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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jzp | |||||||||||||||
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タイトル | CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptidomimetic LyCALBF | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ domain / inhibitor / complex / peptidomimetic | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / dendrite / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gill, N.P. / Madden, D.R. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptidomimetic LyCALBF 著者: Gill, N.P. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jzp.cif.gz | 55.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jzp.ent.gz | 37.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jzp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jzp_validation.pdf.gz | 838.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jzp_full_validation.pdf.gz | 839.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jzp_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jzp_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jzp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4nmoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9HD26 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1088.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 5.36 mg/mL CAL PDZ, 1 mM LyCALBF, 31% (w/v) PEG 8000, 200 mM NaCl, 100 mM Tris pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792909 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792909 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→43.09 Å / Num. obs: 12733 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 8.99 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 16.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4NMO 解像度: 1.95→43.09 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.65 Å2 / Biso mean: 12.6926 Å2 / Biso min: 0.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→43.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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