PDB-7js3: Structure of the Class II Fructose-1,6-Bisphophatase from Francis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7js3

タイトル

Structure of the Class II Fructose-1,6-Bisphophatase from Francisella tularensis

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Class II FBPase / Gluconeogenesis / F. tularensis / antibacterial

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / gluconeogenesis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Abad-Zapatero, C. / Wolf, N.M. / Movahedzadeh, F. / Gutka, H. / Selezneva, A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical characterization of the class II fructose-1,6-bisphosphatase from Francisella tularensis.
著者: Selezneva, A.I. / Gutka, H.J. / Wolf, N.M. / Qurratulain, F. / Movahedzadeh, F. / Abad-Zapatero, C.

履歴

登録	2020年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年6月30日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin Item: _pdbx_reflns_twin.crystal_id / _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7js3.cif.gz	260.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7js3.ent.gz	202.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7js3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/7js3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/7js3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ayuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2pi4-d 4ho9-3 2p5g-3 6ayu-1 3qno-d 3snn-d 3iud-d 3w2w-d 3jbd-d 3qet-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase

B: Fructose-1,6-bisphosphatase

C: Fructose-1,6-bisphosphatase

D: Fructose-1,6-bisphosphatase

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, There is a full tetramer in the crystal assymmetric unit

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.296, 100.169, 92.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.003, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 分子量: 37028.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア) 遺伝子: glpX, EGT35_01410, FNC33_05530, FNC42_07040 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2ZJY0, UniProt: Q5NEJ8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 % / 解説: Prismatic needles
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 20 mM Tricine pH 7.8, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 0.1 mM DTT, 15% glycerol; Composition of reservoir solution 0.2 M sodium formate, 20% PEG 3350; Volume and ratio of drop 22.4 uL (1:1) Volume of reservoir (ul) 100

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.92456 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月14日

放射

モノクロメーター: Si (1111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92456 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5676
pseudo-merohedral	1	1	-h,-k,l	2	0.4324

反射

解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 53682 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.9 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_rim(I) all: 0.106 / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 24.6

反射シェル

解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2620 / CC_1/2: 0.673 / R_pim(I) all: 0.276 / R_rim(I) all: 0.531 / R_sym value: 0.531 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PHENIX	1.16-3549	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ayu

6ayu

解像度: 2.4→38.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.495 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	2732	5.113 %	2732
R_work	0.1534	50918	-	-
obs	0.155	53662	98.747 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.033 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.067 Å²	0 Å²	-3.658 Å²
2-	-	-0.204 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.271 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9624	0	40	172	9836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	9785
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	9412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.5	1.631	13176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.605	1.583	21763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.49	5.14	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.764	22.759	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.094	15	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.373	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.232	0.2	10095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	4863
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	5343
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.138	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.278	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.343	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.102	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.747	5.097	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.746	5.096	5199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.429	7.644	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.429	7.645	6495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.873	5.338	4585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.873	5.338	4586
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.503	7.91	6680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.503	7.911	6681
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.692	62.532	10858
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.692	62.536	10859

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.245	182	0.202	3647	X-RAY DIFFRACTION	95.5101
2.46-2.528	0.256	193	0.199	3621	X-RAY DIFFRACTION	98.8339
2.528-2.601	0.264	195	0.202	3559	X-RAY DIFFRACTION	98.7895
2.601-2.681	0.286	202	0.192	3447	X-RAY DIFFRACTION	98.9425
2.681-2.769	0.221	206	0.197	3325	X-RAY DIFFRACTION	99.0185
2.769-2.866	0.218	169	0.171	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.1898
2.866-2.974	0.219	170	0.179	3154	X-RAY DIFFRACTION	99.3425
2.974-3.095	0.23	173	0.179	2994	X-RAY DIFFRACTION	98.9688
3.095-3.233	0.209	189	0.177	2887	X-RAY DIFFRACTION	98.9067
3.233-3.39	0.227	111	0.171	2789	X-RAY DIFFRACTION	98.8749
3.39-3.574	0.218	121	0.165	2645	X-RAY DIFFRACTION	98.7857
3.574-3.79	0.18	141	0.157	2490	X-RAY DIFFRACTION	98.7613
3.79-4.051	0.188	110	0.135	2366	X-RAY DIFFRACTION	99.0796
4.051-4.375	0.144	120	0.117	2199	X-RAY DIFFRACTION	98.9757
4.375-4.792	0.128	109	0.105	2002	X-RAY DIFFRACTION	98.9222
4.792-5.355	0.124	91	0.132	1840	X-RAY DIFFRACTION	99.6388
5.355-6.18	0.219	101	0.157	1634	X-RAY DIFFRACTION	99.7126
6.18-7.561	0.178	72	0.137	1384	X-RAY DIFFRACTION	99.9314
7.561-10.657	0.179	50	0.112	1091	X-RAY DIFFRACTION	99.5637
10.657-38.11	0.245	182	0.202	585	X-RAY DIFFRACTION	95.2672

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関連情報:EMDBヘッダ

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