PDB-7k0z: Marsupial T cell receptor Spl_157

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k0z

タイトル

Marsupial T cell receptor Spl_157

要素

T cell receptor gamma chain
T cell receptor mu chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / antigen recognition / IgV domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Wegrecki, M. / Kannan Sivaraman, K. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: The molecular assembly of the marsupial gamma mu T cell receptor defines a third T cell lineage.
著者: Morrissey, K.A. / Wegrecki, M. / Praveena, T. / Hansen, V.L. / Bu, L. / Sivaraman, K.K. / Darko, S. / Douek, D.C. / Rossjohn, J. / Miller, R.D. / Le Nours, J.

履歴

登録	2020年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb7k0z.ent.gz	348.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	7k0z_full_validation.pdf.gz	497 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k0z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7k0xC 7l15C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ize-d 6phb-1 3enh-2 6jbt-d 4d3c-d 3fhl-1 6y2x-d 6k7o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: T cell receptor mu chain

D: T cell receptor gamma chain

A: T cell receptor mu chain

B: T cell receptor gamma chain

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
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1

C: T cell receptor mu chain

D: T cell receptor gamma chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.4 kDa, 2 ポリマー
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2

A: T cell receptor mu chain

B: T cell receptor gamma chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.328, 110.722, 207.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	THR	THR	(chain 'D' and (resid 6 through 11 or (resid 12...	D	B	6 - 25	6 - 25
1	2	1	VAL	VAL	SER	SER	(chain 'D' and (resid 6 through 11 or (resid 12...	D	B	28 - 33	28 - 33
1	3	1	ILE	ILE	LYS	LYS	(chain 'D' and (resid 6 through 11 or (resid 12...	D	B	36 - 75	36 - 75
1	4	1	PHE	PHE	ASN	ASN	(chain 'D' and (resid 6 through 11 or (resid 12...	D	B	78 - 79	78 - 79
1	5	1	LYS	LYS	TRP	TRP	(chain 'D' and (resid 6 through 11 or (resid 12...	D	B	82 - 103	82 - 103
1	6	1	ASP	ASP	LYS	LYS	(chain 'D' and (resid 6 through 11 or (resid 12...	D	B	106 - 167	106 - 167
1	7	1	ASN	ASN	VAL	VAL	(chain 'D' and (resid 6 through 11 or (resid 12...	D	B	171 - 197	171 - 197
1	8	1	ASN	ASN	PHE	PHE	(chain 'D' and (resid 6 through 11 or (resid 12...	D	B	205 - 222	205 - 222
2	1	1	ALA	ALA	THR	THR	(chain 'B' and (resid 6 through 26 or resid 28...	B	D	6 - 25	6 - 25
2	2	1	VAL	VAL	SER	SER	(chain 'B' and (resid 6 through 26 or resid 28...	B	D	28 - 33	28 - 33
2	3	1	ILE	ILE	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 6 through 26 or resid 28...	B	D	36 - 75	36 - 75
2	4	1	PHE	PHE	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 6 through 26 or resid 28...	B	D	78 - 79	78 - 79
2	5	1	LYS	LYS	TRP	TRP	(chain 'B' and (resid 6 through 26 or resid 28...	B	D	82 - 103	82 - 103
2	6	1	ASP	ASP	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 6 through 26 or resid 28...	B	D	106 - 167	106 - 167
2	7	1	ASN	ASN	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 6 through 26 or resid 28...	B	D	171 - 197	171 - 197
2	8	1	ASN	ASN	PHE	PHE	(chain 'B' and (resid 6 through 26 or resid 28...	B	D	205 - 222	205 - 222
1	1	2	LEU	LEU	CYS	CYS	(chain 'A' and ((resid 11 and (name N or name...	A	C	11 - 104	11 - 104
1	2	2	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'A' and ((resid 11 and (name N or name...	A	C	120 - 137	120 - 137
2	1	2	LEU	LEU	CYS	CYS	(chain 'C' and (resid 11 through 135 or (resid 136...	C	A	11 - 104	11 - 104
2	2	2	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 11 through 135 or (resid 136...	C	A	120 - 137	120 - 137

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

T cell receptor mu chain

分子量: 38203.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)
細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: タンパク質

T cell receptor gamma chain

分子量: 27004.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)
細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M CBTP pH 8.8, 15-20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→47.03 Å / Num. obs: 28367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 87.45 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 3.2→3.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4496 / R_pim(I) all: 0.545

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unpublished

解像度: 3.2→47.03 Å / SU ML: 0.5363 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.866
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2855	1121	3.96 %
R_work	0.2573	27167	-
obs	0.2585	28288	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 107.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7922	0	14	0	7936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	8126
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	11090
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	1438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.2171	1147

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.35	0.4188	140	0.3778	3316	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.35-3.52	0.3897	130	0.3175	3353	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.52-3.74	0.3447	140	0.2996	3346	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.74-4.03	0.3029	130	0.2609	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.44	0.2867	140	0.2357	3372	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.44-5.08	0.2291	149	0.216	3391	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.08-6.39	0.2766	131	0.253	3425	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.4-47.03	0.2559	161	0.2432	3589	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.58149755957	0.805152758015	-1.74538499447	4.65805186093	-2.31632612011	4.63911984873	-0.701008415361	-0.919918317118	0.125189457497	-0.79847100312	-0.360234323171	-1.56771963032	0.11394725319	0.312707535104	0.717573786827	0.688248217925	0.0396124162626	0.109923647908	1.1246828598	-0.118993193295	1.61816273188	10.7064571135	0.424217141004	-87.3593226977
2	5.46582620277	-0.481215824337	-0.0997104718124	2.94478645877	-0.958231712194	6.60611029653	-0.593233583245	-0.703350026389	0.00974069383084	0.506276760965	0.73768901477	-0.0443479791154	0.776396435629	1.11592759617	0.00490892674597	0.832225089991	0.276495139445	0.00379712936847	0.778462026757	0.0598110250713	0.670781131306	-8.32314617918	-7.33380225207	-50.7078146768
3	2.68664582949	0.509541060134	-1.22970389669	1.90452918734	-1.01186853025	1.60414789939	-0.852509755696	-1.6616542829	-0.135646569695	0.930368876923	0.878307257779	0.890279243662	0.773633486245	0.107185525717	-0.10355841013	1.04684386082	0.316633252954	0.415583060447	1.47078906836	0.379951601947	0.962625290896	-39.3749869304	4.2075377442	-32.1633775939
4	4.79182255498	-1.47125609677	-1.83968605648	5.91598712782	-0.961482394468	1.1444129913	0.600030875817	-1.07420838548	0.498688281354	1.41666305643	0.481961964343	-0.0807322712147	-1.73729312261	-0.289391802513	-0.297906592421	0.742287066068	0.435256183245	0.222709303702	1.87924656232	0.0758988089138	0.530205341211	-17.8420757939	16.2227325488	-52.5964687577
5	7.24440228175	-1.91436770254	-2.14146159606	4.04302344805	0.205886955	4.17865020579	0.245871042858	-1.08410420915	0.76992647489	0.56106891968	0.534719018234	0.327599534385	-0.731920350408	0.342764369621	-0.560712520821	0.575065712358	-0.0782709738324	0.138956533469	0.892232956762	0.0886968354134	0.436401394809	-12.8141500098	14.4682099087	-58.9214114569
6	6.40639048272	1.72573724116	-0.773101780452	5.70882321029	-1.48834182504	5.37517188903	0.333943238639	-1.30667462592	-0.564927164681	0.0452857692309	-0.205178943126	0.658497572207	-0.628652681363	-0.475349409042	-0.236129829388	0.59219650173	0.0151391368565	0.0118907502615	0.48308885585	0.144711520022	0.527814466773	-15.2147717841	4.7551880507	-62.0191773973
7	8.24695240739	1.16076507347	-0.682806159748	4.56885556268	-0.268340452887	5.87069603276	-0.381258760957	0.235091973587	0.752747933547	0.771266366882	0.0412036673653	0.237048101601	-0.837189020344	0.163451600537	-0.269796589042	0.803340634033	-0.000846156281927	0.0440113479778	0.637812248958	0.107053866354	0.531716828293	-8.8497643396	11.3358824183	-68.4849096295
8	3.37525461634	-1.90158953881	-1.8195051203	2.69867426383	-1.6432998803	6.13647897388	0.357199535866	0.410145795669	0.690256165792	0.0941823624545	0.0443559077155	0.238878555605	-1.06973132038	-0.941182873358	-0.39160662855	0.77351119096	0.327321029311	0.157185052263	0.627459158472	0.101184110879	0.513434912015	-16.6255681237	17.7529654492	-63.7063196325
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21	4.4598282189	1.76865969941	-3.67261675023	1.89847805445	-2.45908763539	7.05006778948	0.717492532603	0.0542692329546	1.84003465228	-0.0770637372756	-0.199291359129	0.597753484642	-0.914216109995	-0.121284966482	-0.673336935828	0.894757527918	-0.0145819309624	0.399083236462	1.01695398665	-0.141058496196	1.04934418448	0.829943104821	6.76871496955	-0.584272858037
22	1.99157673553	0.0307859746236	-0.615056012857	3.83871214246	-1.15821979753	2.43190702585	0.617120124114	-0.678703674469	0.607555215615	-0.278861173947	-0.19411930493	0.289119754724	-0.570077080854	-0.0348767097553	-0.691635647408	0.816478228983	-0.215305300696	0.0589915841218	0.98797570442	0.0135563618941	0.978178106829	-0.995383168759	3.31736812456	-9.86128017786
23	3.39477951615	0.701964608547	1.04515883612	6.06884125266	-2.22720271375	1.39858935945	0.622474330947	-1.00645433323	1.53546475228	-1.62166041178	0.0355941604683	-0.466972098827	-2.29318603101	-1.52322661199	-1.03196511837	1.51348844071	0.123292999189	0.221999269755	1.19576237786	0.122313922064	1.40506056836	-8.49537027509	8.90015663869	-4.22502438572

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 11 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 131 through 241 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 242 through 343 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 4 through 17 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 18 through 41 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 42 through 54 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 55 through 70 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 71 through 95 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 96 through 107 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 108 through 146 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 147 through 224 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 8 through 130 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 131 through 172 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 173 through 286 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 287 through 343 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 5 through 34 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 35 through 46 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 47 through 62 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 63 through 82 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 83 through 115 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 116 through 141 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 142 through 205 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 206 through 225 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)