PDB-7k7v: The X-ray crystal structure of SSR4, an S. pombe chromatin remode...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k7v

タイトル

The X-ray crystal structure of SSR4, an S. pombe chromatin remodelling protein: iodide derivative

要素

SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4

キーワード

GENE REGULATION / chromatin remodelling / SAD phasing / novel structure

機能・相同性

機能・相同性情報

RSC-type complex / SWI/SNF complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.882 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Ssr4, a Schizosaccharomyces pombe chromatin-remodelling protein.
著者: Newman, J. / Nebl, T. / Van, H. / Peat, T.S.

履歴

登録	2020年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k7v.cif.gz	57.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k7v.ent.gz	38.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k7v_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k7v_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	7k7v_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	7k7v_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k7wC 7k82C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bih-4 7k7w-d 4kdu-1 3zjp-d 1m55-1 6kzv-d 1fw1-d 7cmm-4 3npv-1 7k82-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4

ヘテロ分子

22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.157, 67.496, 67.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4 分子量: 22334.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: ssr4, SPBP23A10.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P7Y0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. ...詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. Reservoir conditions contained 1.5 to 1.9 M ammonium sulfate, 0.7-12% dioxane and either 100 mM MES, 100 mM bis-tris or 10% (v/v) malate-MES-tris buffer at a pH between 5.5 and 5.8 PH範囲: 5.5 - 5.8

結晶

マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %

結晶化

温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. ...
PH範囲: 5.5 - 5.8

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.5483 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5483 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→40.3 Å / Num. obs: 18912 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.161 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.88→1.92 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 1.246 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 976 / CC_1/2: 0.488 / R_pim(I) all: 0.432 / % possible all: 78.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.882→40.291 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.668 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2041	971	5.148 %
R_work	0.168	17889	-
all	0.17	-	-
obs	-	18860	98.152 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.377 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.217 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.882→40.291 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1526	0	12	89	1627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.644	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.428	1.565	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.864	5	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.919	21.646	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.224	15	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.257	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	787
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	760
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.566	2.31	782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.563	2.305	781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.937	3.441	981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.936	3.447	982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.572	2.689	828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.571	2.688	829
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.709	3.868	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.706	3.868	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.898	43.829	6472
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.887	43.78	6433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.882-1.931	0.392	62	0.365	1077	X-RAY DIFFRACTION	80.7229
1.931-1.984	0.226	84	0.201	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
1.984-2.041	0.18	50	0.161	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.8495
2.041-2.104	0.269	76	0.167	1203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.172	0.204	63	0.164	1186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.172-2.249	0.199	65	0.156	1129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.249-2.333	0.215	55	0.158	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.9152
2.333-2.428	0.239	62	0.155	1054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.428-2.536	0.238	61	0.157	1017	X-RAY DIFFRACTION	99.9073
2.536-2.659	0.197	56	0.155	988	X-RAY DIFFRACTION	99.9043
2.659-2.803	0.178	41	0.159	956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.803-2.972	0.224	45	0.159	881	X-RAY DIFFRACTION	99.8921
2.972-3.176	0.205	46	0.155	854	X-RAY DIFFRACTION	99.7783
3.176-3.43	0.154	39	0.153	777	X-RAY DIFFRACTION	99.391
3.43-3.755	0.21	42	0.152	714	X-RAY DIFFRACTION	98.9529
3.755-4.195	0.2	29	0.151	674	X-RAY DIFFRACTION	98.4594
4.195-4.838	0.132	38	0.145	564	X-RAY DIFFRACTION	97.5689
4.838-5.91	0.179	27	0.191	489	X-RAY DIFFRACTION	98.2857
5.91-8.295	0.234	20	0.234	412	X-RAY DIFFRACTION	97.9592
8.295-40.291	0.349	10	0.213	241	X-RAY DIFFRACTION	93.3085

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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