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- PDB-7jxs: Crystal Structure Human Immunodeficiency Virus-1 Matrix protein M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jxs
タイトルCrystal Structure Human Immunodeficiency Virus-1 Matrix protein Mutant Q63R Crystal Form 2
要素Matrix protein基質タンパク質
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / HIV-1 / gag
機能・相同性viral process / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / structural molecule activity / 酢酸塩 / Gag protein
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Green, T.J. / Eastep, G.N. / Ghanam, R.H. / Saad, J.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)9R01AI150901 米国
Other government1S10RR026478 米国
Other governmentP30 CA013148 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of HIV-1 matrix mutants implicated in envelope incorporation.
著者: Eastep, G.N. / Ghanam, R.H. / Green, T.J. / Saad, J.S.
履歴
登録2020年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein
B: Matrix protein
C: Matrix protein
D: Matrix protein
E: Matrix protein
F: Matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,50020
ポリマ－93,5556
非ポリマー1,94514
水1,20767
1
A: Matrix protein
C: Matrix protein
E: Matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,86410
ポリマ－46,7783
非ポリマー1,0867
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Matrix protein
D: Matrix protein
F: Matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,63610
ポリマ－46,7783
非ポリマー8597
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.548, 90.724, 73.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 7 through 109)
21(chain B and resid 7 through 109)
31(chain C and resid 7 through 109)
41chain D
51(chain E and resid 7 through 109)
61(chain F and resid 7 through 109)
12chain H
22chain I
32chain J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 7 through 109)A7 - 109
211(chain B and resid 7 through 109)B7 - 109
311(chain C and resid 7 through 109)C7 - 109
411chain DD7 - 109
511(chain E and resid 7 through 109)E7 - 109
611(chain F and resid 7 through 109)F7 - 109
112chain HH1
212chain II1
312chain JJ1

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Matrix protein / 基質タンパク質


分子量: 15592.562 Da / 分子数: 6 / 変異: Q63R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): codon-plus RIL-competent cells / 参照: UniProt: Q6E183

-
非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 40 % PEG 400, 0.1 M NaAcetate (pH 4.0), 0.05 M Li2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→45.36 Å / Num. obs: 32585 / % possible obs: 94.51 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 25.95
反射 シェル解像度: 2.35→2.434 Å / Rmerge(I) obs: 0.431 / Num. unique obs: 3286 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.277 / Rrim(I) all: 0.515 / % possible all: 95.36

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HIW

1hiw


解像度: 2.35→45.36 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 2000 6.14 %
Rwork0.216 30585 -
obs0.2184 32585 94.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.24 Å2 / Biso mean: 65.7491 Å2 / Biso min: 33.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→45.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5111 0 108 67 5286
Biso mean--64.19 61.45 -
残基数----632
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3164X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
12B3164X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
13C3164X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
14D3164X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
15E3164X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
16F3164X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
21A0X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
22B0X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
23C0X-RAY DIFFRACTION16.468TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.410.29261370.24212086222390
2.41-2.470.27531480.23382271241998
2.47-2.540.27011470.2212251239897
2.54-2.630.27291420.2232178232095
2.63-2.720.26691510.22122297244899
2.72-2.830.28821480.22662269241799
2.83-2.960.29581460.23192243238998
2.96-3.110.28831490.2372279242898
3.11-3.310.28371490.23062272242198
3.31-3.560.23921440.22492203234795
3.56-3.920.25671340.2092048218288
3.92-4.490.23651300.20161987211785
4.49-5.650.28461270.21131948207584
5.65-45.360.20431480.20332253240195
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1222-1.6561-1.10045.11.5561.58750.1589-0.43830.4044-0.32040.1715-0.6749-0.48041.09160.00580.5132-0.05490.05620.5093-0.04760.783537.0388-5.544513.3613
25.81212.92853.38622.5778-0.24954.365-0.0028-1.35631.99930.37480.20060.4529-0.6849-1.1432-0.03130.47550.10960.00260.4850.03620.568522.3219-2.749414.9484
38.7649-9.16162.05639.58741.83831.9344-1.4957-1.25162.00710.90070.6834-0.1107-1.2874-0.924-0.87680.3383-0.0880.0730.62090.28950.557319.5972-10.756819.9965
43.38533.2367-0.01195.80411.52063.54480.1271-0.1595-0.8873-0.14850.0351-0.07190.7515-0.47940.00090.62440.00950.07320.46160.05880.73120.1164-17.167610.695
55.40980.2118-1.34664.65624.10083.93290.2530.5486-0.2575-1.2035-0.109-0.1010.48290.263-00.4420.00040.04690.23670.0240.459226.7321-11.6510.461
62.07480.07996.48841.3840.73084.37510.44481.4684-0.74130.4243-0.629-0.3597-0.28920.71.29380.55610.24150.04640.4242-0.01280.847738.6041-15.790214.3363
71.0867-0.8420.09461.85420.7211.61690.03250.8587-0.7339-0.12410.1272-1.67521.33860.16990.32880.70290.01980.01210.5461-0.04670.738632.7977-21.59768.0218
82.27053.43950.29955.4066-0.28024.3896-0.33720.9012-0.3667-0.99810.35550.26350.3692-0.5564-0.01190.6761-0.0238-0.01480.3686-0.02480.413818.23148.4621-4.0049
92.7889-1.9061.15750.82350.83553.0969-0.2326-0.9577-0.19020.46840.1095-0.14520.2721-0.2441-0.03220.4552-0.00170.0360.3736-0.0490.468616.15348.723211.9246
102.0665-0.2091-0.83411.7227-1.15192.9046-0.2988-0.79971.45050.02030.30520.1525-1.0366-0.29150.0060.5528-0.0272-0.01190.4468-0.13640.670722.679219.939212.3318
112.18352.51680.41223.06491.48787.54240.40440.1852-0.0892-0.40320.036-0.61160.42280.95970.210.4182-0.0325-0.04340.2234-0.01310.475322.036414.39825.7981
122.0746-3.55020.70733.26830.46861.27440.17582.20690.4536-1.29710.14190.4623-0.5397-0.8142-0.1520.7742-0.01030.02870.5897-0.01630.783817.272118.6644-5.5892
130.0361-0.8489-0.00064.40950.09690.0282-0.12590.39530.8136-1.2650.4352-0.5615-0.7905-0.04210.02050.8322-0.1420.08730.81510.02630.94924.233925.77710.5319
141.4344-0.00950.3851.04591.12021.39630.0041.6321-0.2086-0.81-0.31610.6556-0.0233-0.1647-0.020.8917-0.162-0.26590.83180.1270.7737-1.7014-4.5123-16.8155
154.36170.19512.9163.49990.72911.6637-0.3418-0.530.59030.1950.0825-0.01560.01540.0410.01660.5923-0.11530.01190.4610.03680.49529.5139-4.4775-4.9861
163.92740.1484-2.77292.0994-1.22922.2727-0.7903-0.7963-1.6923-0.2228-0.0519-0.60160.45811.0476-0.20670.6074-0.09190.00420.49750.10880.50065.6096-16.0373-1.221
175.701-1.05221.60081.9533-3.32686.5691-0.13230.7448-0.4097-0.23010.04610.94060.8633-1.57090.01910.8153-0.2962-0.02440.61140.00150.65070.8794-11.9141-10.3866
180.0911-0.92520.65772.1899-0.9822-0.18630.31431.0197-0.9498-0.721-0.03230.07940.30530.5260.00560.8065-0.1477-0.10920.7853-0.0930.9763-1.3113-24.9363-10.2265
196.76990.3339-1.76185.8798-0.27858.71320.0626-0.6835-0.58440.11710.18290.38360.690.22390.00230.51460.0595-0.05930.6764-0.04980.499512.990710.829739.7692
202.76182.23030.89443.3223-1.70366.3314-0.1749-0.11341.1679-0.1718-0.1170.0799-2.61161.09250.00390.6889-0.028-0.02020.8235-0.17030.749818.795421.542830.4751
212.34231.5697-1.37685.6924-3.20372.08760.19910.08680.5038-0.5081-0.67320.9673-1.1552-2.2123-0.41590.50550.11030.00080.8939-0.32320.559910.95518.237337.6473
221.66972.0443-0.37553.71040.63870.78680.1722-0.98982.2057-0.7104-0.27072.5672-1.7976-0.73780.10760.98410.1069-0.04020.9313-0.13680.87897.210426.764735.4277
236.554-0.14210.10694.7262-0.80759.3143-0.1573-0.21030.21680.11990.04340.1367-0.189-0.9485-0.00610.5266-0.02760.0080.72590.07020.5604-4.4102-8.703122.463
243.8956-2.996-0.73031.73370.76024.75590.587-1.5310.16790.3693-0.2482-0.64530.22290.40890.09130.402-0.0720.0480.68080.12810.50551.7-12.989322.8088
256.10732.14394.17278.11515.48698.42142.1782-2.3729-3.24693.567-0.55641.38873.5673-0.91541.24920.6782-0.2787-0.18111.03020.45410.7014-5.2248-21.19328.7352
263.44663.27651.15213.70280.34171.59020.3922-0.3895-0.31770.2394-0.2233-0.32160.23560.39690.00010.49060.0103-0.03340.9926-0.11750.577846.03067.976526.1979
271.02550.44531.08412.9191-0.98833.07750.169-0.6790.7220.04870.04740.4882-1.0987-0.4762-0.0010.6472-0.0196-0.03880.9596-0.27310.650836.816420.01424.3183
284.7477-1.86792.81653.79821.8894.77420.442-1.57560.15380.3254-0.2898-0.1762-0.6880.76790.02020.5069-0.0355-0.01811.0249-0.21330.701946.295615.653427.8421
292.83842.40251.49526.38240.54220.7820.594-0.7074-0.44720.6728-0.6343-0.4225-0.1421-2.0512-0.24330.48520.12620.01811.3812-0.34750.337547.559225.918929.8564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 30 )A7 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 43 )A31 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 44 through 53 )A44 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 72 )A54 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 89 )A73 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 90 through 96 )A90 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 97 through 110 )A97 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 7 through 30 )B7 - 30
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 31 through 53 )B31 - 53
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 54 through 72 )B54 - 72
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 73 through 89 )B73 - 89
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 90 through 96 )B90 - 96
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 97 through 112 )B97 - 112
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 7 through 30 )C7 - 30
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 31 through 53 )C31 - 53
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 54 through 72 )C54 - 72
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 73 through 96 )C73 - 96
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 97 through 116 )C97 - 116
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 7 through 53 )D7 - 53
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 54 through 72 )D54 - 72
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 73 through 96 )D73 - 96
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 97 through 109 )D97 - 109
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 7 through 67 )E7 - 67
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 68 through 89 )E68 - 89
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 90 through 110 )E90 - 110
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 7 through 53 )F7 - 53
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 54 through 72 )F54 - 72
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 73 through 96 )F73 - 96
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 97 through 111 )F97 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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