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万見
- PDB-7k4z: Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.17 in complex with the tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k4z
タイトルCrystal structure of Kemp Eliminase HG3.17 in complex with the transition state analog 6-nitrobenzotriazole
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / kemp elimination / directed evolution / transition state analog
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-NITROBENZOTRIAZOLE / Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoascus aurantiacus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Padua, R.A.P. / Otten, R. / Bunzel, A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D.
資金援助 米国, スイス, 11件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15699 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2114-12 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124169 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021832 米国
Swiss National Science Foundation スイス
Other government スイス
National Science Foundation (NSF, United States)BioXFEL STC (1231306) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: How directed evolution reshapes the energy landscape in an enzyme to boost catalysis.
著者: Otten, R. / Padua, R.A.P. / Bunzel, H.A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5793
ポリマ－33,1761
非ポリマー4022
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.360, 66.310, 71.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase / Xylanase / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase / TAXI


分子量: 33176.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 遺伝子: XYNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE


分子量: 164.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6, and 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.999→35.84 Å / Num. obs: 127672 / % possible obs: 97.22 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 8.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.94
反射 シェル解像度: 0.999→1.035 Å / Num. unique obs: 12643 / CC1/2: 0.0668

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
Cootモデル構築
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bs0

4bs0


解像度: 1.08→35.84 Å / SU ML: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8348
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1718 1593 1.57 %
Rwork0.1572 99701 -
obs0.1574 101294 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→35.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2291 0 28 277 2596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00732576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04993539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0775384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.099370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.08-1.110.32711440.32068954X-RAY DIFFRACTION99.84
1.11-1.150.26671450.26068950X-RAY DIFFRACTION99.92
1.15-1.20.27341400.23248991X-RAY DIFFRACTION99.96
1.2-1.260.22671500.21218966X-RAY DIFFRACTION99.95
1.26-1.320.22641490.19599009X-RAY DIFFRACTION99.91
1.32-1.40.18721360.1749032X-RAY DIFFRACTION99.97
1.4-1.510.17011450.15258997X-RAY DIFFRACTION99.99
1.51-1.670.1431440.13719075X-RAY DIFFRACTION99.98
1.67-1.910.17651440.12859107X-RAY DIFFRACTION99.99
1.91-2.40.14021420.12349174X-RAY DIFFRACTION99.99
2.4-35.840.13551540.13779446X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28485102297-0.122226452707-0.6651617352740.971819517902-0.1520325658434.45769967543-0.0401640188847-0.00955812750976-0.01638645678230.02798153113120.0113049612748-0.0628753999473-0.0528783275390.09692449861610.02916557847750.0658730662539-0.01371254209440.0005196393524230.04018168656910.004299188964740.061981070919124.2704398424.370714508529.98525320411
25.698934666390.0723125714402-1.345304835230.8795115602930.09159639098321.100614331610.0776655505596-0.1605183398470.07891039619540.130808782551-0.01942089822490.00676084214334-0.135667241130.00349370363328-0.06137873236010.124671816217-0.00116575646628-0.001408407086680.06731028090370.0102381662890.035749273529812.617154042712.993900403322.1561570515
31.14442211693-0.214303374421-0.286141789450.7219415228120.1289643915010.521385440479-0.0352434657952-0.0337116018788-0.008506943900360.09493548684030.02086780428310.08781415627440.00605368387552-0.04888733498240.01831432690980.0939294920380.004621609019060.01239723004550.07534784968060.008679948225050.05172504408263.2086399051613.431122529215.9242234039
40.242808945007-0.376222663314-0.1635084745721.575057246590.5729779546560.874398406495-0.04143408581860.0383302714076-0.06016209444250.0798929517276-0.062581757120.1947234090190.0564395105227-0.09740913190490.09771839253880.064829804613-0.007173526558790.01427862391780.0823976144296-0.004063477280020.0750480919056-1.028827371947.166454611656.84730882034
50.352525609625-0.8755139069720.1332256764193.58567907463-0.3181394141290.6962471784610.0159458297570.0746567353767-0.0660293692886-0.103989078582-0.05682245611670.2036234147270.00320056738043-0.1215807537380.03931653167650.07559605950320.00851553628923-0.001363914414760.0862302392967-0.008936055806740.0890243403305-3.206220771444.71723219566-2.9473561601
60.518260255119-0.2561925306230.3112121612390.429573722542-0.1184754732090.5845503577250.01438538547330.0362258096658-0.0427459515555-0.0203914270866-0.00826753423424-0.0009839708864360.04144085038620.0234948783958-0.003702360950380.0860305287133-0.003884377627820.002010038758880.07511369033060.0002813268766520.064863495334112.7497132226-1.029680922710.707525669031
72.809590313380.198397113092-0.2707637798262.27768607949-0.1829722228533.332488782320.0158892019646-0.0772256174981-0.04346080179170.0435876034460.0307951334836-0.1158034084790.08122013803720.105699557434-0.0204219608840.0616885520420.0149400337379-0.02052108297320.052273939699-0.006158785692160.087111116799425.2312092961-7.687507769919.18436846225
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 45 )3 - 451 - 43
22chain 'A' and (resid 46 through 76 )46 - 7644 - 74
33chain 'A' and (resid 77 through 130 )77 - 13075 - 128
44chain 'A' and (resid 131 through 181 )131 - 181129 - 179
55chain 'A' and (resid 182 through 196 )182 - 196180 - 194
66chain 'A' and (resid 197 through 270 )197 - 270195 - 268
77chain 'A' and (resid 271 through 303 )271 - 303269 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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