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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k7k | |||||||||
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タイトル | Structure of the EPEC type III secretion injectisome EspA filament | |||||||||
要素 | Translocon EspA | |||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Transport / filament / secretion system | |||||||||
機能・相同性 | EspA-like secreted protein / EspA-like secreted protein / EspA/CesA-like / Translocon EspA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli O127:H6 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Lyons, B.J.E. / Atkinson, C.E. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the EspA filament from enteropathogenic Escherichia coli: Revealing the mechanism of effector translocation in the T3SS. 著者: Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Wanyin Deng / Antonio Serapio-Palacios / B Brett Finlay / Natalie C J Strynadka / 要旨: The type III secretion system (T3SS) is a virulence mechanism employed by Gram-negative pathogens. The T3SS forms a proteinaceous channel that projects a needle into the extracellular medium where it ...The type III secretion system (T3SS) is a virulence mechanism employed by Gram-negative pathogens. The T3SS forms a proteinaceous channel that projects a needle into the extracellular medium where it interacts with the host cell to deliver virulence factors. Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is unique in adopting a needle extension to the T3SS-a filament formed by EspA-which is absolutely required for efficient colonization of the gut. Here, we describe the cryoelectron microscopy structure of native EspA filaments from EPEC at 3.6-Å resolution. Within the filament, positively charged residues adjacent to a hydrophobic groove line the lumen of the filament in a spiral manner, suggesting a mechanism of substrate translocation mediated via electrostatics. Using structure-guided mutagenesis, in vivo studies corroborate the role of these residues in secretion and translocation function. The high-resolution structure of the EspA filament could aid in structure-guided drug design of antivirulence therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k7k.cif.gz | 760.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k7k.ent.gz | 650.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k7k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k7k_validation.pdf.gz | 796.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k7k_full_validation.pdf.gz | 803.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7k7k_validation.xml.gz | 107.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k7k_validation.cif.gz | 147.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k7k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20482.811 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌) 株: E2348/69 / EPEC / 参照: UniProt: B7UM94 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EspA filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 0.475 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 64.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15523 / 対称性のタイプ: HELICAL |