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- PDB-7k3y: GGYAGAS segment 52-58 from Keratin-8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3y
タイトルGGYAGAS segment 52-58 from Keratin-8
要素GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid filament / low complexity sequence
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Murray, K.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Identifying amyloid-related diseases by mapping mutations in low-complexity protein domains to pathologies.
著者: Murray, K.A. / Hughes, M.P. / Hu, C.J. / Sawaya, M.R. / Salwinski, L. / Pan, H. / French, S.W. / Seidler, P.M. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2020年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8
B: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1632
ポリマ－1,1632
非ポリマー00
水1267
1
A: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8
B: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8

A: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8
B: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8

A: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8
B: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8

A: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8
B: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8

A: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8
B: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8

A: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8
B: GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,97912
ポリマ－6,97912
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)9.430, 10.490, 16.630
Angle α, β, γ (deg.)88.850, 76.320, 74.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GGYAGAS segment 52-58 from the low complexity domain of Keratin-8


分子量: 581.578 Da / 分子数: 2 / 断片: GGYAGAS / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.5M sodium chloride, 100mM sodium acetate/acetic acid (pH 4.5), 0.2M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→16.14 Å / Num. obs: 1830 / % possible obs: 76.2 % / 冗長度: 2.146 % / Biso Wilson estimate: 10.117 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rrim(I) all: 0.208 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 4.29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.1-1.132.140.2851.86430.9510.37323.2
1.13-1.172.1650.342.08790.8950.45236.9
1.17-1.212.2390.3582.48920.8530.46651.7
1.21-1.252.1110.3362.211440.920.44486.7
1.25-1.32.180.3092.661670.8670.40389.3
1.3-1.352.10.3362.851400.7860.44882.8
1.35-1.412.2420.2923.631320.8830.38688.6
1.41-1.482.0230.2773.81310.850.37286.2
1.48-1.562.1720.2284.451340.9270.30487.6
1.56-1.652.1810.2474.711160.9370.33188.5
1.65-1.772.0480.2845.471240.750.37791.9
1.77-1.912.1270.2095.891020.8560.28382.3
1.91-2.092.1390.1886.051010.960.23990.2
2.09-2.342.2560.1346.91900.9620.17490.9
2.34-2.72.1740.1356.47860.9330.18297.7
2.7-3.32.1190.16.97670.9960.13791.8
3.3-4.672.0930.0846.77540.9630.11493.1
4.67-16.142.1430.0926.68280.9950.11893.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.2 Å16.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XDS20180409データ削減
XSCALE20180409データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ideal beta strand

解像度: 1.1→10.08 Å / SU ML: -0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.13 / 位相誤差: 27.5094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 181 9.99 %
Rwork0.1626 1631 -
obs0.1661 1812 75.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 9.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→10.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数82 0 0 7 89
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5167122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.142110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.270328
LS精密化 シェル解像度: 1.1→10.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 181 -
Rwork0.1626 1631 -
obs--75.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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