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万見
- PDB-7k7f: Solution Structure of the Corynebacterium diphtheriae SpaA Pilin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k7f
タイトルSolution Structure of the Corynebacterium diphtheriae SpaA Pilin-Signal Peptide Complex
要素
  • Putative surface-anchored fimbrial subunit
  • SpaA sorting signal peptide
キーワードCELL ADHESION / pili / backbone pilin / sortase / lysine isopeptide bond / Gram-positive bacteria
機能・相同性: / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / carbohydrate metabolic process / Immunoglobulin-like fold / membrane / metal ion binding / Surface-anchored fimbrial subunit
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsSpaA backbone pilin isopeptide complex with sorting signal peptide
データ登録者McConnell, S.A. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI52217 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007185-43 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Sortase-assembled pili in Corynebacterium diphtheriae are built using a latch mechanism.
著者: McConnell, S.A. / McAllister, R.A. / Amer, B.R. / Mahoney, B.J. / Sue, C.K. / Chang, C. / Ton-That, H. / Clubb, R.T.
履歴
登録2020年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative surface-anchored fimbrial subunit
B: SpaA sorting signal peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4902
ポリマ－16,4902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, peptide crosslinking was quantified by MS, cross-linking, pilin sortase mediated isopeptide bond formed between peptide and SpaA domain, assay for oligomerization, peptide ...根拠: mass spectrometry, peptide crosslinking was quantified by MS, cross-linking, pilin sortase mediated isopeptide bond formed between peptide and SpaA domain, assay for oligomerization, peptide crosslinking was quantified by SDS-PAGE and HPLC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1390 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8980 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Putative surface-anchored fimbrial subunit


分子量: 15399.396 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 53-195 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2013 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NF81
#2: タンパク質・ペプチド SpaA sorting signal peptide


分子量: 1090.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 15N-separated NOESY
221isotropic13D (F1) 13C,15N-filtered (F2) 15N-edited NOESY-HSQC
131isotropic12D 1H-15N HSQC
242isotropic12D 1H-13C HSQC
252isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic11H-15N heteronoe
181isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic1T2/R2 relaxation
1101isotropic1T1/R1 relaxation
1111isotropic13D HN(CA)CO
1121isotropic13D HNCA
1131isotropic13D HNCO
2142isotropic13D (H)CCH-COSY
1171isotropic13D HNHA
1181isotropic23D HBHA(CO)NH
1191isotropic23D 1H-15N TOCSY
1201isotropic13D H(CCO)NH
2212isotropic12D (F1,F2) 13C-filtered NOESY
2222isotropic12D (F1) 13C,15N-filtered TOCSY
2242isotropic13D 13C-separated NOESY aliphatic D2O
1232isotropic13D (F1) 13C,15N-filtered (F2) 13C-edited NOESY-HSQC
1252isotropic13D 13C-separated NOESY aromatic D2O
1261isotropic13D 13C-separated NOESY aliphatic H2O

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.2 mM [U-13C; U-15N] SpaA backbone pilin for protein, 1.2 mM SpaA sorting signal for peptide, 50 mM NaH2PO4, 100 mM NaCl, 0.01 % NaN3, 92% H2O, 8% D2ONSpaA-signal peptide (H2O)92% H2O, 8% D2O
solution21.2 mM [U-13C; U-15N] SpaA backbone pilin for protein, 1.2 mM SpaA sorting signal for peptide, 50 mM NaH2PO4, 100 mM NaCl, 0.01 % NaN3, 100% D2ONSpaA-signal peptide (D2O)100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMSpaA backbone pilin for protein[U-13C; U-15N]1
1.2 mMSpaA sorting signal for peptidenatural abundance1
50 mMNaH2PO4natural abundance1
100 mMNaClnatural abundance1
0.01 %NaN3natural abundance1
1.2 mMSpaA backbone pilin for protein[U-13C; U-15N]2
1.2 mMSpaA sorting signal for peptidenatural abundance2
50 mMNaH2PO4natural abundance2
100 mMNaClnatural abundance2
0.01 %NaN3natural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100mM NaCl mMCond16ambient 298 K
2100mM NaCl mMCond26ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.37Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.37Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
Xipp1.19Dan Garrettchemical shift assignment
Xipp1.19Dan Garrettpeak picking
UNIOTorsten Herrmannstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
NMRFAM-SPARKYNational Magnetic Resonance Facility at Madison (Wisconsin)データ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
TALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich精密化
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thornton精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE restraints refined in XIPP, structures were calculated with a simulated annealing protocol using XPLOR-NIH
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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