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- PDB-7jwn: Crystal structure of Human Serum Albumin in complex with ketoprofen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jwn
タイトルCrystal structure of Human Serum Albumin in complex with ketoprofen
要素Albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Albumin / HSA / Drug transport / ketoprofen / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-[3-(benzenecarbonyl)phenyl]propanoic acid / CYSTEINE / (R)-Ketoprofen / MYRISTIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Czub, M.P. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Organism-specific differences in the binding of ketoprofen to serum albumin.
著者: Czub, M.P. / Stewart, A.J. / Shabalin, I.G. / Minor, W.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,34210
ポリマ－66,4561
非ポリマー1,8859
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.499, 38.878, 98.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 66456.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768

-
非ポリマー , 6種, 201分子

#2: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 化合物 ChemComp-9KL / (2S)-2-[3-(benzenecarbonyl)phenyl]propanoic acid / Dexketoprofen


分子量: 254.281 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-JGE / (R)-Ketoprofen


分子量: 254.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Prior to crystallization, the protein at concentration of 162 mg/ml (dissolved in 50 mM Tris pH 7.4 and 20 mM NaCl) was mixed with 100 mM ketoprofen in 100% DMSO in ratio 9:1 (final ...詳細: Prior to crystallization, the protein at concentration of 162 mg/ml (dissolved in 50 mM Tris pH 7.4 and 20 mM NaCl) was mixed with 100 mM ketoprofen in 100% DMSO in ratio 9:1 (final ketoprofen concentration 10 mM) and incubated for several hours at 37 oC. Then, 0.2 ul of the protein solution was mixed with 0.2 ul of the well condition (24% PEG 3350, 50 mM K2HPO4 at pH 7.0). The crystallization plate was incubated at RT for 3 months, then for several days at 37 oC, and after the growth of the first HSA crystals, the plate was transferred to RT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 18925 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.895 / Net I/av σ(I): 16.9 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.643.50.8031.38510.6120.4470.9250.79988.5
2.64-2.693.70.6638590.7610.3550.7560.78591.8
2.69-2.743.90.589560.740.3120.6630.82394.5
2.74-2.83.90.5499240.7470.2990.630.83196.6
2.8-2.863.80.4599170.8250.2560.5290.89195.5
2.86-2.9340.4259150.8390.2320.4870.90993.6
2.93-34.30.3899570.8540.2080.4440.86398.2
3-3.084.20.3019290.9030.1660.3460.86497.9
3.08-3.174.40.2549770.9430.1370.290.88398.5
3.17-3.284.40.219510.9320.1150.240.9198.2
3.28-3.394.20.1649610.9680.0910.1880.95598.2
3.39-3.534.10.1299640.9660.0740.1490.9797.2
3.53-3.694.40.1089130.9820.0590.1240.9595.3
3.69-3.884.50.0919810.9780.0510.1050.93498.6
3.88-4.134.30.0769590.990.0410.0870.93598.6
4.13-4.454.30.0659700.9910.0370.0750.91798.2
4.45-4.894.10.0619670.9930.0330.070.8996.3
4.89-5.64.50.0639820.9910.0330.0720.86198.8
5.6-7.054.30.0649700.9830.0360.0740.81396.2
7.05-504.20.06210220.990.0340.0711.03596.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K2C

4k2c


解像度: 2.6→41.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 25.679 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The discrepancy in data completeness between the data processing and refinement statistics is caused by the strong anisotropy of diffraction U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ...詳細: The discrepancy in data completeness between the data processing and refinement statistics is caused by the strong anisotropy of diffraction U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 772 4.9 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
obs0.1855 15048 80.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.75 Å2 / Biso mean: 51.809 Å2 / Biso min: 7.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å2-0 Å2-0.22 Å2
2---0.81 Å2-0 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→41.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4639 0 132 192 4963
Biso mean--41.85 35.55 -
残基数----583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0134878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.6516574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1111.59810710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0925582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.97523.468248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49115875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2461524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021056
LS精密化 シェル解像度: 2.603→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 18 -
Rwork0.287 365 -
all-383 -
obs--26.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1904-0.4623-1.02024.28270.72662.6970.147-0.09180.2857-0.27280.1338-1.0778-0.32140.6578-0.28080.0917-0.10580.11540.2422-0.09780.313451.58821.0629.381
25.84120.1526-0.67474.26331.19466.49350.1843-0.2314-0.0641-0.1643-0.0817-0.14140.20530.073-0.10250.12790.01240.00490.2323-0.04930.149950.8556.33426.451
35.01211.4076-1.022211.36965.07136.2454-0.15790.1605-0.0439-0.34060.3197-0.096-0.08020.2763-0.16180.0196-0.00730.00890.0411-0.00560.012733.01823.14741.937
44.6611.3748-2.8147.9886-2.17128.50090.1165-0.1461-0.0254-0.1485-0.16320.3956-0.7056-0.13230.04670.09090.0065-0.00550.0536-0.0230.038636.06618.11630.765
51.1096-0.4080.25364.18235.76368.7889-0.00140.12410.1064-0.4734-0.20640.1771-0.6483-0.15240.20790.19460.01690.00520.0531-0.0210.126527.43627.06230.734
63.7241-0.9470.636919.1847-4.80276.47590.31810.2774-0.09750.0616-0.2077-0.0980.17550.1178-0.11050.14510.03960.0060.2239-0.06410.028727.13319.7514.524
72.299-0.52371.58841.3974-0.22134.48230.15710.56690.0763-0.334-0.0334-0.361-0.11830.7792-0.12370.27580.09480.12280.3039-0.00980.105538.89223.0256.675
812.79581.96844.46255.17740.284313.6449-0.0634-0.690.09050.4250.2708-0.0026-0.3184-0.4577-0.20730.34630.03550.19590.18950.02810.179636.00234.42613.447
93.74990.701-0.82030.48211.00095.59370.13311.23520.0655-0.18170.070.0571-0.191-0.4053-0.20310.44640.2806-0.07230.6153-0.03350.144615.54621.704-6.461
103.26630.3806-0.26536.7102-4.30125.89670.1746-0.05290.0634-0.1063-0.08450.0441-0.5131-0.1152-0.09010.1883-0.02660.06740.1029-0.06460.05516.59220.47725.935
112.87561.0942-1.39916.5219-2.81827.21940.13140.146-0.1829-0.0706-0.10360.08390.31720.0114-0.02780.11580.0138-0.01990.0237-0.03680.061211.9812.64517.812
122.4706-1.1658-0.84031.13982.84910.5209-0.0295-0.2264-0.35610.03310.04830.12080.0745-0.0592-0.01870.3837-0.0609-0.00950.54320.02450.30536.06815.65144.322
131.574-0.3053-0.27180.2863-0.30873.2073-0.035-0.2949-0.2195-0.0868-0.05030.0345-0.3172-0.93680.08530.32150.1153-0.00360.7417-0.01280.2628-3.08816.35542.917
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3A108 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4A137 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5A156 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6A204 - 225
7X-RAY DIFFRACTION7A226 - 271
8X-RAY DIFFRACTION8A272 - 294
9X-RAY DIFFRACTION9A295 - 388
10X-RAY DIFFRACTION10A389 - 438
11X-RAY DIFFRACTION11A439 - 499
12X-RAY DIFFRACTION12A500 - 524
13X-RAY DIFFRACTION13A525 - 2301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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