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- PDB-7k3m: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class D from Chitinophaga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3m
タイトルCrystal Structure of the Beta Lactamase Class D from Chitinophaga pinensis by Serial Crystallography
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta lactamase class D / serial crystallography / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / Beta-lactamase/transpeptidase-like / beta-lactamase activity / beta-lactamase / Beta-lactamase
機能・相同性情報
生物種Chitinophaga pinensis DSM 2588 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Sherrell, D.A. / Johnson, J. / Lavens, A. / Maltseva, N. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class D from Chitinophaga pinensis by Serial Crystallography
著者: Kim, Y. / Sherrell, D.A. / Johnson, J. / Lavens, A. / Maltseva, N. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8801
ポリマ－29,8801
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.413, 69.347, 70.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 29880.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chitinophaga pinensis DSM 2588 (バクテリア)
遺伝子: Cpin_0907 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: C7PL61, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 9.0, 8 %(w/v) PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.28 Å / Num. obs: 23276 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 79.11 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.67 / Net I/σ(I): 2.81
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 1134 / CC1/2: 0.73 / % possible all: 99.8
Serial crystallography sample delivery解説: Nylon Mesh / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: 60um Nylon mesh / Motion control: PMAC EPICS / Sample holding: ALEX mesh-holder / Support base: SmarAct XYZ stage
Serial crystallography data reductionFrame hits: 36400 / Frames indexed: 8424 / Frames total: 36400 / Lattices indexed: 7261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
CRISpyデータ収集
DIALSデータ削減
PRIMEデータスケーリング
MOLREP11.7.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The crystal structure of the same protein in the complex with avibactam which will be deposited

解像度: 1.8→49.28 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 24.2283
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 1107 4.83 %
Rwork0.1775 21833 -
obs0.1829 22940 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 0 131 2160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00272083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58022811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5763774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.22531350.21722667X-RAY DIFFRACTION95.11
1.88-1.980.19371150.20232721X-RAY DIFFRACTION95.94
1.98-2.110.23231280.18172686X-RAY DIFFRACTION95.45
2.11-2.270.22211530.17232674X-RAY DIFFRACTION94.59
2.27-2.50.26141420.17372719X-RAY DIFFRACTION95.04
2.5-2.860.22651350.17852724X-RAY DIFFRACTION95.28
2.86-3.60.23651240.17362778X-RAY DIFFRACTION95.73
3.6-49.280.21991670.17562872X-RAY DIFFRACTION94.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.311287970720.122198526283-0.06082248281790.122078900620.02123824668690.22893643935-0.01069929547220.03265429917660.0154105075422-0.03534711309680.002601046793010.0269233997131-0.0203986034618-0.06790644559710.003635752941430.05731084259470.00529060879733-0.00655924270790.1665397187680.006145853609370.0298067402415-4.136357576062.98733448697-12.7526965557
20.109862034789-0.0536105043152-0.01180733608590.203896953770.05648141693080.37398642985-0.00652679466458-0.00718783952278-0.002445405836620.00864657937920.005063931884690.000388859972290.0276702423582-0.0016356493092-0.01024054430650.04630840932850.0150628131292-0.0006080513713970.186389299566-0.002736373517150.029267803885116.8032911183-0.0339526550471-6.59141313366
30.1520938709860.07323167240740.06656265249340.2306251847560.03371613332070.287301576034-0.00879310334448-0.00165064357537-0.0005859332708840.003732908847310.0066338732648-0.00557232690586-0.003904716456830.013598260333-0.01067841374980.05170902096280.0101219108358-0.004823025783950.182762607628-0.005410756599750.02766183737235.46581082385-0.709480991788-17.7553837413
40.4489465965130.0918290250105-0.4124800127070.714595546279-0.07417955427111.91604124718-0.0108098409626-0.0267960110546-0.02440184127370.0326267807389-0.0220461366595-0.002610151342460.1269951534750.02691809429750.03184126832380.05940676621330.005671985388430.009498846848020.1518098914020.008199279017130.0346085355222-5.69281581667-6.39276611306-13.8824808893
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 23 through 81 )23 - 811 - 59
22chain 'A' and (resid 82 through 162 )82 - 16260 - 140
33chain 'A' and (resid 163 through 225 )163 - 225141 - 203
44chain 'A' and (resid 226 through 267 )226 - 267204 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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