PDB-7k74: Crystal Structure of Fructose-1,6-bisphosphatase, type I, from St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k74

タイトル

Crystal Structure of Fructose-1,6-bisphosphatase, type I, from Stenotrophomonas maltophilia K279a

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase class 1

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Stenotrophomonas maltophilia K279a / Stenotrophomonas / Fructose-1 / 6-bisphosphatase / type I / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / gluconeogenesis / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Fructose-1,6-bisphosphatase, type I, from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k74.cif.gz	606.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k74.ent.gz	415.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nuyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5et7-2 4gwu-1 1fbe-1 5et7-1 5ldz-2 3ztt-d 4gww-1 1fbc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-StmaA.17936.a TargetTrack: StmaA.17936.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase class 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase class 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase class 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase class 1

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.040, 125.730, 158.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid -2 through 9 or resid 11...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid -2 through 2 or (resid 3...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid -2 through 9 or resid 11...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid -2 through 6 or (resid 7...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	HIS	GLN	A	1 - 12
d_1	2	ens_1	ALA	SER	A	14 - 79
d_1	3	ens_1	GLU	ASP	A	81 - 83
d_1	4	ens_1	SER	THR	A	85 - 127
d_1	5	ens_1	PRO	MET	A	130 - 233
d_1	6	ens_1	ALA	PRO	A	235 - 302
d_1	7	ens_1	PHE	ALA	A	304 - 324
d_1	8	ens_1	PO4	PO4	B
d_2	1	ens_1	HIS	GLN	C	1 - 12
d_2	2	ens_1	ALA	SER	C	14 - 79
d_2	3	ens_1	GLU	ASP	C	81 - 83
d_2	4	ens_1	SER	THR	C	85 - 127
d_2	5	ens_1	PRO	MET	C	130 - 233
d_2	6	ens_1	ALA	PRO	C	235 - 302
d_2	7	ens_1	PHE	ALA	C	304 - 324
d_2	8	ens_1	PO4	PO4	D
d_3	1	ens_1	HIS	GLN	E	1 - 12
d_3	2	ens_1	ALA	SER	E	14 - 79
d_3	3	ens_1	GLU	ASP	E	81 - 83
d_3	4	ens_1	SER	MET	E	85 - 231
d_3	5	ens_1	ALA	PRO	E	233 - 300
d_3	6	ens_1	PHE	ALA	E	302 - 322
d_3	7	ens_1	PO4	PO4	F
d_4	1	ens_1	HIS	GLN	G	1 - 12
d_4	2	ens_1	ALA	SER	G	14 - 79
d_4	3	ens_1	GLU	ASP	G	81 - 83
d_4	4	ens_1	SER	THR	G	85 - 127
d_4	5	ens_1	PRO	MET	G	130 - 233
d_4	6	ens_1	ALA	PRO	G	235 - 302
d_4	7	ens_1	PHE	ALA	G	304 - 324
d_4	8	ens_1	PO4	PO4	H

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999993487985, -0.00352888920925, 0.000755597902004), (0.00353328144225, -0.999976395651, 0.00589271268789), (0.00073478533639, 0.00589534405451, 0.999982352349)	0.0809907635088, 4.55708399178, -0.0358877967532
2	given	(-0.999999379296, -0.00104043645554, 0.000398622996494), (-0.00104450992551, 0.999945801818, -0.0103586883702), (-0.00038782383484, -0.0103590983062, -0.999946267894)	-0.0145900643131, 0.000240698141186, -1.44540955647
3	given	(0.999973160254, 0.00692205349775, -0.00240082219581), (0.00690684479637, -0.999956388254, -0.0062862616516), (-0.00244423133122, 0.00626951082365, -0.999977359227)	-0.0503860210916, 4.56246549495, -1.43196786979

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / FBPase class 1 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase class 1 分子量: 37436.363 Da / 分子数: 4 / 断片: StmaA.17936.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: fbp, Smlt0047 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FU10, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, condition h12: 45% (V/V) MPD, 200mM Ammonium acetate, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.5: StmaA.17936.a.B1.PW38784 at 22.75mg/ml + 4mM fructose-1,6-bisphosphate: ...詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, condition h12: 45% (V/V) MPD, 200mM Ammonium acetate, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.5: StmaA.17936.a.B1.PW38784 at 22.75mg/ml + 4mM fructose-1,6-bisphosphate: tray: 315242h12, cryo: direct: puck: uog3-7

結晶

マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, condition h12: 45% (V/V) MPD, 200mM Ammonium acetate, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.5: StmaA.17936.a.B1.PW38784 at 22.75mg/ml + 4mM fructose-1,6-bisphosphate: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月23日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 77671 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.359 % / B_iso Wilson estimate: 40.704 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.868 / Net I/σ(I): 12.72

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	7.474	0.551	3.45	5673	0.971	0.592	99.7
2.26-2.32	7.469	0.452	4.02	5518	0.98	0.485	99.7
2.32-2.39	7.463	0.374	4.69	5376	0.987	0.402	99.6
2.39-2.46	7.46	0.311	5.31	5231	0.991	0.334	99.7
2.46-2.54	7.468	0.272	6	5075	0.994	0.292	99.6
2.54-2.63	7.445	0.212	7.04	4926	0.996	0.228	99.7
2.63-2.73	7.444	0.168	8.4	4727	0.997	0.181	99.7
2.73-2.84	7.442	0.144	9.49	4572	0.997	0.154	99.8
2.84-2.97	7.426	0.123	11.23	4372	0.998	0.132	99.7
2.97-3.11	7.405	0.098	13.09	4206	0.998	0.105	99.9
3.11-3.28	7.348	0.081	15.8	4028	0.999	0.087	99.7
3.28-3.48	7.31	0.067	19.27	3811	0.998	0.072	99.9
3.48-3.72	7.272	0.06	21.56	3584	0.998	0.064	99.8
3.72-4.02	7.217	0.052	24.12	3348	0.999	0.057	99.8
4.02-4.4	7.209	0.049	25.95	3091	0.999	0.053	99.9
4.4-4.92	7.2	0.043	27.82	2812	0.999	0.047	99.9
4.92-5.68	7.193	0.044	26.1	2514	0.999	0.047	99.9
5.68-6.96	7.121	0.04	24.09	2150	0.999	0.043	100
6.96-9.84	6.963	0.034	26.35	1685	0.999	0.037	99.8
9.84-50	6.29	0.033	26.23	972	0.999	0.036	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1nuy as per Morda

1nuy

解像度: 2.2→37.78 Å / SU ML: 0.2585 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.9452
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1973	2.57 %	0
R_work	0.2135	74908	-	-
obs	0.2145	76881	98.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9714	0	20	465	10199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	9999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8813	13604
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	1785
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9353	3543

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.298195496229
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.265826502606
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.30968365196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3585	135	0.2724	5289	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.26-2.32	0.2919	143	0.2608	5280	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.32-2.38	0.3128	130	0.2516	5293	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.38-2.46	0.2839	167	0.2457	5244	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.46-2.55	0.2891	142	0.2311	5302	X-RAY DIFFRACTION	98.66
2.55-2.65	0.2903	127	0.2327	5274	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.65-2.77	0.3186	153	0.2261	5280	X-RAY DIFFRACTION	98.26
2.77-2.92	0.2618	141	0.2417	5324	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.92-3.1	0.3229	147	0.2323	5326	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.1-3.34	0.2335	124	0.2212	5418	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.34-3.68	0.2273	138	0.1981	5399	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.68-4.21	0.1938	144	0.1823	5437	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.21-5.3	0.2174	142	0.1774	5471	X-RAY DIFFRACTION	99.57
5.3-37.78	0.236	140	0.2192	5571	X-RAY DIFFRACTION	97.01

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0096798614	-0.991845002489	0.503376972885	7.77734391495	-2.57554202328	2.92684978795	0.384086418591	-0.0589266348379	-0.720176959796	0.683137137173	-0.155169054173	-1.14089552548	0.0997938070761	0.494984155162	-0.300726002492	0.66213797606	0.0330608174287	-0.184201886784	0.935642587725	0.0222805554195	0.885565910923	13.3728437054	-10.0148543896	-13.4285393768
2	0.614517809613	-0.579166339839	-0.348836021586	1.56427045183	-0.472723803512	6.07046338124	0.30367260092	-0.164805052139	0.00914871475746	0.218125388788	0.0968538781106	-0.280728146808	0.843224728303	1.17396028206	-0.298437384468	0.624403716365	0.150860599307	-0.202027209363	0.66890274453	-0.089297091192	0.612364070835	9.49429015819	-25.0463368747	-12.0677424895
3	1.20209579975	0.194425986417	0.0684832736154	1.38572738912	0.0428637242781	1.88416347451	0.149497868038	0.135917511248	-0.155108705918	0.10852536576	-0.018082761155	-0.0498680514422	0.289122453727	-0.0726268812601	-0.127890005543	0.282906988544	-0.0238214877846	-0.0654519758397	0.294780137346	-0.0551747015628	0.303205551593	-3.00081652781	-10.0777004616	-27.5957135493
4	1.38110583857	-0.287124097698	0.450346719316	1.77594093037	-0.840754392591	2.89688364561	0.151472161431	0.424395051791	-0.322247719367	0.0010378173212	-0.0266701849804	-0.073154042666	0.552457688028	0.213427300259	-0.121900438366	0.336736259498	0.0179529852392	-0.0951409362095	0.345556564094	-0.147931287224	0.351177153467	-2.70172256599	-18.2106508578	-35.9631474345
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 42 through 70 )	C	E	42 - 70	45 - 65
2	2	chain 'C' and (resid 71 through 101 )	C	E	71 - 101	66 - 96
3	3	chain 'C' and (resid 102 through 262 )	C	E	102 - 262	97 - 253
4	4	chain 'C' and (resid 263 through 331 )	C	E	263 - 331	254 - 322
5	5	chain 'D' and (resid -2 through 41 )	D	G	-2 - 41	1 - 44
6	6	chain 'D' and (resid 42 through 75 )	D	G	42 - 75	45 - 70
7	7	chain 'D' and (resid 76 through 101 )	D	G	76 - 101	71 - 96
8	8	chain 'D' and (resid 102 through 225 )	D	G	102 - 225	97 - 218
9	9	chain 'D' and (resid 226 through 331 )	D	G	226 - 331	219 - 324
10	10	chain 'A' and (resid -2 through 42 )	A	A	-2 - 42	1 - 45
11	11	chain 'A' and (resid 43 through 70 )	A	A	43 - 70	46 - 65
12	12	chain 'A' and (resid 71 through 101 )	A	A	71 - 101	66 - 96
13	13	chain 'A' and (resid 102 through 157 )	A	A	102 - 157	97 - 150
14	14	chain 'A' and (resid 158 through 262 )	A	A	158 - 262	151 - 255
15	15	chain 'A' and (resid 263 through 331 )	A	A	263 - 331	256 - 324
16	16	chain 'B' and (resid -2 through 41 )	B	C	-2 - 41	1 - 44
17	17	chain 'B' and (resid 42 through 70 )	B	C	42 - 70	45 - 65
18	18	chain 'B' and (resid 71 through 101 )	B	C	71 - 101	66 - 96
19	19	chain 'B' and (resid 102 through 331 )	B	C	102 - 331	97 - 324
20	20	chain 'C' and (resid -2 through 41 )	C	E	-2 - 41	1 - 44

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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