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Yorodumi- PDB-7jxs: Crystal Structure Human Immunodeficiency Virus-1 Matrix protein M... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jxs | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure Human Immunodeficiency Virus-1 Matrix protein Mutant Q63R Crystal Form 2 | ||||||||||||
Components | Matrix protein | ||||||||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / HIV-1 / gag | ||||||||||||
Function / homology | viral process / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / structural molecule activity / ACETATE ION / Gag protein Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.35 Å | ||||||||||||
Authors | Green, T.J. / Eastep, G.N. / Ghanam, R.H. / Saad, J.S. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Structural characterization of HIV-1 matrix mutants implicated in envelope incorporation. Authors: Eastep, G.N. / Ghanam, R.H. / Green, T.J. / Saad, J.S. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jxs.cif.gz | 278.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jxs.ent.gz | 225.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jxs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jxs_validation.pdf.gz | 902.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7jxs_full_validation.pdf.gz | 909.6 KB | Display | |
Data in XML | 7jxs_validation.xml.gz | 25 KB | Display | |
Data in CIF | 7jxs_validation.cif.gz | 34.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/7jxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/7jxs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7jxrC 1hiwS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 15592.562 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: Q63R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: gag / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): codon-plus RIL-competent cells / References: UniProt: Q6E183 |
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-Non-polymers , 5 types, 81 molecules
#2: Chemical | ChemComp-12P / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Chemical | ChemComp-P6G / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 4 Details: 40 % PEG 400, 0.1 M NaAcetate (pH 4.0), 0.05 M Li2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→45.36 Å / Num. obs: 32585 / % possible obs: 94.51 % / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 25.95 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.434 Å / Rmerge(I) obs: 0.431 / Num. unique obs: 3286 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.277 / Rrim(I) all: 0.515 / % possible all: 95.36 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1HIW Resolution: 2.35→45.36 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 136.24 Å2 / Biso mean: 65.7491 Å2 / Biso min: 33.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→45.36 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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