0.0583845099118	0.24477686927	-0.010949156865	0.0955647745884	0.0384778219662	0.00605474318879	0.2253827778	-0.0160633727478	0.167100554093	55.6544994063	49.7369292416	48.6175675617
5	0.823514534945	0.377347325017	-0.485525000393	1.2431900542	-0.862749978144	1.82097526786	0.0494194022714	0.00506511322972	0.120538262973	0.0126323706617	0.0752057760096	-0.0122985071692	-0.136906446906	0.106893434883	-0.0698513793459	0.111560783838	0.0506213953629	0.0246046048126	0.200826871285	0.00946552489152	0.190769501216	46.7212304537	62.2806668554	48.5930202894
6	0.152033569521	0.0633963577545	-0.000283537220465	0.840077117858	-0.214937643623	0.991606490809	0.0344278661311	0.0848654212013	0.0565448153255	0.000622379516798	-0.0812490695095	-0.0993155833088	0.0382016384054	0.0412986266528	0.0549887789014	0.119037606669	0.0590922096784	0.0117702496239	0.213138079741	0.000702070902937	0.161123020808	47.7266078247	54.6380849355	59.279189768
7	0.956943072577	0.0484555345381	-0.872389678336	1.17115888816	-0.442289381529	2.03099272516	0.101997556195	0.246433124892	-0.0252138165529	-0.163226577307	-0.0620200225865	0.114336517195	0.292785261097	-0.176684326528	-0.0374078028559	0.286028408961	0.0860263654829	-0.0831205241792	0.226750227502	-0.0416023003822	0.224520364198	46.8263061605	32.1588678148	57.1282746837
8	0.872182799566	0.093872258129	-0.411436473454	1.43967324496	-0.26159296698	0.954133688111	0.0167751606029	0.262056997898	0.00077795582133	-0.147669377477	-0.009378305407	-0.0569371533377	0.589807244514	0.021534673212	-0.024092188749	0.387233471881	0.0587924163304	-0.0462263807461	0.23948429041	-0.0043453495794	0.235098272171	44.3835935144	28.7762913479	60.0788208532

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 157 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 158 through 207 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 208 through 250 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 251 through 311 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 312 through 390 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 391 through 429 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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