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- PDB-7kav: Crystal structure of OhyA-PEG400 complex from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kav
タイトルCrystal structure of OhyA-PEG400 complex from Staphylococcus aureus
要素Oleate hydratase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oleate hydratase / OhyA / SaOhyA / Complex / PEG400
機能・相同性oleate hydratase / oleate hydratase activity / Oleate hydratase / MCRA family / FAD binding / fatty acid metabolic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / : / Myosin-cross-reactive antigen
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.843 Å
データ登録者Radka, C.D. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM034496 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA21765 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanism of Staphylococcus aureus oleate hydratase (OhyA).
著者: Radka, C.D. / Batte, J.L. / Frank, M.W. / Young, B.M. / Rock, C.O.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Oleate hydratase
A: Oleate hydratase
C: Oleate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,97212
ポリマ－209,6783
非ポリマー1,2949
水29,1121616
1
B: Oleate hydratase
ヘテロ分子

B: Oleate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,6128
ポリマ－139,7852
非ポリマー8276
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area43720 Å2
手法PISA
2
A: Oleate hydratase
C: Oleate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,6658
ポリマ－139,7852
非ポリマー8806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area43100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.804, 113.155, 118.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-963-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oleate hydratase / Myosin-crossreactive antigen


分子量: 69892.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, ...遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, HMPREF3211_02399, NCTC10654_00136, RK64_00980
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6GJV1
#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystallized: 20% PEG 400, 100 mM calcium acetate, 100 mM MES, pH 6.0. Cryo: 20% PEG 400, 100 mM calcium acetate, 100 mM MES, pH 6.0, 30% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→47.094 Å / Num. obs: 175248 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / Num. unique obs: 17688 / Rpim(I) all: 0.196

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UIR

4uir


解像度: 1.843→47.094 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 1998 1.14 %
Rwork0.1668 172993 -
obs0.1671 174991 91.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.33 Å2 / Biso mean: 26.3435 Å2 / Biso min: 12.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.843→47.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14132 0 193 1616 15941
Biso mean--37.81 35.62 -
残基数----1747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72519682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1818718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052513
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.843-1.8890.23731500.21841249492
1.889-1.94010.22261460.20021255294
1.9401-1.99710.25771270.18591263594
1.9971-2.06160.19391590.17691262994
2.0616-2.13530.22921520.16681258293
2.1353-2.22080.20581430.16561243592
2.2208-2.32190.17381370.16431220191
2.3219-2.44430.20231340.16831167987
2.4443-2.59740.21071200.16611055578
2.5974-2.79790.19411440.16461293996
2.7979-3.07940.18421600.1671296796
3.0794-3.52490.18541420.15841281895
4.4405-47.0940.21531460.17671226389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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