PDB-7jw9: Ternary cocrystal structure of alkanesulfonate monooxygenase MsuD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jw9

タイトル

Ternary cocrystal structure of alkanesulfonate monooxygenase MsuD from Pseudomonas fluorescens

要素

Alkanesulfonate monooxygenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

alkanesulfonate monooxygenase / alkanesulfonate monooxygenase activity / alkanesulfonate catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Liew, J.J.M. / Dowling, D.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of the alkanesulfonate monooxygenase MsuD provide insight into C-S bond cleavage, substrate scope, and an unexpected role for the tetramer.
著者: Liew, J.J.M. / El Saudi, I.M. / Nguyen, S.V. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P.

履歴

登録	2020年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jw9.cif.gz	374.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jw9.ent.gz	243.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jw9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jw9_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jw9_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	7jw9_validation.xml.gz	54.5 KB	表示
CIF形式データ	7jw9_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jw9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jv3SC 7jybC 7k14C 7k64C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k14-1 7jyb-2 7jyb-1 7k14-2 4whs-d 4whp-d 3mv4-d 3mfl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Alkanesulfonate monooxygenase

B: Alkanesulfonate monooxygenase

C: Alkanesulfonate monooxygenase

D: Alkanesulfonate monooxygenase

ヘテロ分子

179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, size exclusion chromatography

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.470, 92.470, 320.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Alkanesulfonate monooxygenase / FMNH2-dependent aliphatic sulfonate monooxygenase / flavin-dependent methanesulfonate monooxygenase 分子量: 44278.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf0-1 / 遺伝子: msuD, ssuD, Pfl01_3916 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3K9A1, alkanesulfonate monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-03S / methanesulfonic acid / メタンスルホン酸分子量: 96.106 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: hexagonal
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, sodium succinate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.39→46.24 Å / Num. obs: 60776 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.835 % / B_iso Wilson estimate: 50.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.125 / Χ²: 1.081 / Net I/σ(I): 16.01

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.39-2.45	12.507	1.357	1.91	4265	0.764	0.398	1.415	94.5
2.45-2.52	11.542	1.19	2.13	4403	0.77		1.246	100
2.52-2.59	13.255	1.021	2.72	4237	0.865		1.062	100
2.59-2.67	13.069	0.905	3.3	4181	0.88		0.942	100
2.67-2.76	13.773	0.685	4.44	4021	0.941		0.712	100
2.76-2.86	13.592	0.527	5.73	3872	0.962		0.547	100
2.86-2.97	13.269	0.419	7.14	3773	0.972		0.436	100
2.97-3.09	12.89	0.314	9.39	3650	0.983		0.327	100
3.09-3.22	13.132	0.246	11.92	3404	0.989		0.257	100
3.22-3.38	12.683	0.198	14.05	3314	0.992		0.206	99.9
3.38-3.57	11.328	0.138	18.53	3183	0.995		0.145	100
3.57-3.78	11.564	0.097	24.96	2941	0.997		0.102	100
3.78-4.04	13.478	0.082	30.62	2814	0.998		0.085	100
4.04-4.37	13.226	0.066	36.6	2629	0.999		0.069	100
4.37-4.78	13.622	0.058	41.76	2372	0.999		0.06	99.9
4.78-5.35	13.187	0.059	39.7	2191	0.999		0.061	100
5.35-6.18	12.747	0.061	36.5	1945	0.999		0.063	100
6.18-7.56	11.315	0.052	38.85	1600	0.999		0.054	99.9
7.56-10.7	13.751	0.033	54.86	1272	1		0.034	100
10.7-46.24	12.515	0.028	53.93	709	1		0.03	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JV3

7jv3

解像度: 2.39→46.24 Å / SU ML: 0.3106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.9506
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2208	3032	5 %	Random selection
R_work	0.1836	57626	-	-
obs	0.1855	60658	99.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→46.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11706	0	145	138	11989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0015	12172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4267	16578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0539	1792
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	2270
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1506	4398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.39-2.43	0.3006	129	0.246	2452	X-RAY DIFFRACTION	91.1
2.43-2.47	0.3032	136	0.2445	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.51	0.3038	139	0.2383	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.56	0.2989	137	0.2428	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.56-2.61	0.3216	137	0.2417	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.61-2.66	0.2848	140	0.2321	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.72	0.2915	139	0.23	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.78	0.2723	137	0.2236	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.78-2.85	0.3142	137	0.2097	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.85-2.93	0.2199	139	0.211	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.01	0.2424	139	0.1937	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.11	0.2901	138	0.1954	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.22	0.2266	139	0.2048	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.35	0.2503	137	0.2084	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.35-3.5	0.2123	140	0.1849	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.69	0.2038	139	0.168	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.92	0.2037	137	0.1677	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.22	0.1925	139	0.1679	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.65	0.1843	138	0.152	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.65-5.32	0.1976	139	0.1683	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
5.32-6.69	0.2271	139	0.1927	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7-46.24	0.1711	138	0.1512	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.75

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