PDB-7k1r: X-ray Structure of an Enterobacter GH43 Beta-Xylosidase: EcXyl43 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k1r

タイトル

X-ray Structure of an Enterobacter GH43 Beta-Xylosidase: EcXyl43 F507A mutant

要素

Beta xylosidase GH43

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolase / GH43 / Beta-xylosidase / Enterobacter

機能・相同性

機能・相同性情報

xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. enrichment culture clone nf1B6 (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Briganti, L. / Capetti, C.C.M. / Polikarpov, I.

資金援助

ブラジル, 3件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2015/13684-0	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	423693/2016-6	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	303988/2016-9	ブラジル

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Structure of an Enterobacter GH43 Beta-Xylosidase: EcXyl43 F507A mutant
著者: Briganti, L. / Capetti, C.C.M. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2020年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k1r.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k1r.ent.gz	721.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7k1r_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k1r_full_validation.pdf.gz	479.8 KB	表示
XML形式データ	7k1r_validation.xml.gz	85.7 KB	表示
CIF形式データ	7k1r_validation.cif.gz	124.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/7k1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/7k1r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2exhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yif-d 2exk-d 2exi-d 1y7b-d 1yi7-d 5zqx-d 2exj-d 2exh-d 3c2u-d 1m6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta xylosidase GH43

B: Beta xylosidase GH43

C: Beta xylosidase GH43

D: Beta xylosidase GH43

ヘテロ分子

244 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta xylosidase GH43

D: Beta xylosidase GH43

ヘテロ分子

B: Beta xylosidase GH43

ヘテロ分子

C: Beta xylosidase GH43

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.123, 153.100, 182.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	Beta xylosidase GH43 分子量: 60924.859 Da / 分子数: 4 / 変異: F507A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. enrichment culture clone nf1B6 (環境試料) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5J3M5, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4M Sodium Formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.45 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→49.15 Å / Num. obs: 95985 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 37.98 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.291 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.4-2.44	11.8	4619	0.39	0.777	98.2
2.4-49.15	10.6	676	0.998	0.025	98.3	0.085	0.089

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER	1.14-3260	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EXH

2exh

解像度: 2.4→22.72 Å / SU ML: 0.3032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4772
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	4608	4.81 %
R_work	0.19	91143	-
obs	0.1918	95751	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→22.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17109	0	16	1395	18520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	17720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5707	24208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	2460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	3151
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.6938	2374

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3341	147	0.3139	2927	X-RAY DIFFRACTION	97.37
2.43-2.46	0.3168	140	0.2871	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.49	0.3173	150	0.2852	3030	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.49-2.52	0.3479	153	0.2842	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.55	0.3069	164	0.2882	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.59	0.2739	156	0.2824	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.62	0.3199	119	0.274	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.66	0.303	130	0.2552	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.7	0.3052	170	0.2614	3002	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.7-2.75	0.3076	169	0.2554	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.79	0.2739	171	0.2517	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.84	0.2884	155	0.2525	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.2962	162	0.2447	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.96	0.2839	150	0.2419	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.02	0.2465	139	0.2346	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.09	0.3016	157	0.2292	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.17	0.2696	157	0.2219	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.26	0.2442	157	0.2097	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.35	0.221	149	0.1948	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.46	0.2101	158	0.1827	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.58	0.2031	155	0.1664	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.72	0.193	156	0.1532	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.72-3.89	0.2055	165	0.1551	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.1	0.1928	153	0.1432	3056	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.1-4.35	0.1612	153	0.1352	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.69	0.1779	145	0.13	3077	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.69-5.15	0.142	148	0.1255	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.15-5.89	0.2016	146	0.1559	3114	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.89-7.37	0.1892	147	0.1667	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
7.38-22.72	0.2116	187	0.1802	3229	X-RAY DIFFRACTION	99.56

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.24349377928	0.300838997949	-0.124912732179	1.56659199028	-0.317519650443	0.665873080657	-0.0970967435993	0.152844124188	0.091740286158	-0.152950501221	0.0442899428911	-0.0183827197237	0.101066589955	-0.131053561923	0.0614285960243	0.269327614743	0.00186377873362	-0.00361660797351	0.332227863464	-0.00404354233326	0.274620216559	16.0433243403	63.4417484253	71.4480448016
2	0.526601472899	0.595818315428	-0.0577046686708	1.9024725104	0.294345478612	3.48772791779	-0.111330163314	-0.131342908909	0.165380515747	-0.000866870250166	0.0734994037145	0.252412530495	-0.1251822909	-0.594302631714	0.061764753314	0.283596458736	0.0675080797452	-0.0149796517688	0.397684406792	0.031854981161	0.400785651284	6.6134296413	76.6924406153	79.7550669693
3	1.90734253122	-0.14731809899	0.532062359144	1.68142342774	-0.167800109854	1.99722245997	-0.0684170991801	-0.220942522222	0.0166215960602	0.140693636365	0.0342086351715	0.203251217553	0.0122602616707	-0.333337301182	0.012849284217	0.235889731548	0.0047996900332	0.0371265565081	0.348508596667	-0.00284734762102	0.258057299165	9.25737984382	59.9958037676	89.3823049229
4	2.33841191403	0.629328656918	-0.720857881321	0.865606331577	-0.441791950917	1.24916894534	-0.136050597689	0.369690645734	-0.24374388759	-0.173640988006	0.0690190750574	-0.131709062897	0.259287329865	-0.0554626407991	0.0710203860505	0.289031377463	0.00277206517465	0.000757816090434	0.293045879748	-0.0485531431609	0.241977228741	30.1698822795	53.0168554786	70.0151375437
5	0.113529893108	0.352526291577	0.220629080806	2.27883515244	-0.385203157272	2.84725659181	-0.207962705965	-0.0123302219942	-0.0243337023703	0.0939377310048	-0.0855915557087	-0.333836586071	0.145468681842	0.498624495051	0.279074637552	0.235076405694	0.0558340403708	0.0047307827172	0.346510743675	0.0159106469016	0.353775612814	48.9256315884	59.6119744284	73.9346258567
6	1.87077875059	-0.21232966398	-0.246869167754	1.31956264989	-0.208011356173	1.80980760067	-0.0475610120566	0.113194850469	-0.282499325444	-0.0454480704656	-0.095303363114	-0.214827537461	0.261903554976	0.169962050315	0.124496903665	0.24025486042	0.0349049956501	-0.0111492625401	0.308835711063	0.0112211893863	0.333770097302	43.5070708864	53.5676008953	77.0224052516
7	1.28620898048	0.32106307929	-0.715282721946	1.02592741478	-0.164171651092	0.856518002375	-0.0074153526689	-0.199041557607	-0.15783315241	0.156868676991	-0.106324550136	-0.133697361688	0.215140744266	0.412976911508	0.0994775284869	0.380893995519	0.0678946193389	0.00947523856699	0.452812090071	0.0729262435015	0.287782359324	20.6610679476	83.8404208457	41.1551649299
8	2.70715202642	0.0295009013336	0.7729993775	1.26517858642	-0.198942008602	3.32424837906	-0.109694185432	-0.191308533556	-0.0162216444948	0.256379159911	0.0778386264033	-0.0260932927537	-0.120182007923	0.245879455781	0.0381364783992	0.329691559542	0.0594490614034	0.006744028698	0.287126527584	-0.00808982526428	0.26391986413	9.48895973378	94.5433628941	37.7722538576
9	1.04220135822	-0.129797723101	0.133676200363	0.791895718634	-0.166300017259	0.995686585373	-0.0329038195654	-0.0736462529255	0.129876087932	0.118986781897	-0.0399870794639	-0.0729396818801	-0.158281386414	0.194336555141	0.0562805915985	0.326500961867	-0.00108623562289	-0.0205747135816	0.364199296978	0.0343274367517	0.283146371063	21.8924674925	96.5275050222	28.17838377
10	1.89482702269	0.163429026857	0.0640004007551	3.45256191268	1.77328576745	1.36867221275	-0.0283836006916	-0.195413098585	-0.101349742581	-0.18913670449	0.0832018718976	-0.359990181091	0.0764400704704	0.749293924683	0.0196762419774	0.290086899229	-0.000390515208219	0.0151077797874	0.722320112549	0.0535439073333	0.328825979214	35.4144819632	93.3564458883	33.1564364786
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23	1.01244038283	0.745232510002	-0.252686129912	0.926951823065	0.204971986165	1.08315757259	-0.0570157395086	0.0595520477899	0.327610471137	0.0728556204766	-0.0252719152717	0.231760438417	-0.257088785479	-0.0997327777883	0.0891393189841	0.407036747911	0.0597983038375	-0.0870853595807	0.288306549569	0.0535015674522	0.534069452013	27.4118331536	96.7062635286	75.8872113875
24	1.69350921205	-0.622740127124	0.262017505502	2.35172092579	-0.158447921079	2.50929862406	-0.0633794814531	-0.265319842145	0.429276482426	0.198548203426	0.0223835994305	0.610812487241	-0.258860035951	-0.340672208341	0.145300037438	0.365331148921	0.0528591565337	-0.0139357417417	0.261019876745	-0.0408278460864	0.54461976859	21.2344308823	95.2969266654	84.3424530114
25	0.664230408314	0.194033633876	0.518064535954	1.64305929035	0.317188764866	1.7091714937	-0.202437585145	-0.0599511342369	0.620575828041	0.0914020967974	-0.0248292619257	0.173207705423	-0.488084405514	-0.130332219176	0.154083127887	0.478123247596	0.0272402045125	-0.0628331654903	0.292069818589	0.0177942767814	0.536475118628	29.9993523232	100.171963271	81.5027612171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 128 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 129 through 188 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 189 through 305 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 306 through 399 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 400 through 440 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 441 through 536 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 67 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 68 through 156 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 157 through 289 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 290 through 330 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 331 through 440 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 441 through 536 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 128 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 129 through 258 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 259 through 536 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 28 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 29 through 67 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 68 through 128 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 129 through 188 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 189 through 289 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 290 through 330 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 331 through 368 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 369 through 405 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 406 through 461 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 462 through 536 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)