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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k2t | ||||||
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タイトル | Mg2+/ATP-bound structure of the full-length WzmWzt O antigen ABC transporter in lipid nanodiscs | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / O antigen transporter / integral membrane protein / lipopolysaccharide LPS biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipopolysaccharide transport / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Caffalette, C.A. / Zimmer, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the full-length WzmWzt ABC transporter required for lipid-linked O antigen transport. 著者: Christopher A Caffalette / Jochen Zimmer / ![]() 要旨: O antigens are important cell surface polysaccharides in gram-negative bacteria where they extend core lipopolysaccharides in the extracellular leaflet of the outer membrane. O antigen structures are ...O antigens are important cell surface polysaccharides in gram-negative bacteria where they extend core lipopolysaccharides in the extracellular leaflet of the outer membrane. O antigen structures are serotype specific and form extended cell surface barriers endowing many pathogens with survival benefits. In the ABC transporter-dependent biosynthesis pathway, O antigens are assembled on the cytosolic side of the inner membrane on a lipid anchor and reoriented to the periplasmic leaflet by the channel-forming WzmWzt ABC transporter for ligation to the core lipopolysaccharides. In many cases, this process depends on the chemical modification of the O antigen's nonreducing terminus, sensed by WzmWzt via a carbohydrate-binding domain (CBD) that extends its nucleotide-binding domain (NBD). Here, we provide the cryo-electron microscopy structure of the full-length WzmWzt transporter from bound to adenosine triphosphate (ATP) and in a lipid environment, revealing a highly asymmetric transporter organization. The CBDs dimerize and associate with only one NBD. Conserved loops at the CBD dimer interface straddle a conserved peripheral NBD helix. The CBD dimer is oriented perpendicularly to the NBDs and its putative ligand-binding sites face the transporter to likely modulate ATPase activity upon O antigen binding. Further, our structure reveals a closed WzmWzt conformation in which an aromatic belt near the periplasmic channel exit seals the transporter in a resting, ATP-bound state. The sealed transmembrane channel is asymmetric, with one open and one closed cytosolic and periplasmic portal. The structure provides important insights into O antigen recruitment to and translocation by WzmWzt and related ABC transporters. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 185.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 22644MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 2.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrograph [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46283.426 Da / 分子数: 2 / 変異: E167Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: VF5 / 遺伝子: abcT4, aq_1094 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 30027.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: VF5 / 遺伝子: abcT3, aq_1095 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Full-length WzmWzt O antigen ABC transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.152385 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 2.5 mM ATP and 2.5 mM MgCl2 |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 2.4767 sec. / 電子線照射量: 45.0252 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5938 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48174 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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