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万見
- PDB-7jvl: Structure of the M101A variant of the SidA ornithine hydroxylase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jvl
タイトルStructure of the M101A variant of the SidA ornithine hydroxylase complexed with NADP and the FAD in the "out" conformation
要素L-ornithine N(5)-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / siderophore-dependent iron import into cell / cellular response to iron ion starvation / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / NADP+ binding / secondary metabolite biosynthetic process ...L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / siderophore-dependent iron import into cell / cellular response to iron ion starvation / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / NADP+ binding / secondary metabolite biosynthetic process / monooxygenase activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-ornithine N(5)-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Campbell, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003658 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003986 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Determinants of Flavin Dynamics in a Class B Monooxygenase.
著者: Campbell, A.C. / Robinson, R. / Mena-Aguilar, D. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ornithine N(5)-monooxygenase
B: L-ornithine N(5)-monooxygenase
C: L-ornithine N(5)-monooxygenase
D: L-ornithine N(5)-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,26722
ポリマ－227,5984
非ポリマー6,66818
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26480 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area66800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.229, 153.811, 89.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...
21(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...
31(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...
41(chain D and (resid 31 or (resid 32 through 33...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA3131
12ARGARGSERSER(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA32 - 3332 - 33
13ARGARGARGARG(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA30 - 48930 - 489
14ARGARGARGARG(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA30 - 48930 - 489
15ARGARGARGARG(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA30 - 48930 - 489
16ARGARGARGARG(chain A and (resid 31 or (resid 32 through 33...AA30 - 48930 - 489
21LEULEUARGARG(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB31 - 3231 - 32
22SERSERSERSER(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB3333
23ARGARGGLUGLU(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB30 - 48830 - 488
24ARGARGGLUGLU(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB30 - 48830 - 488
25ARGARGGLUGLU(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB30 - 48830 - 488
26ARGARGGLUGLU(chain B and (resid 31 through 32 or (resid 33...BB30 - 48830 - 488
31LEULEUASPASP(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC31 - 3731 - 37
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC3838
33LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC31 - 48831 - 488
34LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC31 - 48831 - 488
35LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC31 - 48831 - 488
36LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC31 - 48831 - 488
41LEULEULEULEU(chain D and (resid 31 or (resid 32 through 33...DD3131
42ARGARGSERSER(chain D and (resid 31 or (resid 32 through 33...DD32 - 3332 - 33
43ARGARGACTACT(chain D and (resid 31 or (resid 32 through 33...DD - T30 - 60330
44ARGARGACTACT(chain D and (resid 31 or (resid 32 through 33...DD - T30 - 60330
45ARGARGACTACT(chain D and (resid 31 or (resid 32 through 33...DD - T30 - 60330
46ARGARGACTACT(chain D and (resid 31 or (resid 32 through 33...DD - T30 - 60330

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-ornithine N(5)-monooxygenase / OMO / L-ornithine N(5)-oxygenase / Siderophore biosynthesis protein A


分子量: 56899.562 Da / 分子数: 4 / 変異: M101A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: sidA, Afu2g07680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E9QYP0, L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H]

-
非ポリマー , 5種, 589分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/ml SidA (M101A) with 1 mM NADP+ in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium ...詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/ml SidA (M101A) with 1 mM NADP+ in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo-buffer: 15 % PEG-200, 20 % PEG 3350, 0.1 M HEPES, (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Drop ratio: 2 enzyme to 1 reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→62.89 Å / Num. obs: 115533 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 401873 / Scaling rejects: 518
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.142.90.4451638056920.740.310.5461.795.9
11.5-62.893.60.02126847400.9990.0130.02530.298.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6X0I

6x0i


解像度: 2.1→62.89 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 2208 1.96 %
Rwork0.2042 110712 -
obs0.2049 112920 94.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.78 Å2 / Biso mean: 28.5864 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→62.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13765 0 438 571 14774
Biso mean--24.54 26.11 -
残基数----1762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98619771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9255457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062522
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6140X-RAY DIFFRACTION8.851TORSIONAL
12B6140X-RAY DIFFRACTION8.851TORSIONAL
13C6140X-RAY DIFFRACTION8.851TORSIONAL
14D6140X-RAY DIFFRACTION8.851TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.150.25491320.20477057718996
2.15-2.20.28791370.22587306744399
2.2-2.250.3837910.38164564465563
2.25-2.310.3631250.28896590671590
2.31-2.380.27931420.215172657407100
2.38-2.460.27991440.211772717415100
2.46-2.540.25081480.212873557503100
2.54-2.650.2861430.23987224736799
2.65-2.770.27741210.25276728684992
2.77-2.910.24271350.209773467481100
2.91-3.090.24891690.212473137482100
3.09-3.330.2321630.205572907453100
3.33-3.670.26391350.22896116625184
3.67-4.20.21031340.1826534666889
4.2-5.290.14041360.135973647500100
5.29-62.890.21191530.16537389754299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72620.13220.00680.758-0.11910.49960.0544-0.1434-0.00650.0906-0.0232-0.095-0.01410.1109-0.02610.1606-0.0026-0.03150.2016-0.03890.1423117.1340.642851.5885
20.71370.2853-0.3090.6478-0.26270.5952-0.04050.0891-0.081-0.04180.05320.04020.056-0.0692-0.01890.13130.0037-0.0180.121-0.02230.16779.5462-21.039832.1655
30.621-0.1326-0.08960.9397-0.4630.94940.05240.11890.10110.07320.05350.177-0.2303-0.2378-0.07450.19490.06860.02220.19740.0280.21581.079623.725824.0531
40.65450.1297-0.24690.5249-0.26720.8508-0.02170.1585-0.0295-0.1036-0.0342-0.12810.10050.08690.05630.17050.03810.00950.2354-0.02920.1579118.34130.26826.2236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA30 - 489
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB30 - 489
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC30 - 489
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD30 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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