[日本語] English
万見
- PDB-7jvk: Structure of the M101A variant of the SidA ornithine hydroxylase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jvk
タイトルStructure of the M101A variant of the SidA ornithine hydroxylase with the FAD in the "out" conformation
要素L-ornithine N(5)-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / siderophore-iron import into cell / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP+ binding / secondary metabolite biosynthetic process ...L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / siderophore-iron import into cell / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP+ binding / secondary metabolite biosynthetic process / monooxygenase activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / L-ornithine N(5)-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Campbell, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003658 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003986 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Determinants of Flavin Dynamics in a Class B Monooxygenase.
著者: Campbell, A.C. / Robinson, R. / Mena-Aguilar, D. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-ornithine N(5)-monooxygenase
B: L-ornithine N(5)-monooxygenase
C: L-ornithine N(5)-monooxygenase
D: L-ornithine N(5)-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,35716
ポリマ－227,5984
非ポリマー3,75912
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20240 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area69760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.437, 155.275, 88.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...
21(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...
31(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...
41(chain D and (resid 31 through 37 or (resid 38...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUASPASP(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...AA31 - 3731 - 37
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...AA3838
13ARGARGARGARG(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...AA30 - 48930 - 489
14ARGARGARGARG(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...AA30 - 48930 - 489
15ARGARGARGARG(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...AA30 - 48930 - 489
16ARGARGARGARG(chain A and (resid 31 through 37 or (resid 38...AA30 - 48930 - 489
21LEULEUASPASP(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...BB31 - 3731 - 37
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...BB3838
23LEULEUHOHHOH(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...BB - R31 - 70131
24LEULEUHOHHOH(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...BB - R31 - 70131
25LEULEUHOHHOH(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...BB - R31 - 70131
26LEULEUHOHHOH(chain B and (resid 31 through 37 or (resid 38...BB - R31 - 70131
31LEULEUASPASP(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC31 - 3731 - 37
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC3838
33ARGARGARGARG(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC30 - 48930 - 489
34ARGARGARGARG(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC30 - 48930 - 489
35ARGARGARGARG(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC30 - 48930 - 489
36ARGARGARGARG(chain C and (resid 31 through 37 or (resid 38...CC30 - 48930 - 489
41LEULEUASPASP(chain D and (resid 31 through 37 or (resid 38...DD31 - 3731 - 37
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 31 through 37 or (resid 38...DD3838
43ARGARGGLUGLU(chain D and (resid 31 through 37 or (resid 38...DD30 - 48830 - 488
44ARGARGGLUGLU(chain D and (resid 31 through 37 or (resid 38...DD30 - 48830 - 488
45ARGARGGLUGLU(chain D and (resid 31 through 37 or (resid 38...DD30 - 48830 - 488
46ARGARGGLUGLU(chain D and (resid 31 through 37 or (resid 38...DD30 - 48830 - 488

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-ornithine N(5)-monooxygenase / OMO / L-ornithine N(5)-oxygenase / Siderophore biosynthesis protein A


分子量: 56899.562 Da / 分子数: 4 / 変異: M101A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: sidA, Afu2g07680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E9QYP0, L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H]

-
非ポリマー , 5種, 399分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/ml SidA (M101A) in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo-buffer: ...詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/ml SidA (M101A) in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo-buffer: 15 % PEG-200, 20 % PEG 3350, 0.1 M HEPES, (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Drop ratio: 2 enzyme to 1 reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→61.44 Å / Num. obs: 96363 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 340416 / Scaling rejects: 173
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.242.81.2351223043150.4840.8591.5140.989.2
12.05-61.443.60.02421676100.990.0160.02944.397.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6X0H

6x0h


解像度: 2.2→56.63 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 1927 2 %
Rwork0.1945 94342 -
obs0.1952 96269 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.23 Å2 / Biso mean: 34.8222 Å2 / Biso min: 16.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→56.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13919 0 250 387 14556
Biso mean--28.87 30.05 -
残基数----1797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94219694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2035444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062547
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6207X-RAY DIFFRACTION9.134TORSIONAL
12B6207X-RAY DIFFRACTION9.134TORSIONAL
13C6207X-RAY DIFFRACTION9.134TORSIONAL
14D6207X-RAY DIFFRACTION9.134TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.260.37821170.33416047616488
2.26-2.320.27661440.27186588673297
2.32-2.380.31131470.242967756922100
2.38-2.460.29351490.231668046953100
2.46-2.550.29391500.228868026952100
2.55-2.650.31681420.22467716913100
2.65-2.770.23691530.22167926945100
2.77-2.920.27971190.218568316950100
2.92-3.10.29231270.22467886915100
3.1-3.340.25811210.202868626983100
3.34-3.680.18011230.18636803692699
3.68-4.210.20421240.16066774689899
4.21-5.30.17031560.138968146970100
5.3-56.630.17231550.1586891704699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5837-0.01120.14150.9153-0.08630.49380.0232-0.0477-0.00820.03340.0129-0.123-0.03470.103-0.02950.2158-0.0128-0.01890.223-0.03340.2259111.75060.582149.9187
20.58950.2446-0.19060.5573-0.02690.65930.00370.052-0.0372-0.0638-0.00320.05550.0049-0.0584-0.00240.18140.0102-0.02360.1462-0.01820.219174.4743-21.410431.4727
30.68750.040.05680.7743-0.31210.9043-0.05960.07180.06280.02050.06620.1121-0.069-0.0789-0.00770.2709-0.00610.00240.21760.00020.266775.708423.427921.7235
40.78360.2331-0.05760.6648-0.1870.6735-0.08250.3152-0.1135-0.16550.0737-0.16550.07170.19230.01410.2766-0.02320.03810.4184-0.08070.2345112.53930.98744.0274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 501
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 501

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る