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- PDB-7k47: Crystal Structure of Glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k47
タイトルCrystal Structure of Glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
要素Bifunctional protein GlmU
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase / Glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / cell morphogenesis / regulation of cell shape ...glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / cell morphogenesis / regulation of cell shape / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / GlmU, C-terminal LbH domain / : / MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional protein GlmU
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein GlmU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2021
ポリマ－49,2021
非ポリマー00
水72140
1
A: Bifunctional protein GlmU

A: Bifunctional protein GlmU

A: Bifunctional protein GlmU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,6053
ポリマ－147,6053
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area13370 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area51110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.290, 91.290, 184.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-524-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional protein GlmU / StmaA.00150.a.B1


分子量: 49201.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: glmU, Smlt4108 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B2FHY5, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase, glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.8 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Optimization screen based on Rigaku Reagens JCSG+ condition B4: 100mM HEPES free acid / Sodium hydroxide pH 8.0, 8% (V/V) ethylene glycol, 9.6% (w/V) PEG 8000: StmaA.00150.a.B1.PW38698 at ...詳細: Optimization screen based on Rigaku Reagens JCSG+ condition B4: 100mM HEPES free acid / Sodium hydroxide pH 8.0, 8% (V/V) ethylene glycol, 9.6% (w/V) PEG 8000: StmaA.00150.a.B1.PW38698 at 24mg/ml: tray 319930h10: cryo: 20% EG in 2 steps: puck aod1-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 19333 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.482 % / Biso Wilson estimate: 79.637 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 30.57
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-2.9811.5850.5434.8314330.9470.568100
2.98-3.0611.5920.4026.3413940.9770.42100
3.06-3.1511.6060.2958.8313560.9860.309100
3.15-3.2411.5870.21811.5913080.9910.228100
3.24-3.3511.5940.17214.6212570.9940.179100
3.35-3.4711.5670.11819.4812330.9970.124100
3.47-3.611.5820.08525.2111940.9990.089100
3.6-3.7411.5620.0729.7511430.9990.073100
3.74-3.9111.5330.05934.6810880.9990.062100
3.91-4.111.5420.0539.5710650.9990.053100
4.1-4.3211.5220.04344.569940.9990.045100
4.32-4.5911.5120.03748.6195110.03999.8
4.59-4.911.5090.03550.728720.9990.03799.2
4.9-5.2911.4190.03751.7882910.03999.9
5.29-5.811.4290.03952.927630.9990.041100
5.8-6.4811.3860.03953.836940.9990.041100
6.48-7.4911.2850.03758.266080.9990.03899.8
7.49-9.1711.1840.03362.9152210.035100
9.17-12.9710.8420.03364.740610.035100
12.97-508.910.03752.92230.9990.0495.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: two domains of PDB entry 5vmk as per Morda

5vmk


解像度: 2.9→29.88 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.557
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 1982 10.31 %0
Rwork0.1741 17250 --
obs0.1774 19232 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3285 0 0 40 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61014568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.53931165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.35451340.26421240X-RAY DIFFRACTION99.93
2.97-3.050.29221480.25731231X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.140.29411590.24391219X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.31891290.25621243X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.360.27281450.251220X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.490.23461440.22121239X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.650.22551220.19011252X-RAY DIFFRACTION99.93
3.65-3.840.24061420.19141229X-RAY DIFFRACTION99.93
3.84-4.080.20461610.16641197X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.40.17321450.15221250X-RAY DIFFRACTION99.93
4.4-4.840.16321290.14281224X-RAY DIFFRACTION98.4
4.84-5.540.19191720.15451194X-RAY DIFFRACTION99.42
5.54-6.960.20811160.17821272X-RAY DIFFRACTION99.93
6.96-29.880.15641360.13341240X-RAY DIFFRACTION98.08
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.03895279707-2.75034165227-4.602546648582.772929576520.9472516425866.986303883870.1066486723091.009110321510.238530852284-0.524687212164-0.3250547197630.422491891783-0.132713950739-1.162276514830.1328420182010.5267537661090.151889039368-0.1345363568120.800129387709-0.04590682687560.75148840608921.506932533242.049101761231.4803558452
21.67354359766-2.23643233551-1.415307333233.35065613991.337988792761.966964274820.4242482074851.198712472560.358228213256-0.803649512187-0.4449471005830.697270749428-0.551723982298-1.18802322973-0.02223234255260.6338456219710.36005800887-0.1584356129481.34230738520.02930568336381.095752010716.897803801649.090756927428.591827664
36.07278429508-0.229597662057-5.304074874347.140938251971.034649118178.89703917188-0.0933100229856-0.0327557981099-0.06455205316460.514217947227-0.2491632336520.7211516820490.104198503115-0.2043970654210.1927792851550.4526739243110.0751887794450.01714222218050.720129447355-0.06793948758660.69567808085919.911109633840.90276437742.8811741203
46.729986206270.9838827744720.5628949354685.029820049481.02166746132.600580134460.489269865357-2.101037546310.09566799020271.609032099460.415399467107-0.443837281901-0.8007974922762.31210107706-0.6717570706661.077291344970.07145525481350.02567258825791.7798636548-0.07554423543190.77884950515729.199102486742.446566486155.477963017
52.91538269635-1.57077682496-2.048493996481.366605297211.3086150893.10355190558-0.212706197856-0.6828603438830.4412450472660.5040734104150.3119600883510.179758344168-0.1788245195940.125768414522-0.08527106966450.7577930525830.1768623525930.04629448790990.872520250742-0.07670585244910.90229882367624.523842602841.738087225143.0926215453
61.94753312721-0.0111138127477-0.09205398833931.75476594941-0.1500109741753.922032566140.01019283278510.749879998525-0.17663457446-0.7744510515060.01742253030030.2519787200410.279622500466-0.454399211397-0.02343351125120.743673989278-0.0366720895895-0.1240162183250.737417474668-0.04355079107840.50608323040735.386349383121.0909439959-2.34210215746
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: BA2 / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 45 )-1 - 451 - 47
22chain 'A' and (resid 46 through 81 )46 - 8148 - 83
33chain 'A' and (resid 82 through 138 )82 - 13884 - 140
44chain 'A' and (resid 139 through 171 )139 - 171141 - 173
55chain 'A' and (resid 172 through 249 )172 - 249174 - 251
66chain 'A' and (resid 250 through 453 )250 - 453252 - 455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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