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万見
- PDB-7k8e: Beta-lactamase mixed with Ceftriaxone, 5ms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k8e
タイトルBeta-lactamase mixed with Ceftriaxone, 5ms
要素Beta-lactamase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Beta-lactamase / Antibiotic / Hydrolase-antibiotic Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceftriaxone / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.40005625978 Å
データ登録者Pandey, S. / Schmidt, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Observation of substrate diffusion and ligand binding in enzyme crystals using high-repetition-rate mix-and-inject serial crystallography
著者: Pandey, S. / Calvey, G. / Katz, A.M. / Malla, T.N. / Koua, F.H.M. / Martin-Garcia, J.M. / Poudyal, I. / Yang, J.H. / Vakili, M. / Yefanov, O. / Zielinski, K.A. / Bajt, S. / Awel, S. / ...著者: Pandey, S. / Calvey, G. / Katz, A.M. / Malla, T.N. / Koua, F.H.M. / Martin-Garcia, J.M. / Poudyal, I. / Yang, J.H. / Vakili, M. / Yefanov, O. / Zielinski, K.A. / Bajt, S. / Awel, S. / Doerner, K. / Frank, M. / Gelisio, L. / Jernigan, R. / Kirkwood, H. / Kloos, M. / Koliyadu, J. / Mariani, V. / Miller, M.D. / Mills, G. / Nelson, G. / Olmos, J.L.J. / Sadri, A. / Sato, T. / Tolstikova, A. / Xu, W. / Ourmazd, A. / Spence, J.C.H. / Schwander, P. / Barty, A. / Chapman, H.N. / Fromme, P. / Mancuso, A.P. / Phillips, G.N.J. / Bean, R. / Pollack, L. / Schmidt, M.
履歴
登録2020年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,09210
ポリマ－113,6034
非ポリマー1,4896
水4,432246
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4962
ポリマ－28,4011
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0503
ポリマ－28,4011
非ポリマー6502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4962
ポリマ－28,4011
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0503
ポリマ－28,4011
非ポリマー6502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.680, 98.780, 113.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAVALVAL(chain 'A' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))AA74 - 8048 - 54
12HISHISLEULEU(chain 'A' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))AA82 - 19256 - 166
13GLNGLNSERSER(chain 'A' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))AA194 - 265168 - 239
24ALAALAVALVAL(chain 'B' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))BB74 - 8048 - 54
25HISHISLEULEU(chain 'B' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))BB82 - 19256 - 166
26GLNGLNSERSER(chain 'B' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))BB194 - 265168 - 239
37ALAALAVALVAL(chain 'C' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))CC74 - 8048 - 54
38HISHISLEULEU(chain 'C' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))CC82 - 19256 - 166
39GLNGLNSERSER(chain 'C' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))CC194 - 265168 - 239
410ALAALAVALVAL(chain 'D' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))DD74 - 8048 - 54
411HISHISLEULEU(chain 'D' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))DD82 - 19256 - 166
412GLNGLNSERSER(chain 'D' and (resid 74 through 80 or resid 82 through 192 or resid 194 through 265))DD194 - 265168 - 239

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 28400.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: blaC, ERS027646_02769 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655AHQ9, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-9F2 / Ceftriaxone


分子量: 554.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N8O7S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.28 %
結晶化温度: 300 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Ammonium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.33 Å
検出器タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 65232 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1758 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.67
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 1888 / CC1/2: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
CrystFELデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B5X

6b5x


解像度: 2.40005625978→24.695 Å / SU ML: 0.39646216872 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.8299003843
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25040738568 2550 4.88852251596 %
Rwork0.234404553417 49613 -
obs0.235226856236 52163 79.2582125384 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.1175667829 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.40005625978→24.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7952 0 92 246 8290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003351027534028202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0694836371811206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04857096954141278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004445909742721486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.96814132054884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.44620.45567284952900.4384829362261888X-RAY DIFFRACTION54.2363586509
2.4462-2.49610.488354171173870.4012659195871597X-RAY DIFFRACTION46.429556107
2.4961-2.55030.4062852364551220.3812188976562230X-RAY DIFFRACTION64.6509070918
2.5503-2.60950.435443404024880.3755575914981970X-RAY DIFFRACTION56.9925228469
2.6095-2.67470.3804462053641120.3568396440422359X-RAY DIFFRACTION67.4767886401
2.6747-2.7470.348432685727980.3647171636041999X-RAY DIFFRACTION57.736784141
2.747-2.82770.332973375804920.3594300925341974X-RAY DIFFRACTION56.4480874317
2.8277-2.91880.3879075154381120.3477167366782292X-RAY DIFFRACTION66.3904998619
2.9188-3.0230.3967964614421150.3290553837822622X-RAY DIFFRACTION75.5451283467
3.023-3.14380.3020707658731470.2971111032743087X-RAY DIFFRACTION88.0958866794
3.1438-3.28650.3025387320331820.2554565133533373X-RAY DIFFRACTION97.9878721058
3.2865-3.45940.274651876521990.2341846735123452X-RAY DIFFRACTION99.5094031071
3.4594-3.67540.2224179225071760.2074331249753483X-RAY DIFFRACTION99.7546346783
3.6754-3.95820.2206269253841890.1960815290333424X-RAY DIFFRACTION98.7698195735
3.9582-4.35450.1950117941182110.1838901908163423X-RAY DIFFRACTION99.235390497
4.3545-4.98020.1939613414651950.1727974419333448X-RAY DIFFRACTION99.3997271487
4.9802-6.25750.2051929423451560.2000345724623518X-RAY DIFFRACTION98.9762931034
6.2575-24.690.2033641851021790.2005386762993474X-RAY DIFFRACTION97.517351842

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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