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- PDB-7jwg: OspA-Fab 221-7 complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jwg
タイトルOspA-Fab 221-7 complex structure
要素
  • Antibody 221-7 Fab heavy chain
  • Antibody 221-7 Fab light chain
  • Outer surface protein A
キーワードIMMUNE SYSTEM / OspA-Fab complex
機能・相同性Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein A
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2021
タイトル: Blocking Borrelia burgdorferi transmission from infected ticks to nonhuman primates with a human monoclonal antibody.
著者: Schiller, Z.A. / Rudolph, M.J. / Toomey, J.R. / Ejemel, M. / LaRochelle, A. / Davis, S.A. / Lambert, H.S. / Kern, A. / Tardo, A.C. / Souders, C.A. / Peterson, E. / Cannon, R.D. / Ganesa, C. / ...著者: Schiller, Z.A. / Rudolph, M.J. / Toomey, J.R. / Ejemel, M. / LaRochelle, A. / Davis, S.A. / Lambert, H.S. / Kern, A. / Tardo, A.C. / Souders, C.A. / Peterson, E. / Cannon, R.D. / Ganesa, C. / Fazio, F. / Mantis, N.J. / Cavacini, L.A. / Sullivan-Bolyai, J. / Hu, L.T. / Embers, M.E. / Klempner, M.S. / Wang, Y.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody 221-7 Fab heavy chain
L: Antibody 221-7 Fab light chain
C: Outer surface protein A
A: Antibody 221-7 Fab heavy chain
B: Antibody 221-7 Fab light chain
E: Outer surface protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5606
ポリマ－146,5606
非ポリマー00
水23413
1
H: Antibody 221-7 Fab heavy chain
L: Antibody 221-7 Fab light chain
C: Outer surface protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2803
ポリマ－73,2803
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Antibody 221-7 Fab heavy chain
B: Antibody 221-7 Fab light chain
E: Outer surface protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2803
ポリマ－73,2803
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.383, 99.263, 121.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 Antibody 221-7 Fab heavy chain


分子量: 23846.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Antibody 221-7 Fab light chain


分子量: 22395.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Outer surface protein A


分子量: 27037.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680) (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: ospA, BB_A15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL66
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM NaCacodylate pH 6.5, 5% PEG 8K, and 40% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 38023 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 71.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.712 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 143795
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.05-3.13.82.00218900.5351.1822.3260.56298.6
3.1-3.163.81.71918590.5651.0161.9980.5898.7
3.16-3.223.81.37919040.6430.8161.6040.59498.9
3.22-3.293.81.07918880.7340.6391.2550.58599
3.29-3.363.80.90618590.760.5371.0550.62198.8
3.36-3.433.80.6519290.8810.3850.7560.61599
3.43-3.523.80.5718680.90.3380.6630.64198.9
3.52-3.623.80.46618690.9470.2760.5420.67299
3.62-3.723.80.41918840.8880.2480.4870.98999.1
3.72-3.843.80.38419120.9580.2270.4470.66799.2
3.84-3.983.80.31819000.9640.1890.370.71299.2
3.98-4.143.80.23919180.980.1420.2780.66499.3
4.14-4.333.80.16818950.9880.10.1960.6999.2
4.33-4.563.80.11718750.9940.070.1370.72899.4
4.56-4.843.80.10319000.9950.0620.1210.799.4
4.84-5.213.70.09919280.9940.0590.1150.73799.5
5.21-5.743.70.119040.9930.060.1170.73999.5
5.74-6.573.60.10519200.9910.0640.1240.79999.5
6.57-8.273.70.06419600.9970.0380.0750.82199.7
8.27-503.70.0319610.9990.0180.0351.13199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HWB

4hwb


解像度: 3.05→48.906 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 37.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3056 1900 5.01 %
Rwork0.2687 36059 -
obs0.2705 37959 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 220.8 Å2 / Biso mean: 95.2225 Å2 / Biso min: 22.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→48.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10217 0 0 13 10230
Biso mean---49.23 -
残基数----1343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88114056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.8566285
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.05-3.1260.43521330.424249795
3.126-3.21050.38311190.3968255199
3.2105-3.3050.44911140.3785257199
3.305-3.41160.38371280.3533255799
3.4116-3.53350.41611260.3354256999
3.5335-3.6750.40611350.3297257599
3.675-3.84220.39521380.3075257099
3.8422-4.04460.35211240.2878256799
4.0446-4.29790.27541300.2633257099
4.2979-4.62950.2471760.2297256099
4.6295-5.0950.24151550.2178257899
5.095-5.83120.25631440.2234260599
5.8312-7.34270.2941440.252606100
7.3427-48.9060.24981340.2065268399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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