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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kar | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Sec complex from S. cerevisiae, Sec63 FN3 mutant, class without Sec62 | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / Sec61 / translocon / endoplasmic reticulum / protein translocation / Sec62 / Sec63 / channel | ||||||
機能・相同性 | ![]() misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane ...misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / filamentous growth / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / peptide transmembrane transporter activity / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / protein transmembrane transporter activity / ERAD pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
![]() | Itskanov, S. / Park, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stepwise gating of the Sec61 protein-conducting channel by Sec63 and Sec62. 著者: Samuel Itskanov / Katie M Kuo / James C Gumbart / Eunyong Park / ![]() 要旨: Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their ...Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their functions are poorly defined. In the present study, we determined cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of several variants of Sec61-Sec62-Sec63 complexes from Saccharomyces cerevisiae and Thermomyces lanuginosus and show that Sec62 and Sec63 induce opening of the Sec61 channel. Without Sec62, the translocation pore of Sec61 remains closed by the plug domain, rendering the channel inactive. We further show that the lateral gate of Sec61 must first be partially opened by interactions between Sec61 and Sec63 in cytosolic and luminal domains, a simultaneous disruption of which completely closes the channel. The structures and molecular dynamics simulations suggest that Sec62 may also prevent lipids from invading the channel through the open lateral gate. Our study shows how Sec63 and Sec62 work together in a hierarchical manner to activate Sec61 for post-translational protein translocation. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 250.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 22781MC ![]() 7kahC ![]() 7kaiC ![]() 7kajC ![]() 7kakC ![]() 7kalC ![]() 7kamC ![]() 7kanC ![]() 7kaoC ![]() 7kapC ![]() 7kaqC ![]() 7kasC ![]() 7katC ![]() 7kauC ![]() 7kb5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Protein transport protein ... , 3種, 3分子 ACB
#1: タンパク質 | 分子量: 52978.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Plasmid details: SEC63 is tagged with TEV-GFP and recombinantly expressed 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32915 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8958.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Plasmid details: SEC63 is tagged with TEV-GFP and recombinantly expressed 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35179 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8723.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SBH1, SEB1, YER087C-B, YER087BC 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P52870 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 D
#4: タンパク質 | 分子量: 76312.039 Da / 分子数: 1 / Mutation: E440R/F481S/del(441-447) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC63, NPL1, PTL1, YOR254C 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14906 |
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-Translocation protein ... , 2種, 2分子 EF
#5: タンパク質 | 分子量: 24263.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Plasmid details: SEC63 is tagged with TEV-GFP and recombinantly expressed 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33754 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 21631.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Plasmid details: SEC63 is tagged with TEV-GFP and recombinantly expressed 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39742 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from yeast タイプ: COMPLEX 詳細: Sec63 has the following mutations: E440R/F481S/del(441-447) Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 42017 X / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 49.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1274219 / 詳細: autopicked particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82671 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Non-uniform refinement from cryoSPARC / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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