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万見
- PDB-7jxy: Structure of TTBK1 kinase domain in complex with Compound 18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jxy
タイトルStructure of TTBK1 kinase domain in complex with Compound 18
要素Tau-tubulin kinase 1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / tau tubulin binding kinase / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of astrocyte activation / positive regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / microtubule associated complex / positive regulation of protein polymerization / tau-protein kinase activity / substantia nigra development / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation ...positive regulation of astrocyte activation / positive regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / microtubule associated complex / positive regulation of protein polymerization / tau-protein kinase activity / substantia nigra development / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / tau protein binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / learning or memory / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tau-tubulin kinase 1, catalytic domain / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VSY / Tau-tubulin kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Chodaprambil, J.V.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Potent and Brain-Penetrant Tau Tubulin Kinase 1 (TTBK1) Inhibitors that Lower Tau Phosphorylation In Vivo.
著者: Halkina, T. / Henderson, J.L. / Lin, E.Y. / Himmelbauer, M.K. / Jones, J.H. / Nevalainen, M. / Feng, J. / King, K. / Rooney, M. / Johnson, J.L. / Marcotte, D.J. / Chodaparambil, J.V. / Kumar, ...著者: Halkina, T. / Henderson, J.L. / Lin, E.Y. / Himmelbauer, M.K. / Jones, J.H. / Nevalainen, M. / Feng, J. / King, K. / Rooney, M. / Johnson, J.L. / Marcotte, D.J. / Chodaparambil, J.V. / Kumar, P.R. / Patterson, T.A. / Murugan, P. / Schuman, E. / Wong, L. / Hesson, T. / Lamore, S. / Bao, C. / Calhoun, M. / Certo, H. / Amaral, B. / Dillon, G.M. / Gilfillan, R. / de Turiso, F.G.
履歴
登録2020年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tau-tubulin kinase 1
B: Tau-tubulin kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3844
ポリマ－75,7672
非ポリマー6172
水63135
1
A: Tau-tubulin kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1922
ポリマ－37,8841
非ポリマー3081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tau-tubulin kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1922
ポリマ－37,8841
非ポリマー3081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.280, 87.280, 151.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tau-tubulin kinase 1 / Brain-derived tau kinase


分子量: 37883.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTBK1, BDTK, KIAA1855
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5TCY1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-VSY / (3S)-1-[1-(2-aminopyrimidin-4-yl)-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-6-yl]-3-methylpent-1-yn-3-ol


分子量: 308.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M BisTRIS pH 6.0 and 35% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36437 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 54.48 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Num. unique obs: 5120 / CC1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nfm

4nfm


解像度: 2.15→47.84 Å / SU ML: 0.2288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.9573
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 1634 5.01 %
Rwork0.2004 31000 -
obs0.2024 32634 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4564 0 46 35 4645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00484715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99086365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0519679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.34281749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.210.24931310.20152484X-RAY DIFFRACTION98.16
2.21-2.280.21181340.19222539X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.360.24311340.2012537X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.460.21251340.20622550X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.570.26561360.22262576X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.710.26611330.23232527X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.880.28031350.23882561X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.10.27741350.23362580X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.410.28631350.22812585X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.90.24061380.20222608X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.920.21681400.17542652X-RAY DIFFRACTION100
4.92-47.840.22331490.18562801X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12425032988-1.177697430941.717693224422.005888065181.165276570485.124183205450.2811285865850.241980854463-0.0961968667329-0.04865851546260.165262977283-0.4824475258040.167601543860.533445840758-0.3503265482730.472165849535-0.00824956245869-0.008035044742170.512668435618-0.1673679820260.58889258447-16.7815498655-33.72932468149.54005026281
23.62480942672-0.4045682900751.367976434092.959474896450.7840659149373.061953743830.08661359882320.1466161670780.195658297926-0.102108127481-0.1466618530490.106552845742-0.274122256962-0.05834082856710.06155500733060.3746140549730.02197738305550.0367206922260.364175496248-0.04440550392740.315450537333-15.6334740879-16.292395983123.7447018626
32.710943157750.6515403796511.862392705991.982281003840.5289922176412.5706539974-0.1651420786710.142853841472-0.141000624143-0.274340447416-0.01615817238520.322650715419-0.192563330753-0.2048534421940.1590556016560.471461866523-0.0354031271774-0.03788126688470.6229529493140.01636064207810.550637043806-28.1613024679-37.529611092539.1343593742
43.34047209634-0.1244348729761.552158211152.40669425937-0.1490620864444.434044478710.150135864444-0.370742562148-0.592350599177-0.00364080417798-0.01695745080070.07802793033141.0918244129-0.785577563833-0.1750101160280.574253383942-0.013131357431-0.08093927699520.5395731927360.1212892410180.775962687167-16.8741153675-52.230744803354.8045195997
53.650443159110.713889468921.79812393432.34571661474-0.0878258300573.72007824054-0.07586841393760.1658878840090.06066960968010.0441899931499-0.02194142137240.253865341669-0.332565956853-0.1412584109080.07458664666890.388017337008-0.05743363276-0.0533962188840.4703994136940.02491370628220.440056873673-15.8294640598-35.987845980553.293231178
62.86549845506-0.1116773679520.7494319202152.69072293535-0.04121740706264.01022380570.00541652773084-0.582225024498-0.05495637879680.747993793767-0.1859902844690.0744440180403-0.0963356928243-0.1462213209810.1234543508690.623321576802-0.084384144849-0.04499167720010.5812306877290.07720857154660.464955490909-14.9058188752-36.36397362368.1336003743
71.71081309918-0.2503278644880.6267194302191.949024900810.6354843480711.376405167270.2436611288190.423137680641-0.241235966607-0.349845375633-0.121886680037-0.335335965190.1091120700480.599412874219-0.1438108098780.6371094145340.0464744550422-0.1200466033120.694851092858-0.01484141536810.579599405108-1.53485762661-44.972340828956.433324671
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 23 through 92 )AA23 - 921 - 70
22chain 'A' and (resid 93 through 312 )AA93 - 31271 - 290
33chain 'B' and (resid 20 through 108 )BC20 - 1081 - 89
44chain 'B' and (resid 109 through 127 )BC109 - 12790 - 108
55chain 'B' and (resid 128 through 204 )BC128 - 204109 - 180
66chain 'B' and (resid 205 through 285 )BC205 - 285181 - 261
77chain 'B' and (resid 286 through 312 )BC286 - 312262 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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