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- PDB-7jxu: Structure of monobody 32 human MLKL pseudokinase domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jxu
タイトルStructure of monobody 32 human MLKL pseudokinase domain complex
要素
  • Mixed lineage kinase domain-like protein
  • Monobody 32
キーワードTRANSFERASE / pseudokinase / monobody / complex / necroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Meng, Y. / Garnish, S.E. / Koide, A. / Koide, S. / Czabotar, P.E. / Murphy, J.M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1172929 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1124735 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Conformational interconversion of MLKL and disengagement from RIPK3 precede cell death by necroptosis.
著者: Garnish, S.E. / Meng, Y. / Koide, A. / Sandow, J.J. / Denbaum, E. / Jacobsen, A.V. / Yeung, W. / Samson, A.L. / Horne, C.R. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Smith, P.P.C. / Webb, A.I. / ...著者: Garnish, S.E. / Meng, Y. / Koide, A. / Sandow, J.J. / Denbaum, E. / Jacobsen, A.V. / Yeung, W. / Samson, A.L. / Horne, C.R. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Smith, P.P.C. / Webb, A.I. / Petrie, E.J. / Hildebrand, J.M. / Kannan, N. / Czabotar, P.E. / Koide, S. / Murphy, J.M.
履歴
登録2020年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
B: Mixed lineage kinase domain-like protein
D: Monobody 32
C: Monobody 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5048
ポリマ－87,2564
非ポリマー2484
水1,47782
1
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
C: Monobody 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7524
ポリマ－43,6282
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
2
B: Mixed lineage kinase domain-like protein
D: Monobody 32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7524
ポリマ－43,6282
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.619, 94.619, 115.197
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 32736.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL / プラスミド: pFastBac Htb / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB16
#2: 抗体 Monobody 32


分子量: 10891.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pPROEX / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.958467 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.45024 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris chloride, pH 6.5, 20 % w/v PEG monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→49.2 Å / Num. obs: 37642 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 266899 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.44-2.546.71.4572780641340.5970.6041.578197.6
8.8-49.270.03657928320.9920.0150.03934.499.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M67, 5N7E

4m67

5n7e


解像度: 2.44→42.31 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 1992 5.3 %
Rwork0.2018 35568 -
obs0.2039 37560 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.57 Å2 / Biso mean: 63.388 Å2 / Biso min: 30.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→42.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5966 0 16 82 6064
Biso mean--61.64 54.05 -
残基数----748
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.44-2.50.34031360.31082400253695
2.5-2.570.33751420.280825772719100
2.57-2.650.31351390.268125232662100
2.65-2.730.28321450.273925282673100
2.73-2.830.31171400.262425412681100
2.83-2.940.27951440.271725572701100
2.94-3.080.36761430.26225332676100
3.08-3.240.30031410.250225322673100
3.24-3.440.28031420.222425642706100
3.44-3.710.26491440.223725492693100
3.71-4.080.21941440.182325432687100
4.08-4.670.21741380.158725632701100
4.67-5.880.18811470.170825732720100
5.88-42.310.17211470.152425852732100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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