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- PDB-7jtr: Complex of maltose-binding protein (MBP) with single-chain Fv (scFv) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jtr
タイトルComplex of maltose-binding protein (MBP) with single-chain Fv (scFv)
要素
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • single-chain Fv antibody fragment (scFv)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Maltose / antibody / scFv / complex / SUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Loll, P.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: A useful epitope tag derived from maltose binding protein.
著者: Lenon, M. / Ke, N. / Ren, G. / Meuser, M.E. / Loll, P.J. / Riggs, P. / Berkmen, M.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
B: single-chain Fv antibody fragment (scFv)
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
D: single-chain Fv antibody fragment (scFv)
E: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
F: single-chain Fv antibody fragment (scFv)
G: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
H: single-chain Fv antibody fragment (scFv)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,44815
ポリマ－270,9728
非ポリマー1,4767
水32418
1
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
B: single-chain Fv antibody fragment (scFv)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1214
ポリマ－67,7432
非ポリマー3782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
D: single-chain Fv antibody fragment (scFv)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0853
ポリマ－67,7432
非ポリマー3421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
F: single-chain Fv antibody fragment (scFv)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1214
ポリマ－67,7432
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
H: single-chain Fv antibody fragment (scFv)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1214
ポリマ－67,7432
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.200, 91.700, 174.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain E
41chain G
12(chain B and (resid 1 through 113 or resid 130 through 161 or resid 165 through 242))
22(chain D and (resid 1 through 161 or resid 165 through 242))
32(chain F and resid 1 through 242)
42(chain H and resid 1 through 242)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 369
211chain CC1 - 369
311chain EE1 - 369
411chain GG1 - 369
112(chain B and (resid 1 through 113 or resid 130 through 161 or resid 165 through 242))B1 - 113
122(chain B and (resid 1 through 113 or resid 130 through 161 or resid 165 through 242))B130 - 161
132(chain B and (resid 1 through 113 or resid 130 through 161 or resid 165 through 242))B165 - 242
212(chain D and (resid 1 through 161 or resid 165 through 242))D1 - 161
222(chain D and (resid 1 through 161 or resid 165 through 242))D165 - 242
312(chain F and resid 1 through 242)F1 - 242
412(chain H and resid 1 through 242)H1 - 242

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 40652.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9
#2: 抗体
single-chain Fv antibody fragment (scFv)


分子量: 27091.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 % / 解説: rods
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 20% v/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.995 Å / Num. obs: 102294 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 56.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 14.85
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.943 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 9974 / CC1/2: 0.888 / Rpim(I) all: 0.354 / Rrim(I) all: 1.01 / % possible all: 96.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20161205データ削減
XSCALE20161205データスケーリング
PHASERv2.7.16位相決定
PHENIXv1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ANF,2GKI

1anf

2gki


解像度: 2.5→19.995 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 33.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 1979 1.94 %random
Rwork0.2005 100183 --
obs0.2012 102162 98.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.98 Å2 / Biso mean: 66.8237 Å2 / Biso min: 37.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→19.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18401 0 95 18 18514
Biso mean--60.81 52.31 -
残基数----2372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50525722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.65111236
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7028X-RAY DIFFRACTION13.564TORSIONAL
12C7028X-RAY DIFFRACTION13.564TORSIONAL
13E7028X-RAY DIFFRACTION13.564TORSIONAL
14G7028X-RAY DIFFRACTION13.564TORSIONAL
21B4124X-RAY DIFFRACTION13.564TORSIONAL
22D4124X-RAY DIFFRACTION13.564TORSIONAL
23F4124X-RAY DIFFRACTION13.564TORSIONAL
24H4124X-RAY DIFFRACTION13.564TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5001-2.56250.38191310.3316693996
2.5625-2.63160.35431500.3139707298
2.6316-2.70880.38611350.3022712998
2.7088-2.79610.37891340.2914711498
2.7961-2.89570.31711420.2696712198
2.8957-3.01130.35151330.2656715698
3.0113-3.14780.32661530.2521716999
3.1478-3.31310.30761270.2469712998
3.3131-3.51960.29831540.2262720499
3.5196-3.78970.23741420.2082720099
3.7897-4.16790.21231480.1816721499
4.1679-4.76390.19841350.151711497
4.7639-5.97530.17231440.1622730099
5.9753-19.9950.16391510.1552732298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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