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Yorodumi- PDB-7k1r: X-ray Structure of an Enterobacter GH43 Beta-Xylosidase: EcXyl43 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k1r | ||||||||||||
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Title | X-ray Structure of an Enterobacter GH43 Beta-Xylosidase: EcXyl43 F507A mutant | ||||||||||||
Components | Beta xylosidase GH43 | ||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycoside Hydrolase / GH43 / Beta-xylosidase / Enterobacter | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Enterobacter sp. enrichment culture clone nf1B6 (environmental samples) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||||||||
Authors | Briganti, L. / Capetti, C.C.M. / Polikarpov, I. | ||||||||||||
Funding support | Brazil, 3items
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Citation | Journal: To Be Published Title: X-ray Structure of an Enterobacter GH43 Beta-Xylosidase: EcXyl43 F507A mutant Authors: Briganti, L. / Capetti, C.C.M. / Polikarpov, I. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7k1r.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7k1r.ent.gz | 721.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7k1r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7k1r_validation.pdf.gz | 466.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7k1r_full_validation.pdf.gz | 479.8 KB | Display | |
Data in XML | 7k1r_validation.xml.gz | 85.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7k1r_validation.cif.gz | 124.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/7k1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/7k1r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2exhS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 60924.859 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: F507A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacter sp. enrichment culture clone nf1B6 (environmental samples) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: V5J3M5, xylan 1,4-beta-xylosidase #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 4M Sodium Formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 27, 2019 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.45 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→49.15 Å / Num. obs: 95985 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 37.98 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.291 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2EXH Resolution: 2.4→22.72 Å / SU ML: 0.3032 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.4772 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→22.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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