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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7juy | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of KSR1:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Cobimetinib | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / Pseudokinase / drug target / cell signaling and cancer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / spindle pole body / regulation of Golgi inheritance / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / 14-3-3 protein binding / cAMP-mediated signaling ...regulation of MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / spindle pole body / regulation of Golgi inheritance / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / 14-3-3 protein binding / cAMP-mediated signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / ruffle membrane / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / regulation of cell population proliferation / protein tyrosine kinase activity / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / phosphorylation / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.096 Å | |||||||||
データ登録者 | Khan, Z.M. / Dar, A.C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the action of the drug trametinib at KSR-bound MEK. 著者: Khan, Z.M. / Real, A.M. / Marsiglia, W.M. / Chow, A. / Duffy, M.E. / Yerabolu, J.R. / Scopton, A.P. / Dar, A.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7juy.cif.gz | 140.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7juy.ent.gz | 104.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7juy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7juy_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7juy_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7juy_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7juy_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7juy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7juy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7juqC 7jurC 7jusC 7jutC 7juuC 7juvC 7juwC 7juxC 7juzC 7jv0C 7jv1C 2y4iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 BC
#1: タンパク質 | 分子量: 38597.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KSR1, KSR / プラスミド: pFastBac Dual 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IVT5, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43119.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / プラスミド: pFastBac Dual 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29678, mitogen-activated protein kinase kinase |
-非ポリマー , 4種, 6分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EUI / [ | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | The author states that kinase suppressor of Ras 1 chain B is proteolytically cleaved between Trp632 ...The author states that kinase suppressor of Ras 1 chain B is proteolytically cleaved between Trp632 and His633. |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.096→49.648 Å / Num. obs: 22409 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.95 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.04 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / Num. unique obs: 1608 / CC1/2: 0.519 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Y4I 解像度: 3.096→49.648 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.096→49.648 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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